Wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Gorzowie Wlkp.z 17 września 2020 r., sygn. akt I SA/Go 288/20

Uzasadnienie

Wnioskiem z dnia [...] marca 2020 r. (data wpływu: 6 marca 2020 r.), F. sp. z o.o. (dalej jako: "Wnioskodawca", "Spółka", "Skarżąca") wystąpiła do Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej (dalej jako "Organ") o wydanie interpretacji indywidualnej dotyczącej podatku dochodowego od osób prawnych.

We wniosku przedstawiono następujący stan faktyczny:

Wnioskodawca jest spółką kapitałową podlegającą nieograniczonemu obowiązkowi podatkowemu na terytorium Rzeczypospolitej Polskiej. Spółka jest producentem wyrobów foliowych. Prowadzi działalność gospodarczą w zakładzie produkcyjnym zlokalizowanym na terenie (...) Specjalnej Strefy Ekonomicznej (dalej: "SSE") na podstawie czterech zezwoleń:

1. - Zezwolenia z [...] lipca 2000 r. (dalej: "Zezwolenie I");
2. - Zezwolenia z [...] listopada 2010 r. (dalej: "Zezwolenie II");
3. - Zezwolenia z [...] maja 2014 r. (dalej: "Zezwolenie III");
4. - Zezwolenia z [...] stycznia 2018 r. (dalej: "Zezwolenie IV").

Na podstawie każdego Zezwolenia Spółka produkuje wyroby foliowe (będące tzw. wyrobami strefowymi). We wszystkich Zezwoleniach zostały określone warunki prowadzenia działalności gospodarczej (przeprowadzenie inwestycji o określonych wartościach oraz zwiększenie zatrudnienia). W przypadku Zezwoleń I-III warunki te zostały w całości spełnione. Natomiast, w przypadku Zezwolenia IV termin na spełnienie warunków jeszcze nie upłynął (najwcześniejszy termin określony został na [...] grudnia 2021 r.).

Zezwolenie I zostało wydane na czas oznaczony do [...] listopada 2017 r. Zezwolenia II-IV nie były ograniczone terminem ważności.

Na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34 ustawy z 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych (t.j. Dz. U. z 2019 r., poz. 865 ze zm., dalej: "u.p.d.o.p."), w związku z art. 12 ustawy z 20 października 1994 r. o specjalnych strefach ekonomicznych (t.j. Dz. U. z 2019 r., poz. 482 ze zm., dalej: "ustawa o SSE"), Spółka kwalifikuje/będzie kwalifikowała dochody uzyskane z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie SSE objętej odpowiednio Zezwoleniem I, II, III i IV jako wolne od podatku dochodowego od osób prawnych.

Spółka wyjaśniła, iż na dzień [...] maja 2004 r. posiadała status średniego przedsiębiorstwa w rozumieniu załącznika 1 do rozporządzenia nr 70/2001/WE z 12 stycznia 2001 r. w sprawie zastosowania art. 87 i 88 Traktatu WE w odniesieniu do pomocy państwa dla małych i średnich przedsiębiorstw (Dz.U. WE L 10 z 13 stycznia 2001 r.). Na dzień [...] maja 2004 r. Spółka spełniała również kryteria do zakwalifikowania jej do grupy średnich przedsiębiorstw, zgodnie z przepisami ustawy z 19 listopada 1999r. - Prawo działalności gospodarczej (Dz.U. Nr 101, poz. 1178, ze zm., w brzmieniu obowiązującym na dzień 1 maja 2004 r.).

Jak wskazała Spółka we wniosku kolejnym istotnym elementem stanu faktycznego jest kwestia wykorzystania puli pomocy publicznej wygenerowanej z kosztów kwalifikowanych poniesionych w ramach Zezwolenia I. Na podstawie art. 12 ustawy o SSE (w brzmieniu obowiązującym do 31 grudnia 2000 r.), w związku z art. 5 ust. 1 pkt 2 ustawy z 2 października 2003 r. o zmianie ustawy o specjalnych strefach ekonomicznych i niektórych ustaw (Dz.U. Nr 188, poz. 1840, ze zm., dalej: "Nowelizacja z 2004 r."), w odniesieniu do dochodów z działalności prowadzonej na podstawie Zezwolenia I, Spółka była uprawniona do zwolnienia z podatku dochodowego od osób prawnych niezależnie od wielkości poniesionych wydatków inwestycyjnych i kosztów związanych ze zwiększeniem zatrudnienia (pomoc publiczna nielimitowana z uwagi na wysokość kosztów kwalifikowanych i wskaźnik intensywności pomocy). Jako przedsiębiorca średniej wielkości Spółka była uprawniona do korzystania z niej do końca 2010 r. Na podstawie art. 6 ust. 1 nowelizacji, o której mowa powyżej, Spółka była uprawniona do wystąpienia z wnioskiem do ministra właściwego do spraw gospodarki o zmianę Zezwolenia I polegającą na zastosowaniu w stosunku do Wnioskodawcy przepisów dotyczących zwolnień podatkowych limitowanych co do kwoty, ale za to nieograniczonych limitem czasowym, tj. datą [...] grudnia 2010 r. Spółka nie wystąpiła z takim wnioskiem.

Spółka spełniła obowiązki odnoszące się do Zezwolenia I, tj. poniosła wydatki kwalifikowane w związku z realizacją nowej inwestycji i stworzeniem miejsc pracy. Do końca 2010 r. Spółka mogła korzystać z nielimitowanej pomocy publicznej. Gdyby liczyć wykorzystaną do końca 2010 r. pomoc publiczną według zasad określonych na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34 u.p.d.o.p. (jako iloczyn wydatków kwalifikowanych i wskaźnika intensywności pomocy publicznej) to należałoby uznać, iż Spółka (do końca 2010 r.) wykorzystała jedynie część przysługującej jej pomocy publicznej (dostępna pula pomocy publicznej była większa od pomocy publicznej faktycznie wykorzystanej przez Spółkę).

Spółka sformułowała następujące pytania:

1. 1) Czy w okresie od [...] stycznia 2011 r. do [...] listopada 2017 r. Spółka była uprawniona do stosowania zwolnienia z podatku dochodowego od osób prawnych według zasad wynikających z art. 17 ust. 1 pkt 34 u.p.d.o.p. (dostępna pula pomocy publicznej ustalana jako iloczyn wydatków kwalifikowanych i wskaźnika intensywności pomocy publicznej), w związku z działalnością prowadzoną na podstawie Zezwolenia I?
2. 2) Czy zwolnieniu z podatku dochodowego od osób prawnych powinien podlegać dochód uzyskiwany z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie SSE, w ten sposób, że w pierwszej kolejności wykorzystany został limit dostępnej pomocy publicznej w ramach zezwolenia wydanego najwcześniej tj. Zezwolenia I, a po jego wyczerpaniu lub wygaśnięciu wykorzystane zostały/zostaną limity dostępne w ramach zezwoleń wydanych chronologicznie, tj. Zezwolenia II, a następnie Zezwolenia III i w dalszej kolejności Zezwolenia IV, przy czym, Spółka była i będzie uprawniona do prowadzenia jednej, łącznej ewidencji rachunkowej dla działalności podlegającej zwolnieniu z podatku dochodowego od osób prawnych, tj. wspólnej dla wszystkich Zezwoleń?
3. 3) Czy prawidłowa jest metodologia ustalania dostępnej na dzień [...] stycznia 2011 r. puli pomocy publicznej w ramach zwolnienia z podatku dochodowego od osób prawnych na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34 u.p.d.o.p., tj. poprzez ustalenie jej z uwzględnieniem kosztów kwalifikowanych poniesionych w ramach spełniania warunków wynikających z Zezwolenia I i wskaźnika intensywności pomocy publicznej, a następnie pula ta powinna być pomniejszona o wartość pomocy publicznej (zwolnienia z podatku dochodowego od osób prawnych) wykorzystanej przez Spółkę do końca 2010 r. w ramach tzw. nielimitowanej pomocy publicznej?
4. 4) Czy od 1 stycznia 2011 r. zwolnieniem z podatku dochodowego od osób prawnych na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34 u.p.d.o.p., powinien być objęty dochód ustalony łącznie dla całej działalności gospodarczej prowadzonej na terenie SSE na podstawie wszystkich posiadanych przez Spółkę Zezwoleń, aż do wysokości ograniczeń wynikających z tych Zezwoleń, bez konieczności przyporządkowywania poszczególnych limitów pomocy publicznej do poszczególnych inwestycji określonych w kolejno wydawanych Zezwoleniach?

W zakresie zadanych pytań Spółka zajęła stanowisko, zgodnie z którym:

1. 1) W okresie od [...] stycznia 2011 r. do [...] listopada 2017 r. Spółka była uprawniona do stosowania zwolnienia z podatku dochodowego od osób prawnych według zasad wynikających z art. 17 ust. 1 pkt 34 u.p.d.o.p. (dostępna pula pomocy publicznej ustalana jako iloczyn wydatków kwalifikowanych i wskaźnika intensywności pomocy publicznej), w związku z działalnością prowadzoną na podstawie Zezwolenia I.
2. 2) Zwolnieniu z podatku dochodowego od osób prawnych powinien podlegać dochód uzyskiwany z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie SSE, w ten sposób, że w pierwszej kolejności wykorzystany został limit dostępnej pomocy publicznej w ramach zezwolenia wydanego najwcześniej tj. Zezwolenia I, a po jego wyczerpaniu lub wygaśnięciu Zezwolenia I, wykorzystane zostały/zostaną limity dostępne w ramach zezwoleń wydanych chronologicznie, tj. Zezwolenia II, a następnie Zezwolenia III i w dalszej kolejności Zezwolenia IV, przy czym, Spółka była i będzie uprawniona do prowadzenia jednej, łącznej ewidencji rachunkowej dla działalności podlegającej zwolnieniu z podatku dochodowego od osób prawnych, tj. wspólnej dla wszystkich Zezwoleń.
3. 3) Prawidłowa jest metodologia ustalania dostępnej na dzień [...] stycznia 2011 r. puli pomocy publicznej w ramach zwolnienia z podatku dochodowego od osób prawnych na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34 u.p.d.o.p., tj. poprzez ustalenie jej z uwzględnieniem kosztów kwalifikowanych poniesionych w ramach spełniania warunków wynikających z Zezwolenia I i wskaźnika intensywności pomocy publicznej, a następnie pula ta powinna być pomniejszona o wartość pomocy publicznej (zwolnienia z podatku dochodowego od osób prawnych) wykorzystanej przez Spółkę do końca 2010 r. w ramach tzw. nielimitowanej pomocy publicznej.
4. 4) Zwolnieniem na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34 u.p.d.o.p., powinien być objęty dochód ustalony łącznie dla całej działalności gospodarczej prowadzonej na terenie specjalnej strefy ekonomicznej na podstawie wszystkich posiadanych przez Spółkę Zezwoleń, aż do wysokości ograniczeń wynikających z tych Zezwoleń, bez konieczności przyporządkowywania poszczególnych limitów pomocy publicznej do poszczególnych inwestycji określonych w kolejno wydawanych zezwoleniach.

W dniu [...] czerwca 2020 r. Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej wydał interpretację indywidualną znak: [...], w której uznał stanowisko skarżącej za nieprawidłowe.

W zaskarżonej interpretacji Organ stwierdził, że Zezwolenie I zostało Skarżącej wydane dnia [...] lipca 2000 r. oraz przytoczył przepisy dotyczące zwolnienia dochodów uzyskanych z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie specjalnej strefy ekonomicznej obowiązujące na moment wydania zezwolenia.

Organ podkreślił, że na gruncie ustawy o SSE można wyróżnić dwie grupy przedsiębiorców: tzw. "starych przedsiębiorców", którzy - tak jak Spółka - uzyskali zezwolenia przed 1 stycznia 2001 r., uprawnionych do korzystania z pomocy publicznej na preferencyjnych zasadach w postaci nielimitowanych zwolnień podatkowych oraz przedsiębiorców, którzy uzyskali zezwolenia po tej dacie i korzystają z pomocy publicznej limitowanej, uzależnionej od wysokości poniesionych wydatków inwestycyjnych.

Następnie Organ wskazał, że normy przejściowe przyjęte w związku z wprowadzeniem nowych zasad korzystania ze zwolnienia od podatku dochodów uzyskiwanych z działalności na terenie SSE zachowały tzw. stary reżim prawny dla przedsiębiorców, którzy uzyskali zezwolenie przed dniem 1 stycznia 2001 r. Stosownie do art. 5 ustawy z dnia 16 listopada 2000 r. o zmianie ustawy o specjalnych strefach ekonomicznych oraz o zmianie niektórych ustaw (Dz.U. z 2000 r. Nr 117, poz. 1228, ze zm., dalej: "ustawa zmieniająca z 2000 r."), przedsiębiorcy, którzy przed dniem wejścia w życie ustawy uzyskali zezwolenia na podstawie art. 16 ust. 1 ustawy o SSE, zachowują przez okres ważności zezwolenia prawo do zwolnień i preferencji podatkowych określonych w art. 12 ustawy, o której mowa w art. 1 ustawy o SSE, w brzmieniu obowiązującym przed dniem wejścia w życie niniejszej ustawy. W zakresie zwolnień i preferencji podatkowych przysługujących przedsiębiorcom, o których mowa w ust. 1, stosuje się przepisy art. 12-14 i 19 ustawy o SSE, w brzmieniu obowiązującym przed dniem wejścia w życie niniejszej ustawy.

W ten sposób ustawodawca przesądził, że do tzw. "starych przedsiębiorców" zastosowanie mają przepisy obowiązujące do 31 grudnia 2000 r. W konsekwencji, wprowadzony po tym terminie przepis art. 17 ust. 1 pkt 34 u.p.d.o.p., w ocenie organu nie ma zastosowania do tych podmiotów.

Skarżąca w dniu wejścia w życie Nowelizacji z 2004 r., tj. w dniu 1 maja 2004 r. posiadała status średniego inwestora, o którym mowa w art. 5 ust. 1 pkt 2 tejże ustawy. Analizując regulacje prawne odnoszące się do stanu faktycznego przedstawionego w przedmiotowej sprawie, w tym prześledzenie procesu zmian stanu prawnego, Organ doszedł do wniosku, że na podstawie art. 5 Nowelizacji z 2004 r., Skarżąca, jako średni inwestor, zachowała do dnia 31 grudnia 2010 r. prawo do zwolnienia podatkowego określonego w art. 12 ust. 1 ustawy o SSE, w brzmieniu obowiązującym do końca 2000 r. Po dniu 31 grudnia 2010 r. Skarżąca nie miała już prawa do korzystania ze zwolnienia z podatku na podstawie Zezwolenia I. W konsekwencji powyższego, Organ stwierdził, że Skarżąca nie może prowadzić jednej łącznej ewidencji dla wszystkich Zezwoleń i nie może objąć zwolnieniem z podatku dochodowego od osób prawnych dochodu z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie SSE i objętej Zezwoleniami, w ten sposób, że w pierwszej kolejności zostanie wykorzystany limit dostępnej pomocy publicznej w ramach Zezwolenia I (tj. wydanego najwcześniej), a po jego wyczerpaniu wykorzystywane będą kolejno limity dostępne w ramach Zezwolenia II, III a następnie IV (tj. chronologicznie wydanych później).

Na gruncie powyższego, za nieprawidłowe Organ uznał stanowisko Skarżącej, zgodnie z którym zwolnieniem na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34 u.p.d.o.p., powinien być objęty dochód ustalony łącznie dla całej działalności gospodarczej prowadzonej na terenie specjalnej strefy ekonomicznej na podstawie wszystkich posiadanych przez Skarżącą Zezwoleń, aż do wysokości ograniczeń wynikających z tych Zezwoleń, bez konieczności przyporządkowywania poszczególnych limitów pomocy publicznej do poszczególnych inwestycji określonych w kolejno wydawanych zezwoleniach.

W rezultacie, Organ za błędną również uznał wskazaną przez Skarżącą metodologię ustalania dostępnej na dzień [...] stycznia 2011 r. puli pomocy publicznej w ramach zwolnienia z podatku dochodowego od osób prawnych, poprzez ustalenie jej z uwzględnieniem kosztów kwalifikowanych poniesionych w ramach spełniania warunków wynikających z Zezwolenia I i wskaźnika intensywności pomocy publicznej, a następnie pomniejszenie jej o wartość pomocy publicznej wykorzystanej przez Skarżącą do końca 2010 r. w ramach tzw. nielimitowanej pomocy publicznej.

W skardze na powyższą interpretację Spółka zarzuciła naruszenie przepisów prawa materialnego, tj.:

1. a) art. 17 ust. 1 pkt 34 u.p.d.o.p. poprzez jego błędną wykładnię, a w konsekwencji również niewłaściwą ocenę co do jego zastosowania, które to naruszenie skutkowało uznaniem, że przepis ten nie znajduje zastosowania do przedsiębiorców takich jak Skarżąca, którzy przed dniem 1 stycznia 2001 r. uzyskali zezwolenia na podstawie art. 16 ust. 1 ustawy o SSE, a w konsekwencji uznanie, że przepis ten nie stanowi podstawy prawnej korzystania przez Skarżącą ze zwolnienia z podatku dochodowego od osób prawnych na po dniu 31 grudnia 2010 r.,
2. b) art. 12 ust. 1 ustawy o SSE, w brzmieniu obowiązującym do dnia 31 grudnia 2000 r., poprzez jego błędną wykładnię i w rezultacie niewłaściwą ocenę co do jego zastosowania, wskutek błędnego przyjęcia, że przepis ten stanowi podstawę prawną korzystania przez spółkę ze zwolnienia z podatku dochodowego w miejsce wskazanego przez spółkę art. 17 ust. 1 pkt 34 u.p.d.o.p., co prowadziło do uznania przez Organ, że Skarżąca nie miała prawa do korzystania ze zwolnienia z podatku dochodowego od osób prawnych na podstawie po dniu 31 grudnia 2010 r.,
3. c) art. 5 ust. 1 Nowelizacji z 2004 r. poprzez jego błędną wykładnię i w rezultacie niewłaściwą ocenę co do jego zastosowania, poprzez błędne uznanie, że przepis ten wyłącza możliwość korzystania ze zwolnienia z podatku dochodowego od osób prawnych, również po upływie okresu przejściowego, tj. po 31 grudnia 2010 r. (w przypadku średniego przedsiębiorcy), na zasadach określonych w art. 17 ust. 1 pkt 34 u.p.d.o.p., co razem skutkowało również błędnym uznaniem przez Organ stanowiska Skarżącej za nieprawidłowe, w kwestii prowadzenia jednej, łącznej ewidencji dla wszystkich Zezwoleń; objęcia zwolnieniem z podatku dochodowego od osób prawnych dochodu z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie SSE i objętej Zezwoleniami w sposób chronologiczny; metodologii kalkulacji limitu dostępnej pomocy w ramach Zezwolenia wydanego przed dniem 1 stycznia 2001 r.; ustalania dochodu łącznie dla całej działalności gospodarczej prowadzonej na terenie specjalnej strefy ekonomicznej na podstawie wszystkich posiadanych przez Skarżącą Zezwoleń, bez konieczności przyporządkowania poszczególnych limitów pomocy publicznej do poszczególnych inwestycji określonych w kolejno wydawanych zezwoleniach.

Skarżąca Spółka zarzuciła naruszenie przepisów postępowania, które miało istotny wpływ na wynik sprawy, tj. w szczególności:

1. a) art. 14c § 2 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (t.j. Dz.U. z 2019 r., poz. 900, ze zm.; dalej: "O.p."), poprzez brak sformułowania przez Organ prawidłowego uzasadnienia prawnego oceny stanowiska Skarżącej;
2. b) art. 14e § 1 pkt 1 O.p., poprzez pominięcie w analizie jednolitej linii orzeczniczej sądów administracyjnych, powołanej przez Skarżącą.

Wobec powyższego, Skarżąca wniosła o uchylenie Interpretacji w całości oraz zasądzenie od Organu kosztów postępowania, w tym kosztów zastępstwa procesowego według norm prawem przepisanych.

W odpowiedzi na skargę organ wniósł o jej oddalenie.

Wojewódzki Sąd Administracyjny zważył, co następuje

Skarga okazała się zasadna.

Na podstawie art. 1 § 1 i § 2 ustawy z dnia 25 lipca 2002 r. Prawo o ustroju sądów administracyjnych (t.j. Dz. U. z 2018 r., poz. 2107), sądy administracyjne sprawują wymiar sprawiedliwości między innymi poprzez kontrolę działalności administracji publicznej, przy czym zasadą jest, że kontrola ta sprawowana jest pod względem zgodności z prawem, jeżeli ustawy nie stanowią inaczej. Z kolei stosownie do art. 134 § 1 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (tekst jedn.: Dz. U. z 2019 r. poz. 2325) – zwanej dalej "P.p.s.a.", Sąd rozstrzyga w granicach danej sprawy nie będąc jednak związany zarzutami i wnioskami skargi oraz powołaną podstawą prawną, z zastrzeżeniem art. 57a.

Ten ostatni przepis stanowi, że skarga na pisemną interpretację przepisów prawa podatkowego wydaną w indywidualnej sprawie, opinię zabezpieczającą i odmowę wydania opinii zabezpieczającej może być oparta wyłącznie na zarzucie naruszenia przepisów postępowania, dopuszczeniu się błędu wykładni lub niewłaściwej oceny co do zastosowania przepisu prawa materialnego. Sąd administracyjny jest związany zarzutami skargi oraz powołaną podstawą prawną.

Przedmiotem zaskarżenia jest interpretacja indywidualna Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej dotycząca szeregu kwestii, jednak ich wspólnym mianownikiem jest stwierdzenie, że po 1 stycznia 2011 r. spółka nie była uprawniona do stosowania zwolnienia z podatku według zasad wynikających z art. 17 ust. 1 pkt 34 u.p.d.o.f. Organ uznał bowiem, że normy przejściowe przyjęte w związku z wprowadzeniem nowych zasad korzystania ze zwolnienia od podatku dochodów uzyskiwanych z działalności na terenie SSE zachowały tzw. stary reżim prawny dla przedsiębiorców, którzy uzyskali zezwolenie przed dniem 1 stycznia 2001 r. Ustawodawca przesądził bowiem, że do tzw. "starych przedsiębiorców" zastosowanie mają przepisy obowiązujące do 31 grudnia 2000 r. Zatem wprowadzony po tym terminie przepis art. 17 ust. 1 pkt 34 u.p.d.o.p., nie ma zastosowania do tych podmiotów.

Sąd rozpoznający niniejszą sprawę nie podziela tego poglądu. Jak trafnie zauważył autor skargi, ww. zagadnienie było już przedmiotem szeregu rozstrzygnięć Naczelnego Sądu Administracyjnego. W szczególności w wyrokach: z 13 maja 2015 r. (II FSK 804/13), z 24 maja 2016 r. (II FSK 692/14) czy z 5 stycznia 2017 r. (II FSK 3735/14) (wszystkie orzeczenia dostępne są na orzeczenia.nsa.gov.pl) Naczelny Sąd Administracyjny uznał, że podatnicy, którzy uzyskali zezwolenia przed 1 stycznia 2001 r., zaliczeni do kategorii małych i średnich, z dniem – odpowiednio – [...] stycznia 2012 r. oraz [...] stycznia 2011 r., wobec upływu okresu, o którym mowa w art. 5 ust. 1 pkt 2 nowelizacji z 2004 r., utracili wprawdzie uprawnienie do korzystania ze zwolnienia na preferencyjnych warunkach, wynikających pierwotnie z zezwolenia, nie utracili jednak prawa do zwolnień na zasadach ogólnych, które obowiązują aż do dnia, w którym wygaśnie zezwolenie na prowadzenie działalności w strefie.

W wyrokach tych wywiedziono, że regulacje ustawy o SSE, obowiązujące podatników, którzy zezwolenie na prowadzenie działalności gospodarczej w tych strefach uzyskali przed dniem 1 stycznia 2001 r., zostały zmodyfikowane przez ustawę zmieniającą z 2000 r., przewidującą jednak zachowanie przez tych podatników, przez okres ważności zezwolenia, prawa do zwolnień i preferencji podatkowych, określonych w art. 12 ustawy o SSE. Natomiast mocą nowelizacji z 2004 r. podatnicy, którzy uzyskali status małych i średnich przedsiębiorców, zachowali prawo do korzystania z pomocy publicznej na starych, preferencyjnych zasadach, do końca – odpowiednio – 2011 i 2010 r. Ponieważ jednak art. 5 ust. 1 nowelizacji z 2004 r. nie stanowi samoistnej podstawy do stosowania zwolnienia podatkowego, a jedynie zawiera regulację intertemporalną, na podstawie której mali i średni przedsiębiorcy okresowo zachowali uprawnienie do korzystania ze zwolnień w formie uregulowanej przepisami stosowanymi przed wejściem w życie tej nowelizacji, a więc w zakresie bardziej korzystnym, nie ma podstaw do przyjęcia, że przepis ten rozstrzyga o niestosowaniu po upływie wymienionych dat ogólnych reguł, dotyczących zwolnień podatkowych od dochodów uzyskanych z działalności w specjalnych strefach ekonomicznych.

Należy więc uznać, że w art. 5 ust. 1 nowelizacji z 2004 r. określono czasowy horyzont stosowania zwolnień podatkowych, opartych na zezwoleniach wydanych do dnia 31 grudnia 2000 r., ale nie wyłączenia ich w ogóle.

Zauważyć również należy, że w czasie, gdy spółka rozpoczęła działalność na terenie SSE, zwolnienie przedsiębiorców działających na terenie Specjalnych Stref Ekonomicznych miało swoją podstawę w art. 12 ustawy o SSE w brzmieniu obowiązującym do dnia 31 grudnia 2000r. Zgodnie z ust. 1 tego artykułu: "dochody uzyskane z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie strefy na podstawie zezwolenia, o którym mowa w art. 16 ust. 1, przez osoby prawne oraz osoby fizyczne prowadzące działalność gospodarczą mogą być, w drodze rozporządzenia Rady Ministrów, całkowicie zwolnione odpowiednio od podatku dochodowego od osób prawnych i podatku dochodowego od osób fizycznych w okresie równym połowie okresu, na jaki ustanowiona została strefa".

W procesie harmonizacji polskich regulacji z regulacjami unijnymi została uchwalona ustawa zmieniająca z 2000 r. Zgodnie z art. 5 ustawy zmieniającej z 2000 r., który obowiązywał w okresie od dnia [...] stycznia 2001 r. do dnia [...] kwietnia 2004 r.: "Przedsiębiorcy, którzy przed dniem wejścia w życie ustawy uzyskali zezwolenia na podstawie art. 16 ust. 1 ustawy wymienionej w art. 1, zachowują przez okres ważności zezwolenia prawo do zwolnień i preferencji podatkowych określonych w art. 12 ustawy, o której mowa w art. 1, w brzmieniu obowiązującym przed dniem wejścia w życie niniejszej ustawy.".

Konsekwencją wprowadzenia ustawy zmieniającej z 2000 r. było rozróżnienie przedsiębiorców działających w specjalnych strefach ekonomicznych na tzw.:

1. - "starych przedsiębiorców", którzy uzyskali zezwolenie strefowe przed dniem 1 stycznia 2001 r.,
2. - "nowych przedsiębiorców", którzy uzyskali zezwolenie strefowe po dniu 1 stycznia 2001 r.

W związku z takim rozróżnieniem, "starzy przedsiębiorcy" zachowali prawo do korzystania ze zwolnienia podatkowego nielimitowanego kwotowo (na podstawie przepisów obowiązujących przed dniem 1 stycznia 2001 r.). Natomiast wszyscy przedsiębiorcy (tj. zarówno "starzy przedsiębiorcy", jak i "nowi przedsiębiorcy") byli uprawnieni do zwolnienia limitowanego kwotowo na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34 u.p.d.o.p. wprowadzonego ustawą zmieniającą z 2000 r. Mając jednak na uwadze bardziej korzystny zakres zwolnienia przysługującego na podstawie art. 5 ustawy zmieniającej z 2000 r., w okresie od dnia [...] stycznia 2001 r. do dnia [...] maja 2004 r., "starzy przedsiębiorcy" stosowali zwolnienie na dotychczasowych zasadach.

Innymi słowy, w zmianach legislacyjnych przepisów regulujących zwolnienie podatkowe dochodów uzyskiwanych z działalności na obszarze specjalnych stref ekonomicznych brak jest przepisu, który "pozbawiałby" możliwości korzystania przez tzw. "starych przedsiębiorców" ze zwolnienia na zasadach ogólnych. Przepisy przejściowe mówił bowiem o "zachowaniu prawa" do korzystania ze zwolnienia podatkowego nielimitowanego kwotowo przez określony czas (wyrok NSA z 8 czerwca 2018 r. sygn. akt II FSK 1627/16, orzeczenia.nsa.gov.pl).

W związku z przystąpieniem Polski do Unii Europejskiej, w procesie negocjacji akcesyjnych uzgodniono, że po dniu 1 maja 2004 r., co do zasady wszystkich przedsiębiorców działających w specjalnych strefach ekonomicznych, tj. zarówno "starych" jak i "nowych" ma docelowo obowiązywać reżim wynikający z nowelizacji z 2004 r. Wyrazem ujednolicenia reżimów prawnych odnośnie do skutków podatkowych działalności prowadzonej na terenie specjalnych stref ekonomicznych było uchylenie art. 5 ustawy zmieniającej z 2000 r., zachowującego dla "starych przedsiębiorców" prawo do korzystania ze zwolnienia podatkowego na podstawie przepisów obowiązujących przed dniem 1 stycznia 2001 r. (uchylenia tego przepisu dokonano mocą art. 3 nowelizacji z 2004 r.). Tym samym "starzy" przedsiębiorcy działający w specjalnych strefach ekonomicznych mieli, po upływie okresu przejściowego, rozpocząć korzystanie ze zwolnienia na zasadach ogólnych.

Wynika to wprost z uzasadnienia rządowego projektu ustawy o zmianie ustawy o specjalnych strefach ekonomicznych i niektórych ustaw (druk 1532, IV kadencja Sejmu), który był podstawą ustawy nowelizującej z 2003 r. W uzasadnieniu Rada Ministrów podkreśliła, że:

1. - "Projekt ustawy o zmianie ustawy o specjalnych strefach ekonomicznych i niektórych ustaw ma na celu dostosowanie zasad udzielania pomocy publicznej przedsiębiorcom działającym w sse na podstawie zezwoleń wydanych przed dniem 1 stycznia 2001 r. (a więc takim jak spółka) do warunków wynegocjowanych z Komisją Europejską. Pomoc udzielana na podstawie zezwoleń wydanych przed dniem 1 stycznia 2001 r. jest co do zasady niezgodna z prawem wspólnotowym";
2. - Głównym celem nowelizacji ustawy jest wprowadzenie dla wszystkich przedsiębiorców posiadających zezwolenia wydane przed dniem 1 stycznia 2001 r. nowych zasad korzystania ze zwolnień z podatku dochodowego od dochodu uzyskanego z tytułu prowadzenia działalności gospodarczej określonej w zezwoleniu, zgodnych z warunkami wynegocjowanymi z UE.";
3. - (...) po akcesji każdego przedsiębiorcę (a więc również skarżącą) będą obowiązywać nowe warunki określone w art. 19a (zawarte ostatecznie w art. 5 ustawy zmieniającej z 2003 r.).

Na podstawie art. 5 nowelizacji z 2004 r. dokonano modyfikacji tej obowiązującej ex lege regulacji wynikającej z art. 17 ust. 1 pkt 34 u.p.d.o.p. w stosunku do tzw. "starych przedsiębiorców":

1. - w odniesieniu do małych i średnich "starych przedsiębiorców" - w art. 5 ust. 1 ustawy zmieniającej z 2003 r. - wprowadzono okres przejściowy i odroczono w czasie obowiązywanie zasad ogólnych przewidzianych w art. 17 ust. 1 pkt 34 u.p.d.o.p. -odpowiednio do końca 2011 i 2010 r., natomiast
2. - w odniesieniu do dużych "starych przedsiębiorców" - w art. 5 ust. 2 ustawy nowelizującej z 2003 r. - wprowadzono modyfikacje odnośnie do ogólnych reguł dotyczących metody kalkulacji (uwzględniania) wysokości przysługującego zwolnienia podatkowego oraz sposób kalkulacji kwalifikowanych wydatków inwestycyjnych, które zostały określone w przepisach regulujących działalność poszczególnych specjalnych stref ekonomicznych.

W konsekwencji - wbrew stanowisku organu - art. 17 ust. 1 pkt 34 u.p.d.o.p. ma zastosowanie ex lege zarówno do "nowych przedsiębiorców", jak i do "starych przedsiębiorców", z tym że:

1. - w odniesieniu do średnich "starych przedsiębiorców" wprowadzono okres przejściowy, na podstawie którego stosowanie art. 17 ust. 1 pkt 34 u.p.d.o.p. zostało odroczone w czasie do dnia 1 stycznia 2011 r.;
2. - w odniesieniu do dużych "starych przedsiębiorców" art. 17 ust. 1 pkt 34 u.p.d.o.p. stosowany jest od dnia 1 maja 2004 r.

Ponadto, jak wskazano w wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego z 13 marca 2019 r. sygn. akt II FSK 3840/18 (orzeczenia.nsa.gov.pl), art. 5 ust. 1 pkt 2 nowelizacji z 2004 r. nie może stanowić samoistnej podstawy do stosowania zwolnienia podatkowego, wyznacza bowiem ramy czasowe dla stosowania norm prawa materialnego opisując niejako warunki ich "dalszego stosowania". Skoro w nowelizacji z 2004 r. ustawodawca nie wypowiedział się wprost, czy po dniu 31 grudnia 2010 r. starzy przedsiębiorcy mogą korzystać ze zwolnień od podatku dochodowego na zasadach ogólnych, to oznacza to, że nie wyłączył takiej możliwości na podstawie stosowania nowych, ogólnych regulacji, a nie – że nie dopuścił takiej możliwości. W przepisie art. 5 ust. 1 ustawy zmieniającej ustawodawca wyraził wolę zmiany uprawnień dotyczących preferencyjnych zwolnień podatkowych opartych na zezwoleniach wydanych do 31 grudnia 2000 r. i dlatego określił ich czasowy horyzont dalszego stosowania.

Gdyby intencją ustawodawcy nie była zmiana zakresu omawianych uprawnień z końcem 2010 r. poprzez przejście z preferencyjnych warunków zwolnień na mniej korzystne warunki ogólne, ale ich całkowite wyłączenie z tą datą, wówczas expressis verbis by to wypowiedział, np. poprzez stwierdzenie, że do wymienionych w art. 5 ust. 1 ustawy zmieniającej przedsiębiorców omawiane zwolnienia podatkowe po wskazanej dacie w ogóle nie mają zastosowania, względnie, że art. 17 ust. 1 pkt 34 u.p.d.o.p. w tych przypadkach się nie stosuje.

Powyższy wynik wykładni znajduje potwierdzenie także w przepisach rozporządzenia Prezesa Rady Ministrów z dnia 20 czerwca 2002 r. w sprawie "Zasad techniki prawodawczej" (Dz. U. Nr 100, poz. 908). Zwrócił na to uwagę NSA w wyroku z 8 czerwca 2018 r., sygn. akt II FSK 1627/16 (orzeczenia.nsa.gov.pl) stwierdzając, że mając na uwadze brzmienie § 30 i 31 tychże Zasad techniki prawodawczej należy przyjąć, że w art. 5 ust. 1 ustawy zmieniającej ustawodawca wyraził wolę zmiany uprawnień dotyczących preferencyjnych zwolnień podatkowych opartych na zezwoleniach wydanych do dnia 31 grudnia 2000 r. i dlatego określił ich czasowy horyzont dalszego stosowania tak, jak tego wymaga § 31 Zasad techniki prawodawczej. Zastosował się bowiem do tej części § 30 ust. 2 pkt 3 Zasad techniki prawodawczej (po średniku), która mówi o konieczności rozstrzygnięcia kwestii zachowania uprawnień powstałych w czasie obowiązywania wcześniej uchylonych przepisów -jeśli "chce się je zmienić".

Skoro zatem ustawodawca formułując treść art. 5 ust. 1 nowelizacji z 2004 r. kierował się dyrektywą wynikającą z § 30 ust. 2 pkt 3 Zasad techniki prawodawczej (po średniku), to oznacza to — zgodnie z Zasadami techniki prawodawczej - że intencją ustawodawcy była zmiana od 1 stycznia 2012 r. zakresu zwolnienia, tj. przejście na zasady ogólne wynikające z art. 17 ust. 1 pkt 34 u.p.d.o.p., a nie całkowite pozbawienie zwolnienia z opodatkowania podatkiem od osób prawnych małych "starych przedsiębiorców". Gdyby intencją ustawodawcy nie była zmiana zakresu zwolnienia w podatku dochodowym od osób prawnych z końcem 2011 r., poprzez przejście z preferencyjnych warunków zwolnień przewidzianych w art. 5 ust. 1 ustawy zmieniającej na mniej korzystne warunki ogólne przewidziane w art. 17 ust. 1 pkt 34 u.p.d.o.p. - ale ich wyłączenie zwolnienia z podatku dochodowego od osób prawnych z tą datą (brak chęci ich zachowania), wówczas stosownie do treści § 30 ust. 2 pkt 3 Zasad techniki prawodawczej (w części: "sprawy te reguluje się tylko w przypadku, gdy nie chce się zachować powstałych uprawnień"), ustawodawca wskazałby na to wprost, np. poprzez stwierdzenie, że do przedsiębiorców wymienionych w art. 5 ust. 1 ustawy zmieniającej - po dacie wskazanej w tym przepisie - nie stosuje się art. 17 ust. 1 pkt 34 u.p.d.o.p.

Inaczej rzecz ujmując, jak wynika z zasad techniki prawodawczej, to wyłączenie stosowania nowych uprawnień w stosunku do "starych" małych przedsiębiorców powinno zostać wyraźnie wskazane w ustawie, jeżeli taki właśnie był cel ustawodawcy.

Sąd rozpoznający niniejszą sprawę podziela wyżej zaprezentowane poglądy i uznaje, że skarżąca w okresie od [...] stycznia 2011 r. do [...] listopada 2017 r. - wobec upływu okresu, o którym mowa w art. 5 ust. 1 pkt 2 nowelizacji z 2004 r., tracąc prawo do korzystania ze zwolnienia na preferencyjnych warunkach - nie utraciła prawa do zwolnień wynikających z zezwolenia na prowadzenie działalności na obszarze specjalnej strefy ekonomicznej na zasadach ogólnych, wynikających z art. 17 ust. 1 pkt 34 u.p.d.o.p. Tym samym, za zasadne należy uznać zarzuty naruszenia art. 17 ust. pkt 34 u.p.d.o.p., art. 12 ust. 1 ustawy o SSE oraz art. 5 ust. 1 nowelizacji z 2004 r.

Powyższa kwestia ma zasadnicze znaczenia dla rozstrzygnięcia sprawy ponieważ odpowiedzi organu na poszczególne pytania były konsekwencją odmiennego stanowiska niż wyżej zaprezentowane.

W trakcie ponownego rozpoznania sprawy organ uwzględni stanowisko Sądu i przez jego pryzmat udzieli odpowiedzi na zadane we wniosku pytania.

Za niezasadne należy natomiast uznać zarzuty naruszenia przepisów postępowania. Zaskarżona interpretacja zawiera bowiem zawiera wskazanie prawidłowego, zdaniem organu, stanowiska wraz z uzasadnieniem prawnym. Wydanie interpretacji w brzmieniu innym niż oczekiwane przez wnioskodawcę nie narusza przepisu art. 14c § 2 O.p. Z kolei pominięcie jednolitej linii orzeczniczej sądów administracyjnych nie narusza art. 14e § 1 pkt 1 O.p. gdyż przewidziano w nim określone uprawnienie (do zmiany wydanej interpretacji z urzędu) a nie obowiązek organu.

Z uwagi na powyższe, na podstawie art. 146 § 1 w zw. z art. 145 § 1 pkt 1 lit. a) P.p.s.a. Sąd orzekł jak w sentencji. O kosztach orzeczono na podstawie art. 200 i 205 § 2 P.p.s.a.