Uzasadnienie
1. Wyrokiem z dnia 27 listopada 2013 r., sygn. akt III SA/Wa 1561/13, Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie oddalił skargę R. [...] S.A. z siedzibą w W. na postanowienie Dyrektora Izby Skarbowej w Warszawie w przedmiocie zaliczenia wpłaty na poczet zaległości w podatku dochodowym od osób prawnych za 2007 r.
Stan sprawy Sąd administracyjny pierwszej instancji przedstawił następująco: Naczelnik Pierwszego Mazowieckiego Urzędu Skarbowego w W. zaliczył spółce wpłatę z dnia 8 listopada 2011 r. w kwocie 30.619.074,00 zł: 23.749.444 zł na poczet zaległości w podatku dochodowym od osób prawnych za 2007 r. oraz 6.869.130 zł na poczet odsetek za zwłokę. Do uregulowania pozostała zaległość w wysokości 3.145.364 zł. W dniu 10 lutego 2012 r. spółka wpłaciła na poczet zaległości w podatku dochodowym od osób prawnych za 2007 r. kwotę 6.590.174 zł.
Postanowieniem z dnia 13 lutego 2012 r. organ pierwszej instancji zaliczył tą wpłatę na poczet zaległości w podatku dochodowym od osób prawnych za 2007 r. Postanowieniem z dnia 27 listopada 2012 r. organ wznowił z urzędu postępowanie w sprawie zaliczenia postanowieniem z dnia 13 lutego 2012 r. wpłaty z 10 lutego 2012 r. Postanowieniem z dnia 23 stycznia 2013 r. Naczelnik Pierwszego Mazowieckiego Urzędu Skarbowego w W. uchylił postanowienie z dnia 13 lutego 2012 r. i zaliczył wpłatę z dnia 10 lutego 2012 r. w wysokości 6.590.174 zł kwotę 4.066.051 zł na poczet zaległości w podatku dochodowym od osób prawnych za 2007 r. oraz na poczet odsetek za zwłokę. Przy naliczaniu odsetek za zwłokę organ podatkowy zastosował przerwę na podstawie art. 54 § 1 pkt 3 ustawy z 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2005 r., Nr 8 poz. 60 ze zm., dalej "Ordynacja podatkowa"). Za okres od dnia następnego po upływie terminu określonego w art. 139 § 3 Ordynacji podatkowej, do dnia doręczenia decyzji organu odwoławczego.
Odwołanie od decyzji Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w W. z dnia 3 marca 2010 r., które wpłynęło do organu odwoławczego w dniu 2 kwietnia 2010 r. zostało rozpatrzone po upływie ww. terminu decyzją Dyrektora Izby Skarbowej w Warszawie z dnia 28 marca 2011 r. doręczoną 31 marca 2011 r., tj. od 3 czerwca 2010 r. do 31 marca 2011 r. Za okres od dnia następnego po upływie terminu, określonego w art. 139 § 3 Ordynacji podatkowej, do dnia doręczenia decyzji organu odwoławczego. Odwołanie od decyzji Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w W. z dnia 27 października 2011 r., które wpłynęło do organu odwoławczego w dniu 1 grudnia 2011 r. zostało rozpatrzone po upływie ww. terminu decyzją Dyrektora Izby Skarbowej w Warszawie z dnia 26 września 2012 r., doręczoną 2 października 2012r., tj. od 2 lutego 2012 r. do 2 października 2012 r.
W ocenie Dyrektora Izby Skarbowej w Warszawie organ pierwszej instancji w sposób prawidłowy naliczył odsetki za zwłokę od dnia zaliczenia nadpłaty, wykazanej w zeznaniu CIT- 8 za 2007 r. w wysokości wyższej od należnej, na poczet bieżących zobowiązań do dnia dokonania wpłaty, tj. do 10 lutego 2012 r. z wyłączeniem okresu od dnia 3 czerwca 2010 r. do dnia 31 marca 2011 r. oraz od dnia 2 lutego 2012 r. do dnia 10 lutego 2012 r. Natomiast według organu odwoławczego w sprawie brak jest podstaw prawnych do zastosowania przerwy w naliczaniu odsetek za zwłokę za cały okres od dnia 8 października 2009 r. do dnia 3 listopada 2011 r. Postępowanie kontrolne wobec skarżącej w zakresie podatku dochodowego od osób prawnych za 2007 r. zostało wszczęte przez Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w W. w dniu 8 października 2009 r. Decyzja Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w W. z dnia 3 marca 2010 r. określająca wysokość zobowiązania w podatku dochodowym od osób prawnych za 2007 r. została doręczona w dniu 8 marca 2010 r., tj. przed upływem 6 miesięcy od dnia wszczęcia postępowania kontrolnego.
Zdaniem organu bez znaczenia dla okresu za jaki należy zastosować, w oparciu o art. 24 ust. 5 ustawy z dnia 28 września 1991 r. o kontroli skarbowej (Dz. U. z 2011 r. Nr 41 poz. 214 ze zm., dalej “u.k.s."), przerwę w naliczaniu odsetek za zwłokę od zaległości w podatku dochodowym od osób prawnych za 2007 r. pozostaje fakt, iż ww. decyzja została następnie uchylona przez organ odwoławczy, a sprawa przekazana do ponownego rozpatrzenia. Po ponownym rozpatrzeniu sprawy Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej w W. decyzją z dnia 27 października 2011 r. określił stronie zobowiązanie z tytułu podatku dochodowego od osób prawnych za 2007r. w kwocie 39.955.944,00 zł. Akta sprawy, na podstawie których wydane zostało powyższe rozstrzygnięcie wpłynęły do Urzędu Kontroli Skarbowej w W. w dniu 12 maja 2011 r. Tym samym ww. decyzja również została wydana z zachowaniem 6 miesięcznego terminu.
2. W skardze na powyższe postanowienie skarżąca zarzuciła naruszenie: art. 54 § 3 Ordynacji podatkowej oraz art. 24 ust. 5 i art. 31 ust. 1 u.k.s. poprzez błędne określenie okresu, za który należne są od spółki odsetki za zwłokę, a w konsekwencji błędne określenie wysokości należnych odsetek i nieprawidłowe zaliczenie dokonanej wpłaty na poczet należności głównej i odsetek; art. 7 Konstytucji RP i art. 120 Ordynacji podatkowej poprzez akceptację dla wydania postanowienia organu pierwszej instancji bez podstawy prawnej, a także art. 55 § 2 w związku z art. 62 § 4 Ordynacji podatkowej poprzez bezpodstawne jego zastosowanie.
W odpowiedzi na skargę Dyrektor Izby Skarbowej w Warszawie podtrzymał stanowisko wyrażone w zaskarżonym postanowieniu i wniósł o oddalenie skargi.
3. W uzasadnieniu rozstrzygnięcia Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie wskazał, że organy podatkowe przy naliczaniu odsetek za zwłokę prawidłowo zastosowały wskazane wyżej regulacje prawne zawarte w przepisach Ordynacji podatkowej i u.k.s. Uwzględniły okresy wyłączające naliczanie odsetek, na podstawie art. 54 § 1 pkt 3 Ordynacji podatkowej tj. od dnia 3 czerwca 2010 r. do dnia 31 marca 2011 r. oraz od dnia 2 lutego 2012 r. do 2 października 2012 r. Następnie Sąd zaznaczył, że ponieważ na spółce ciążyła zaległość w podatku dochodowym od osób prawnych za 2007 r. w wysokości 4.066.051 zł, a dokonana w dniu 10 lutego 2012 r. wpłata w kwocie 6.590.174 zł pokrywała w całości ww. zaległości oraz należne od niej odsetki za zwłokę po wyłączeniu okresów, za które przy ich naliczaniu, organ podatkowy zgodnie z dyspozycją art. 55 § 2 Ordynacji podatkowej zobowiązany był do zaliczenia przedmiotowej wpłaty na poczet kwoty zaległości podatkowej oraz kwoty odsetek za zwłokę. W ocenie Sądu powyższe czynności zostały podjęte zgodnie z przepisami prawa, które miały w niniejszej sprawie zastosowanie tj. art. 62 § 1 i § 4 oraz i art. 55 § 2 Ordynacji podatkowej.
4. W skardze kasacyjnej pełnomocnik spółki wniósł o uchylenie zaskarżonego wyroku w całości i przekazanie sprawy do ponownego rozpoznania ewentualnie rozpoznanie skargi oraz zasądzenie kosztów postępowania. W oparciu o art. 174 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2002 r. Nr 153 poz. 1270 ze zm., dalej "p.p.s.a."), autor skargi kasacyjnej podniósł zarzut naruszenia:
1) art. 141 § 4 p.p.s.a., polegające na braku szczegółowego uzasadnienia orzeczenia poprzez nieprzedstawienie argumentów oraz braku prezentacji przeprowadzonego toku wnioskowania, a także zastosowanych metod wykładni, które doprowadziły Sąd pierwszej instancji do podjęcia rozstrzygnięcia oddalającego skargę,
2) art. 54 § 3 Ordynacji podatkowej w związku z art. 24 ust. 5 i art. 31 ust. 1 u.k.s., skutkującą uznaniem, że przewidziane w art. 54 § 3 Ordynacji podatkowej po uchyleniu decyzji i przekazaniu jej do ponownego rozpatrzenia, terminy liczone są na nowo od dnia otrzymania akt sprawy przez organ odwoławczy, co doprowadziło do błędnego określenia wysokości należnych odsetek za zwłokę i nieprawidłowego zaliczenia dokonanej przez skarżącą wpłaty na poczet zaległości głównej i odsetek,
3) art. 55 § 2 w związku z art. 62 § 4 Ordynacji podatkowej poprzez uznanie, że przepisy te znajdują zastosowanie w sprawie, co doprowadziło do naruszenia art. 120 Ordynacji podatkowej oraz art. 7 Konstytucji RP.
5. Rozpoznając niniejszą skargę kasacyjną Naczelny Sąd Administracyjny uznał, iż ma ona usprawiedliwione podstawy, dlatego należało ją uwzględnić. Trafne okazały się zarzuty naruszenia przepisów prawa materialnego, wymienione w pkt 2) skargi kasacyjnej, w zakresie dotyczącym ustalenia okresu, za który spółka zobowiązana była uiścić odsetki za zwłokę. W ocenie Sądu administracyjnego pierwszej instancji, art. 54 § 3 Ordynacji podatkowej należy rozumieć w taki sposób, że w przypadku uchylenia decyzji i przekazania sprawy do ponownego rozpatrzenia, termin do wydania decyzji liczony jest na nowo. Tymczasem w uchwale z 26 października 2015 r., sygn. akt I FPS 2/15, Naczelny Sąd Administracyjny uznał, że artykuł 54 § 3 Ordynacji podatkowej należy tak rozumieć, że w razie uchylenia decyzji i przekazania sprawy do ponownego rozpoznania, termin 3-miesięczny, o którym mowa w art. 54 § 1 pkt 7 Ordynacji podatkowej należy liczyć, sumując czasookresy trwania postępowania przed organem pierwszej instancji, od dnia wszczęcia postępowania podatkowego do dnia doręczenia ponownej decyzji organu pierwszej instancji. Ponieważ rozstrzygnięcie Sądu administracyjnego pierwszej instancji stoi w jawnej sprzeczności z przytoczoną tezą uchwały, zarzuty naruszenia art. 54 § 3 Ordynacji podatkowej oraz art. 24 ust. 5 i art. 31 ust. 1 u.k.s. uznać należało za zasadne.
Przystępując do rozpoznania zarzutów skargi kasacyjnej dotyczących naruszenia art. 55 § 2 w związku z art. 62 § 4 Ordynacji podatkowej poprzez uznanie, ze przepisy te maja w sprawie zastosowanie należy zwrócić uwagę na wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 19 maja 2009 r., sygn. akt I FSK 264/08, w którym słusznie stwierdzono, że "z treści art. 55 § 2 O.p. wynika, że ma on zastosowanie w razie, gdy dokonana wpłata nie pokrywa zaległości. Odesłanie zawarte w art. 76a § 1 o.p. do odpowiedniego stosowania tego przepisu w przypadku zaliczenia nadpłaty na poczet zaległości podatkowych oznacza, że zasady określone w tym przepisie odnoszące się do wpłat stosuje się do nadpłat i zwrotu różnicy podatku, w tym ostatnim przypadku ze względu na treść art. 76b tej ustawy, nie pokrywających zaległości podatkowych. Jeżeli więc wpłata, nadpłata czy zwrot podatku, pokrywa zaległości podatkowe, to przepis ten w ogóle nie ma zastosowania".
Z treści uzasadnienia zaskarżonego orzeczenia wynika, że na spółce ciążyła zaległość w podatku dochodowym od osób prawnych w wysokości 26.895.308,00 zł Natomiast spółka w dniu 8 listopada 2011 r. dokonała wpłaty 30.619.074,00 zł, która nie pokrywała w całości ww. zaległości oraz należnych odsetek za zwłokę. W tej sytuacji skoro autor skargi kasacyjnej nie wzruszył skutecznie powyższych ustaleń, za takie bowiem nie można uznać twierdzenia, że "dokonana wpłata pokrywała kwotę zaległości podatkowej oraz odsetek za zwłokę naliczonych od tej zaległości odsetek" to zarzuty skargi kasacyjnej nie mogły zostać uwzględnione. Jednakże w realiach rozpatrywanej sprawy, skoro sprawa będzie przedmiotem ponownej oceny przed organami podatkowymi gdyż zarzuty skargi zostały uwzględnione w zakresie dotyczącym okresu, za który należało naliczyć odsetki za zwłokę, to kwestia zarzutów wymienionych w pkt 3 skargi kasacyjnej nie ma już istotnego znaczenia dla potrzeb tej sprawy.
Ponieważ istota sprawy została dostatecznie wyjaśniona Naczelny Sąd Administracyjny orzekł jak w sentencji na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. a) i c) w związku z art. 188 p.p.s.a. O zwrocie kosztów postępowania w sprawie orzeczono na podstawie art. 200, art. 203 pkt 1 oraz art. 205 § 2 p.p.s.a. w związku z § 14 ust. 2 pkt 1 lit. c) i ust. 2 pkt 2 lit. b) rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z dnia 28 września 2002 r. w sprawie opłat za czynności radców prawnych oraz ponoszenia przez Skarb Państwa kosztów pomocy prawnej udzielonej przez radcę prawnego ustanowionego z urzędu (Dz. U. Nr 163, poz. 1349 ze zm.)