Uzasadnienie
Spółka z o.o. "M " złożyła w Małopolskim Urzędzie Skarbowym deklarację VAT-7 za miesiące grudzień 2004 roku i marzec 2005 roku. W rozliczeniach tych Spółka nie uwzględniła całości podatku naliczonego, jaki zapłaciła w związku z nabywaniem samochodów oraz paliw napędowych, z uwagi na dyspozycję art. 86 ust. 3 i ust. 5 ustawy o podatku od towarów i usług, wprowadzających ograniczenie w odliczaniu podatku naliczonego (50% - nie więcej jednak niż 5.000 zł) w przypadku nabywania samochodów osobowych i innych pojazdów samochodowych o dopuszczalnej ładowności mniejszej od określonej wzorem wskazanym w tym przepisie, oraz zawarty w art. 88 ust. 1 pkt 3 tej ustawy zakaz odliczania podatku naliczonego, gdy związany jest on z nabywaniem paliw silnikowych, oleju napędowego oraz gazu, wykorzystywanych do napędu samochodów osobowych lub pojazdów samochodowych o których mowa w art. 86 ust. 3 i ust. 5 ustawy.
W dniu 12 lipca 2006 roku Spółka skorygowała jednak swoje pierwotne rozliczenie, zwiększając podatek naliczony podlegający odliczeniu o kwotę 64.647 zł - za miesiąc grudzień 2004 roku oraz o kwotę 36.803 zł za miesiąc marzec 2005 roku. Jednocześnie ze skorygowaną deklaracja Spółka złożyła wniosek o zwrot podatku do towarów i usług w wymienionych kwotach za przedmiotowe okresy wraz z oprocentowaniem, dowodząc, iż związany jest on z nabywanymi towarami i usługami służącymi sprzedaży opodatkowanej, dającej co do zasady prawo odliczenia podatku naliczonego od nabywanych towarów i usług jej służących, zaś w tym przypadku nie odliczono go tylko z uwagi na dyspozycje art. 86 ust. 3 i ust. 5 oraz art. 88 ust. 1 pkt 3 ustawy. Tymczasem Spółka zarzuciła, że przepisy o podatku od towarów i usług są sprzeczne z art. 1, art. 17 ust. 1, ust. 2 i ust. 6 oraz art. 38 Szóstej Dyrektywy Rady nr 77/388/EWG z dnia 17 maja 19777 roku w sprawie harmonizacji przepisów Państw Członkowskich dotyczących podatków obrotowych - wspólny system podatku od wartości dodanej; ujednolicona podstawa wymiaru podatku (Dz. Urz. UE Nr L 77.145.1) w związku z Traktatem Akcesyjnym z dnia 16 kwietnia 2003 roku o przystąpieniu Rzeczypospolitej Polskiej do Unii Europejskiej.
Stanowiska Spółki nie podzielił organ podatkowy i decyzjami z dnia [...] Nr [...] oraz Nr [...] Naczelnik Małopolskiego Urzędu Skarbowego odmówił Spółce z o.o. "M" stwierdzenia i zwrotu nadpłaty w podatku od towarów i usług za miesiące grudzień 2004 roku oraz marzec 2005 roku.
Pomimo wniesienia przez Spółkę odwołań od powyższych decyzji Dyrektor Izby Skarbowej, decyzjami z dnia [...] Nr [...], Nr [...] również nie zgodził się z zarzutami Spółki i utrzymał w mocy zaskarżone decyzje organu pierwszej instancji.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Krakowie, postanowieniem z dnia [...] sygn. akt I SA/Kr 603/06 skierował pytanie prejudycjalne do Trybunału Sprawiedliwości Wspólnot Europejskich dotyczące wykładni przepisów prawa wspólnotowego, w przedmiocie ustalenia czy art. 86 ust. 3 i art. 88 ust. 1 pkt 3 ustawy o podatku od towarów i usług są sprzeczne z art. 17 ust 2 i ust. 6 Szóstej Dyrektywy. Podkreślić należy, iż zapytanie, co do zasady dotyczyło art. 86 ust. 3 ustawy o podatku od towarów i usług, jednakże wątpliwości Sądu oparte zostały o analizę zgodności z przepisami Szóstej Dyrektywy oby w/w przepisów tj. art. 86 ust. 3 i art. 88 ust. 1 pkt 3 powołanej ustawy.
Wobec powyższego Wojewódzki Sąd Administracyjny w Krakowie, działając na podstawie art. 125 § 1 pkt 1 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 roku Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi /Dz. U. Nr 153 poz. 1270 ze zm./ z urzędu zawiesił postępowanie sądowe.