Wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Poznaniuz 21 lutego 2019 r., sygn. akt I SA/Po 1024/18

Uzasadnienie

1. 1.1. Decyzją z dnia [...] lipca 2018 r., nr [...], Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego w [...], odmówił [...] (dalej: skarżącej, spółce) stwierdzenia nadpłaty z tytułu podatku dochodowego od osób prawnych za 2015 r. w kwocie [...]zł.

1. 1.2. Powyższa decyzja została wydana w konsekwencji uchylenia przez Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w [...], postanowieniem z dnia [...] września 2017 r., nr [...], postanowienia organu I instancji z dnia [...] czerwca 2017 r., nr [...], o odmowie wszczęcia postępowania podatkowego w sprawie zwrotu skarżącej nadpłaty podatku. Skarga wniesiona przez skarżącą na postanowienie Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w [...] z dnia [...] września 2017 r., została odrzucona przez Wojewódzki Sąd Administracyjny [...], postanowieniem z dnia [...] stycznia 2018 r., sygn. akt: [...].

1. 1.3. W uzasadnieniu wydanej decyzji, organ wskazał, że skarżąca, w dniu [...] marca 2017 r., złożyła korektę zeznania CIT-8 o wysokości osiągniętego dochodu (poniesionej straty) przez podatnika podatku dochodowego od osób prawnych za rok 2015. W złożonej korekcie, skarżąca wycofała się z ustaleń zawartych w wyniku kontroli w zakresie rozliczenia podatku dochodowego od osób prawnych z dnia [...] lutego 2017 r., nr [...] wydanym przez Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w [...] i dokonała ponownej korekty rozliczeń transakcji, co spowodowało zmniejszenie jej zobowiązania podatkowego. Złożenie ww. korekty skutkowało wydaniem w dniu [...] maja 2017 r. przez Naczelnika [...] Urzędu Celno-Skarbowego w [...] upoważnienia nr [...] do przeprowadzenia kontroli celno-skarbowej u skarżącej, w zakresie podatku dochodowego od osób prawnych. Kontrola celno-skarbowa, w dniu [...] września 2017 r., została przekształcona w postępowanie podatkowe w zakresie podatku dochodowego od osób prawnych za 2015 r., które zakończone zostało wydaniem w dniu [...] grudnia 2017 r. decyzji nr [...], którą organ określił spółce zobowiązanie podatkowe w podatku dochodowym od osób prawnych za rok podatkowy obejmujący okres od [...] stycznia 2015 r. do [...] grudnia 2015 r. w wysokości [...] zł. Naczelnik [...] Urzędu Celno-Skarbowego w [...] podtrzymał ustalenia zawarte w wyniku kontroli z dnia [...] lutego 2017 r. nr [...], kwestionując zasadność zaliczenia do kosztów uzyskania przychodów części wydatków poniesionych na zakup skryptów dłużnych, powołując się na treść przepisu art. 16 ust. 1 pkt 8 oraz art. 12 ust. 3, w związku z ust. 3e ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych (t.j. Dz. U. z 2014 r. poz. 851 z późn. zm., dalej: UPDOP). Stanowisko organu oparte było na założeniu, że przedmiotowe skrypty stanowią papiery wartościowe.

1. 1.4. Organ stwierdził, że rozpatrując kwestę nadpłaty należy mieć na względzie, że w razie złożenia korekty deklaracji podatkowej, zastępuje ona poprzednio złożoną deklarację i wywołuje skutki podatkowe takie, jakie wywoływała wcześniejsza deklaracja. Skarżąca złożyła kolejną korektę zeznania CIT-8 za rok podatkowy obejmujący okres od [...] stycznia 2015 r. do [...] grudnia 2015 r., w której wycofała się z ustaleń zawartych w wyniku kontroli. Zatem korekta ta stanowiła anty-korektę w stosunku do prawnie skutecznej korekty złożonej w wyniku przeprowadzonego postępowania kontrolnego przez Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w [...] zakończonego wynikiem kontroli z dnia [...] lutego 2017 r., nr [...], który swym zakresem obejmował rok 2015. W wyniku przeprowadzenia postępowania kontrolnego organ skarbowy wydał, w dniu [...] grudnia 2017 r., decyzję, nr [...], którą określił skarżącej zobowiązanie podatkowe, podtrzymując jednoczenie ustalenia zawarte w wyniku kontroli. W związku z powyższym, organ wskazał, że decyzja, którą określono spółce zobowiązanie podatkowe zastąpiła korektę zeznania CIT-8 za rok podatkowy obejmujący okres od [...] stycznia 2015 r. do [...] grudnia 2015 r. złożoną w dniu [...] marca 2017 r. Organ podkreślił, że rozstrzygnięcie w zakresie tego zobowiązania ma decydujący wpływ na rozpatrzenie sprawy w przedmiocie stwierdzenia nadpłaty za wskazany okres. Rozpatrując bowiem wniosek o stwierdzenie nadpłaty Naczelnik [...] [...] Urzędu Skarbowego powinien uwzględnić fakt, że w odrębnych postępowaniach, zakończonych wydaniem decyzji, zostało określone zobowiązanie podatkowe. W takiej sytuacji, organ podatkowy nie jest uprawniony do kolejnego, ponownego weryfikowania zeznania i orzekania w przedmiocie podatku dochodowego od osób prawnych w ramach postępowania w sprawie zwrotu nadpłaty, ponieważ dotyczą one tego samego okresu podatkowego.

1. 1.5. Organ wskazał, że w wyniku wydanej w dniu [...] grudnia 2017 r. przez Naczelnika [...] Urzędu Celno-Skarbowego w [...], decyzji nr [...], określającej podatnikowi zobowiązanie podatkowe w podatku dochodowym od osób prawnych za rok podatkowy obejmujący okres od [...] stycznia 2015 r. do [...] grudnia 2015 r. nadpłata podatku nie powstała. W ocenie organu, dopóki istnieje w obrocie prawnym decyzja określająca zobowiązanie podatkowe w podatku dochodowym od osób prawnych za rok podatkowy obejmujący okres od [...] stycznia 2015 r. do [...] grudnia 2015 r., niedopuszczalne jest, w ramach postępowania o zwrot nadpłaty, powtórne orzekanie w tym samym przedmiocie i prowadzenie w tej materii postępowania w oparciu o złożoną przez spółkę korektę zeznania CIT-8. Korekta tego zeznania, po wydaniu przez Naczelnika [...] Urzędu Celno-Skarbowego w [...] decyzji, nie wywołuje skutków prawnych.

1. 1.6. W ocenie organu, w rozpoznawanej sprawie nie została spełniona dyspozycja przepisu art. 75 § 3 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (t.j. Dz. U. z 2018 r., poz. 800, ze zm., dalej: Ordynacji podatkowej), gdyż brak jest zeznania, z której wynikałaby nadpłata. Wydanie przez Naczelnika [...] Urzędu Celno-Skarbowego w [...] decyzji spowodowało określenie zobowiązania podatkowego w innej wysokości niż zadeklarowano w złożonej w dniu [...] marca 2017 r. korekcie zeznania CIT-8, która nie wywołała skutków prawnych. W konsekwencji, organ stwierdził, że u skarżącej, za rok podatkowy obejmujący okres od [...] stycznia 2015 r. do [...] grudnia 2015 r., nie wystąpiła nadpłata w podatku dochodowym od osób prawnych.
2. 2.1. Pismem z dnia [...] lipca 2018 r., skarżąca wniosła odwołanie od decyzji organu I instancji, wnosząc o jej uchylenie i orzeczenie co do istoty sprawy albo też o uchylenie decyzji i przekazania sprawy do ponownego rozpatrzenia przez organ I instancji. Skarżąca zarzuciła wydanemu rozstrzygnięciu naruszenie przepisów:
3. - art. 120 i 121 § 1 Ordynacji podatkowej tj. zasady działania w oparciu o przepisy prawa i prowadzenia postępowania w sposób budzący zaufanie do organów podatkowych,
4. - art. 122 Ordynacji podatkowej poprzez zaniechanie wyjaśnienia wszystkich okoliczności istotnych dla rozstrzygnięcia sprawy,
5. - art. 187 § 1 i art. 191 Ordynacji podatkowej poprzez dowolną ocenę materiału dowodowego, w tym dokonanie ustaleń w sprzeczności ze zgromadzonym materiałem dowodowym i ukierunkowanie swoich działań wyłącznie w celu udowodnienia z góry postawionej tezy,
6. - art. 199a § 1 Ordynacji podatkowej poprzez brak analizy i ustalenia treści czynności prawnej nabycia skryptów dłużnych i realizacji praw wynikających z tych transakcji, uwzględniającej zgodny zamiar stron i cel czynności prawnej, a w konsekwencji przyjęcie wadliwej oceny treści czynności prawnej i błędne określenie skutków podatkowych transakcji nabycia skryptów dłużnych,
7. - art. 79 § 1 Ordynacji podatkowej poprzez wszczęcie i wydanie decyzji w sprawie, w której toczy się już postępowanie podatkowe, co kwalifikuje tę decyzję do stwierdzenia jej nieważności na podstawie art. 247 § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej,
8. - art. 72 § 1 pkt 1, art. 73 § 1 pkt 1 i art. 75 § 1 i § 3 Ordynacji podatkowej poprzez bezpodstawne uznanie, że wniosek spółki o zwrot nadpłaty w podatku dochodowym od osób prawnych za 2015 nie spełnił warunków formalnych,
9. - art. 7 ust. 1 i ust. 2 oraz art. 15 ust. 1 i ust. 4 UPDOP, poprzez opodatkowanie przychodów i jednoczesne nieuznanie kosztów uzyskania przychodów z tytułu praw wynikających z zawartej umowy nabycia skryptów dłużnych, a przez to naruszenie zasady współmierności osiąganych przychodów i ponoszonych kosztów z danego źródła przychodów,
10. - art. 16 ust. 1 pkt 8 UPDOP poprzez jego zastosowanie w sprawie - wbrew wnioskom wynikającym z analizy konstrukcji prawnej zawartej umowy na nabycie skryptów dłużnych.
11. 3.1. Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w [...], decyzją z dnia [...] października 2018 r., nr [...], utrzymał w mocy zaskarżoną decyzję organu I instancji.

1. 3.2. W uzasadnieniu swojego stanowiska, organ odwoławczy podkreślił, że ustalenia wynikające z decyzji w zakresie określenia zobowiązania podatkowego mają wpływ na wartości ewentualnie stwierdzonych nadpłat w podatku dochodowym od osób prawnych za 2015 r. Wobec powyższego, w ocenie organu II instancji, Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego w [...] zobowiązany był uwzględnić ustalenia wynikające z decyzji określającej wysokość zobowiązania w podatku dochodowym od osób prawnych za 2015 r., tj. decyzję Naczelnika [...] Urzędu Celno-Skarbowego w [...]. Znajduje to uzasadnienie w treści uchwały Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 27 stycznia 2014r., sygn. akt: II FPS 5/13 z której wynika, że rozstrzygnięcie dotyczące zobowiązania podatkowego - jako mające charakter zasadniczy - powinno zostać uwzględnione w następnej w stosunku do niego decyzji w przedmiocie nadpłaty - mającej charakter wtórny - ponieważ dotyczą tego samego podatku oraz okresu podatkowego. Organ wskazał, że dopóki w obrocie prawnym znajduje się decyzja Naczelnika [...] Urzędu Celno-Skarbowego w [...] w sprawie określenia wysokości zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób prawnych za 2015 r., a wpłacona przez skarżącą kwota nie przewyższa zobowiązania podatkowego ustalonego decyzją wymiarową, to nie ma podstaw prawnych do określenia wnioskowanej nadpłaty.

1. 3.3. Organ zaznaczył również, że w decyzji odmawiającej stwierdzenia nadpłaty, organ podatkowy nie rozpatrywał zaistniałych w 2015 r. zdarzeń faktycznych i prawnych, bowiem wcześniej podlegały one ocenie w postępowaniu prowadzonym przez Naczelnika [...] Urzędu Celno-Skarbowego w [...]. Z tych samych względów, organ podatkowy nie dokonywał ich ponownej kwalifikacji w świetle ustanowionej przepisami ustawy o PDOP konstrukcji zobowiązania podatkowego za 2015 r.

1. 3.4. Organ odwoławczy wyjaśnił również, że w sprawie nie mają zastosowania regulacje art. 202 ust. 1 pkt 1 ustawy z dnia 16 listopada 2016 r. Przepisy wprowadzające ustawę o Krajowej Administracji Skarbowej (Dz. U. poz. 1948 z późn. zm., dalej: przepisy wprowadzające KAS), gdyż korekta deklaracji CIT-8 za 2015 r. (anty-korekta) została złożona przez skarżącą w dniu [...] marca 2017 r., a więc w czasie, kiedy przepisy ustawy o kontroli skarbowej już nie obowiązywały. Nie było więc prawnej możliwości podjęcia postępowania kontrolnego prowadzonego i zakończonego przez Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w [...].

1. 3.5. Organ wskazał, że przeprowadzenie kontroli celno-skarbowej na podstawie upoważnienia Naczelnika [...] Urzędu Celno-Skarbowego w [...] z dnia [...] maja 2017 r., nastąpiło zgodnie z art. 62 ust. 1 ustawy z dnia 16 listopada 2016 r. o Krajowej Administracji Skarbowej (Dz. U. z 2016 r., poz. 1947 ze zm., dalej: ustawy o KAS) i zakończyło się wynikiem kontroli z dnia [...] lipca 2017 r. Kontrola ta następnie została przekształcona w postępowanie podatkowe, zakończone wydaniem decyzji z dnia [...] grudnia 2017 r. Nie była to jednak ta sama kontrola, którą prowadził Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej w [...], a kontrola nowa, prowadzona przez Naczelnika [...] Urzędu Celno-Skarbowego w [...] na mocy art. 33 ust. 1 pkt 1 ustawy o KAS, zgodnie z którym, organ ten jest właściwy do wykonywania kontroli celno-skarbowych, tj. realizowanych na bieżąco na podstawie Działu V ustawy o KAS.

1. 3.6. Organ zaznaczył, że po zakończeniu kontroli celno-skarbowej nie jest wszczynane postępowanie podatkowe. Zakończona kontrola może jedynie zostać przekształcona w postępowanie podatkowe, przy czym, na mocy art. 83 ust. 4 ustawy o KAS, wyłącznie naczelnik urzędu celno-skarbowego, który sporządził wynik kontroli celno-skarbowej, jest właściwy do przeprowadzenia postępowania podatkowego i wydania decyzji. Skoro po zakończeniu kontroli celno-skarbowej nie jest wszczynane postępowanie podatkowe (co najwyżej kontrola celno-skarbowa może zostać przekształcona w postępowanie podatkowe), do takich postępowań podatkowych prowadzonych po przekształceniu w nie kontroli celno-skarbowych nie ma zastosowania art. 79 § 1 Ordynacji podatkowej, gdyż w tym przepisie mowa jest wyłącznie o wszczęciu postępowania podatkowego. W ocenie więc organu odwoławczego, w sytuacji gdy po złożeniu wniosku o stwierdzenie nadpłaty, Naczelnik [...] Urzędu Celno-Skarbowego w [...] wszczął kontrolę celno-skarbową, która następnie przekształcona została w postępowanie podatkowe, wniosek skarżącej o stwierdzenie nadpłaty winien zostać załatwiony przez Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w [...] tyle, że z uwzględnieniem ustaleń postępowania podatkowego przeprowadzonego przez Naczelnika [...] Urzędu Celno-Skarbowego w [...], co w sprawie wystąpiło.
2. 4.1. Skarżąca, pismem z dnia [...] listopada 2018 r., wniosła do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Poznaniu, skargę na decyzję organu odwoławczego.

1. 4.2. Skarżąca, zarzuciła wydanemu rozstrzygnięciu naruszenie:
2. - art. 207 § 2 i art. 233 § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej, poprzez utrzymanie w mocy wadliwej decyzji organu podatkowego I instancji, która wobec nierozpoznania istoty sprawy powinna zostać uchylona,
3. - art. 122 i art. 124 Ordynacji podatkowej poprzez niepodjęcie działań mających na celu dokładne wyjaśnienie stanu faktycznego oraz niewyjaśnienie stronie postępowania przesłanek, którymi kierował się organ podatkowy wydając przedmiotową decyzję,
4. - art. 120 i 121 § 1 Ordynacji podatkowej, tj. zasady działania w oparciu o przepisy prawa i prowadzenia postępowania w sposób budzący zaufanie do organów podatkowych,
5. - zasad dotyczących zebrania i oceny dowodów w prowadzonym postępowaniu podatkowym, w tym zaniechanie wyjaśnienia wszystkich okoliczności istotnych dla rozstrzygnięcia sprawy (art. 122 Ordynacji podatkowej), dowolną ocenę zebranego materiału dowodowego, a w konsekwencji dokonanie ustaleń stojących w sprzeczności ze zgromadzonym materiałem dowodowym i ukierunkowanie swoich działań wyłącznie w celu udowodnienia z góry postawionej tezy (art. 187 § 1 i art. 191 Ordynacji podatkowej).

1. 4.2. W oparciu o powyższe zarzuty, skarżąca wniosła o uchylenie w całości zaskarżonej decyzji i decyzji jej poprzedzającej oraz zasądzenie zwrotu kosztów postępowania, obejmujących koszty zastępstwa procesowego, według norm przepisanych.

1. 4.3. W uzasadnieniu wniesionej skargi, spółka scharakteryzowała nabywane przez siebie skrypty dłużne. Wskazała, że w złożonym pierwotnie zeznaniu podatkowym CIT-8 za 2015 rok wykazała przychody uzyskane w 2015 r. z tytułu realizacji praw wynikających z nabytych skryptów i jednocześnie zaliczyła do kosztów uzyskania przychodów część wydatków poniesionych na ich nabycie - proporcjonalnie do osiągniętych przychodów, bazując na kwocie szacowanych łącznych przychodów z tego tytułu. Zeznanie to zostało jednak zakwestionowane przez Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w [...], który wszczął wobec spółki postępowanie kontrolne w zakresie podatku dochodowego od osób prawnych za 2015 r. Wszczęcie postępowania nastąpiło po otrzymaniu przez skarżącą "negatywnej" interpretacji indywidualnej, wydanej w tej sprawie. Skarżąca wskazała, że stanowisko Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej uwarunkowane było treścią otrzymanej przez spółkę interpretacji indywidualnej, z której wynikało, że skrypty dłużne stanowią papiery wartościowe. Po wydaniu wyniku kontroli z dnia [...] lutego 2017 r., spółka nie mając jeszcze opinii w kwestii charakteru posiadanych instrumentów finansowych, z ostrożności skorygowała zeznanie CIT-8 i zapłaciła różnicę podatku. Po zakończeniu postępowania kontrolnego, skarżąca uzyskała opinię - ekspertyzę z dnia [...] marca 2017 r. w sprawie kwalifikacji skryptów dłużnych nabytych przez spółkę do właściwego rodzaju instrumentów finansowych, autorstwa biegłego [...]. W ekspertyzie, stwierdzone zostało, że zakupione przez spółkę skrypty dłużne nie są papierami wartościowymi i powinny zostać zaliczone do "innych instrumentów pochodnych, odnoszących się do aktywów" tj. do grupy instrumentów finansowych niebędących papierami wartościowymi. Ten rodzaj instrumentów finansowych został wskazany przez ustawodawcę w art. 2 ust. 1 pkt 2 ustawy z dnia 29 lipca 2005 roku o obrocie instrumentami finansowymi (t.j. Dz. U. z 2010 r. Nr 211, poz. 1384 z późn. zm., dalej: ustawy o obrocie instrumentami finansowymi). W ocenie skarżącej, powyższa kwalifikacja zmieniła całkowicie pogląd na kwestię rozliczenia w podatku dochodowym od osób prawnych tych transakcji, albowiem w takim stanie faktycznym mogą mieć zastosowanie, w zakresie przychodów - art. 12 ust. 3f UPDOP, a w zakresie kosztów uzyskania przychodów - art. 16 ust. 1 pkt. 8b tejże ustawy. Zachowana jednocześnie zostanie zasada współmierności przychodów i kosztów tego źródła. Okoliczności te, zdaniem skarżącej, uzasadniały ponowne skorygowanie zeznania CIT-8 za 2015 r. i złożenie wniosku o zwrot nadpłaconego podatku.

1. 4.4. Skarżąca podkreśliła, że na dzień wniesienia wniosku o zwrot nadpłaty w podatku dochodowym za 2015 r, nie toczyło się wobec niej żadne postępowanie, które stałoby na przeszkodzie do rozpatrzenia wniosku o zwrot nadpłaty. Tym samym nie było podstaw do odmowy wszczęcia postępowania na podstawie art. 165a § 1 w związku z art. 79 § 1 Ordynacji podatkowej Przesłanki faktyczne, uzasadniające odmowę wszczęcia postępowania, muszą bowiem istnieć w momencie ich rozpatrywania. Jednocześnie jednak, skarżąca zwróciła uwagę, że przy ponownym rozpatrzeniu sprawy, przepisy art. 165a § 1, w związku z art. 79 § 1 Ordynacji podatkowej nie stały na przeszkodzie Naczelnikowi [...] Urzędu Skarbowego w [...] do podjęcia rozstrzygnięcia, mimo że w sprawie toczyło się postępowanie odwoławcze dotyczące decyzji Naczelnika [...] Urzędu Celno-Skarbowego w [...] z dnia [...] grudnia 2017 r. nr [...], wydanej w zakresie zobowiązań podatkowych, których dotyczył wniosek o zwrot nadpłaty podatku.

1. 4.5. Skarżąca wskazała także, że ustalenia zawarte w wyniku kontroli z dnia [...] lipca 2017 r. są tożsame z wynikiem kontroli Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w [...] z dnia [...] lutego 2017 r. Zdaniem skarżącej, oznacza to, że kontrola celno-skarbowa została wszczęta i przeprowadzona jedynie w celu uniknięcia wydania orzeczenia przez Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w [...], we wszczętym skutecznie, na wniosek spółki, postępowaniu o stwierdzenie nadpłaty. W ocenie skarżącej, świadczą o tym również działania Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w [...], który po otrzymaniu wniosku o stwierdzenie nadpłaty, przedłużył termin załatwienia sprawy i w tym czasie prowadził już korespondencję w sprawie z Naczelnikiem [...] Urzędu Celno-Skarbowego w [...]. Z korespondencji tej wynika również, że Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego w [...] przekazywał Naczelnikowi [...] Urzędu Celno-Skarbowego w [...] – na jego prośbę - dokumenty w sprawie. Działanie takie byłoby w ocenie skarżącej akceptowalne, gdyby istotnie postępowanie w sprawie miało być kontynuacją postępowania kontrolnego, prowadzonego przez Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w [...], jednakże - co należy podkreślić - Naczelnik [...] Urzędu Celno-Skarbowego w [...] wyraźnie temu zaprzeczył w wydanych decyzjach obu instancji. W ocenie skarżącej, świadczy to o prowadzeniu postępowania z naruszeniem przepisów prawa, w sposób podważający zaufanie do działania organów podatkowych.

1. 4.6. Skarżąca podkreśliła, że wskazanie organu odwoławczego co do dalszego postępowania dowodowego sprowadzało się do ustalenia przez organ I instancji jedynie faktu, czy w sprawie wydano postanowienie o podjęciu postępowania kontrolnego, zakończonego wynikiem kontroli z dnia [...] lutego 2017 r. Tymczasem w ocenie skarżącej, na dzień wydania postanowienia Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w [...], z zebranego w sprawie materiału wynikało jasno, że w dniu [...] maja 2017 r. wobec spółki wszczęto kontrolę celno-skarbową, co oznacza, że nie podjęto postępowania kontrolnego w rozumieniu przepisów o kontroli skarbowej. Zdaniem skarżącej, organ odwoławczy powinien uwzględnić w ocenie sprawy fakt wynikający z dokumentu urzędowego - postanowienia Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w [...], potwierdzony dodatkowo znajdującym się w aktach sprawy pismem Naczelnika [...] Urzędu Celno-Skarbowego w [...] z dnia [...] czerwca 2017 r.

1. 4.7. W ocenie skarżącej, skoro Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w [...] dopuszczał w ogóle w sprawie występowanie sytuacji, w której wydano w odniesieniu do tego samego podmiotu, w tożsamej sprawie, dwa akty wszczynające postępowanie (upoważnienie do przeprowadzenia kontroli celno-skarbowej i postanowienie o podjęciu postępowania kontrolnego zakończonego wynikiem kontroli), to jako organ nadzoru powinien na taki stan zdecydowanie zareagować, albowiem świadczyłoby to o rażącym naruszeniu prawa, mogącym skutkować w przyszłości stwierdzeniem nieważności decyzji (np. na podstawie art. 247 § 1 pkt 1 lub pkt 4 Ordynacji podatkowej).

1. 4.8. Według skarżącej, skoro organ odwoławczy zdołał, na podstawie zebranego w sprawie materiału dowodowego ustalić, że zawarta w postanowieniu Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w [...] informacja o wszczęciu wobec podatnika kontroli celno-skarbowej nie była na dzień wydania rozstrzygnięcia potwierdzona formalnie, a pismo w tej sprawie wpłynęło do urzędu skarbowego dzień po wydaniu postanowienia, znał treść tego pisma, a zatem w momencie podejmowania rozstrzygnięcia posiadał już wiedzę wystarczającą do stwierdzenia, że w sprawie nie doszło do podjęcia postępowania kontrolnego zakończonego wynikiem kontroli z dnia [...] lutego 2017 r., prowadzonego w oparciu o przepisy ustawy z dnia [...] września 1991 r. o kontroli skarbowej. W konsekwencji powinien był stwierdzić, że w sprawie wystąpiły przesłanki do uznania, że na dzień wydania postanowienia Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w [...] nie toczyło się żadne postępowanie, co upoważniałoby spółkę do złożenia w dniu [...] marca 2017 r. wniosku o zwrot nadpłaty do Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w [...] ze skutkiem wszczęcia postępowania w tej sprawie. W ocenie skarżącej, na tym etapie sprawy, oba organy zaangażowane w sprawę wzajemnie sobie zaprzeczały tj. Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego w [...] twierdził, że nie może prowadzić postępowania z uwagi na kontynuację postępowania kontrolnego przez Naczelnika [...] Urzędu Celno-Skarbowego w [...], z kolei Naczelnik [...] Urzędu Celno-Skarbowego w [...] nie tylko nie postępował w sposób wskazujący na kontynuację tego postępowania, ale nawet wprost dawał wyraz, że wszczęta przez ten organ kontrola celno-skarbowa odbywa się na podstawie "nowych przepisów".

1. 4.9. Skarżąca zwróciła uwagę, że Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w [...] powinien uwzględnić, że rozpatrywana w postępowaniu odwoławczym decyzja Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w [...] z dnia [...] lipca 2018 r., została wydana na skutek wadliwie przeprowadzonego postępowania, co miało istotny wpływ na rozstrzygnięcie sprawy. Tymczasem organ odwoławczy nie tylko nie dopatrzył się wadliwości postępowania Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w [...], lecz również sam starał się uargumentować, że działanie organu l instancji miało oparcie w prawie. W jego ocenie np. kontrola celno-skarbowa wszczęta wobec spółki była konsekwencją "wycofania się" z korekty złożonej w trybie art, 24 ust. 1 pkt 2 ustawy o kontroli skarbowej, choć nie wskazuje w oparciu o jakie przepisy miało to nastąpić, zwłaszcza w sytuacji skutecznego wszczęcia postępowania o stwierdzenie nadpłaty. Dalej, Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w [...], przywołał przepisy o właściwości organów podatkowych (art. 13 § 1 Ordynacji podatkowej) oraz zakres zadań naczelnika urzędu celno-skarbowego (art. 33 ust. 1 ustawy o KAS) na potwierdzenie prawidłowości przeprowadzonych postępowań w przedmiotowej sprawie, stwierdzając przy tym, że do zadań naczelnika urzędu celno-skarbowego nie należy rozpatrywanie wniosków o zwrot nadpłaty, z czym akurat skarżąca się zgadza. Stwierdzenie to jednak potwierdza zarzuty dotyczące prowadzenia postępowania w sprawie przez niewłaściwy organ i w niewłaściwym trybie.
2. 5. Pismem z dnia [...] grudnia 2018 r., złożonym w odpowiedzi na skargę, Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w [...], wniósł o oddalenie skargi, podtrzymując dotychczasową argumentację.

Wojewódzki Sąd Administracyjny zważył, co następuje

1. 6. Skarga nie zasługuje na uwzględnienie.
2. 7. Istota sporu w sprawie poddanej sądowej kontroli sprowadza się do kontroli prawidłowości rozstrzygnięcia Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w [...] w przedmiocie odmowy stwierdzenia nadpłaty w podatku dochodowym od osób prawnych za 2015 r., w sytuacji gdy Naczelnik [...] Urzędu Celno-Skarbowego w [...] wydał w odniesieniu do skarżącej decyzję w przedmiocie podatku dochodowego od osób prawnych za ten sam okres.
3. 8.1. W świetle akt sprawy, a w szczególności w świetle uzasadnienia zaskarżonej decyzji, na uwzględnienie nie zasługują podniesione w skardze zarzuty dotyczące naruszenia przepisów postępowania, a w szczególności art. 120, art. 121 § 1 Ordynacji podatkowej. Nie ulega wątpliwości, że organ działał w oparciu o przepisy prawa i prowadził postępowanie w sposób budzący zaufanie do organów podatkowych.
4. 8.2. W skardze, uzasadniając opisany zarzut, skarżąca wskazała, że działanie zarówno Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w [...], jak i Naczelnika [...] Urzędu Celno-Skarbowego w [...] doprowadziło do niezasadnej odmowy wszczęcia postępowania w sprawie zwrotu nadpłaty, niezasadnego wszczęcia kontroli celno-skarbowej przekształconej następnie w postępowanie podatkowe oraz niezasadnej odmowy stwierdzenia nadpłaty.
5. 8.3. Odnosząc się do przedstawionej argumentacji, należy wskazać, że w sprawie niesporne jest, że:
6. - w dniu [...].08.2016 r. Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej w [...] wydał postanowienie o wszczęciu postępowania kontrolnego w skrżącej spółce w zakresie podatku dochodowego od osób prawnych za 2015 r.,
7. - w dniu [...].12.2016 r. w toku prowadzonego postępowania kontrolnego sporządzono protokół badania ksiąg podatkowych, który doręczono Stronie w dniu [...].01.2017 r.
8. - w dniu [...].01.2017 r. skarżąca złożyła w [...] Urzędzie Skarbowym w [...] korektę zeznania CIT-8, uwzględniającą ustalenia zawarte w protokole kontroli,
9. - w dniu [...].02.2017 r. Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej wydał wynik kontroli, w którym wskazano prawidłowe, skorygowane przez Spółkę, rozliczenie podatku dochodowego od osób prawnych za 2015 r.,
10. - w dniu [...].03.2017 r. skarżąca złożyła w [...] Urzędzie Skarbowym w [...] korektę zeznania CIT-8 za 2015 r., przywracającą stan materialnoprawny z dnia wszczęcia postępowania kontrolnego wraz z wnioskiem o zwrot nadpłaty,
11. - pismem z dnia [...].04.2017 r. Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego w [...] poinformował Naczelnika [...] Urzędu Celno-Skarbowego w [...] o złożonej przez skarżącą korekcie zeznania CIT-8 za 2015 r., wykazującej dane zbieżne z danymi wykazanymi w pierwotnie złożonej deklaracji,
12. - postanowieniem z dnia [...].06.2017 r. Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego w [...] odmówił wszczęcia postępowania w sprawie stwierdzenia nadpłaty,
13. - w dniu [...].06.2017 r. Naczelnik [...] Urzędu Celno-Skarbowego w [...], na podstawie upoważnienia z dnia [...].05.2017 r., wszczął wobec Spółki kontrolę celno-skarbową na podstawie art. 62 ust. 1 ustawy z dnia 16 listopada 2016 r. o Krajowej Administracji Skarbowej (Dz. U. z 2016 r, poz. 1947 ze zm.; dalej: ustawa o KAS),
14. - w dniu [...].06.2017 r. do Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w [...] wpłynęło zażalenie Spółki z dnia [...].06.2017 r., na postanowienie Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w [...] o odmowie wszczęcia postępowania w sprawie stwierdzenia nadpłaty,
15. - w dniu [...].07.2017 r., Naczelnik [...] Urzędu Celno-Skarbowego w [...] wydał wynik kontroli, który doręczono Spółce w dniu [...].07.2017 r.,
16. - postanowieniem z dnia [...].09.2017 r. Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w [...] uchylił w całości postanowienie Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w [...] o odmowie wszczęcia postępowania w sprawie stwierdzenia nadpłaty i przekazał sprawę do ponownego rozpatrzenia,
17. - w dniu [...].09.2017 r. Naczelnik [...] Urzędu Celno-Skarbowego w [...] wydał, doręczone w dniu [...].09.2017 r., postanowienie o przekształceniu kontroli celno-skarbowej w postępowanie podatkowe,
18. - w dniu [...].12.2017 r., Naczelnik [...] Urzędu Celno-Skarbowego w [...] wydał decyzję określającą skarżącej zobowiązanie w podatku dochodowym od osób prawnych za 2015 r.,
19. - w dniu [...].09.2018 r. ten sam organ utrzymał decyzję z dnia [...].12.2017 r. w mocy.
20. 8.4. Przede wszystkim należy podkreślić, że złożenie wniosku o stwierdzenie nadpłaty nie powoduje przeszkody we wszczęciu postępowania podatkowego, kontroli podatkowej lub kontroli celno-skarbowej. Naczelny Sąd Administracyjny w uchwale z dnia 27 stycznia 2014 r., II FPS 5/13 (uchwała dostępna w bazie: orzeczenia.nsa.gov.pl), orzekł, że nie ma przeszkód prawnych, aby w trakcie postępowania w przedmiocie stwierdzenia nadpłaty organ podatkowy, kiedy jest to uzasadnione, wszczął z urzędu odrębne postępowanie w przedmiocie określenia wysokości zobowiązania podatkowego. Jedyną regulacją prawną dotyczącą łącznie postępowania w sprawie nadpłaty i postępowania w przedmiocie wysokości zobowiązania podatkowego oraz dopuszczalności równoczesnego prowadzenia tych postępowań jest art. 79 § 1 Ordynacji podatkowej. Na podstawie tego przepisu, w brzmieniu obowiązującym od dnia 1 marca 2017 r., postępowanie w sprawie stwierdzenia nadpłaty nie może zostać wszczęte w czasie trwania postępowania podatkowego, kontroli podatkowej lub kontroli celno-skarbowej - w zakresie zobowiązań podatkowych, których dotyczy postępowanie lub kontrola. W razie wszczęcia z urzędu postępowania podatkowego w sprawie, w której został złożony wniosek o stwierdzenie nadpłaty, żądanie zawarte we wniosku o stwierdzenie nadpłaty podlega rozpatrzeniu w tym postępowaniu. Z przytoczonej regulacji prawnej wynika zakaz wszczynania i prowadzenia postępowania w sprawie nadpłaty w czasie trwania postępowania podatkowego, kontroli podatkowej lub kontroli celno-skarbowej oraz – przez przeciwieństwo – dopuszczalność wszczynania i prowadzenia postępowania podatkowego, kontroli podatkowej lub kontroli celno-skarbowej w przedmiocie zobowiązania podatkowego w czasie trwania postępowania w przedmiocie stwierdzenia nadpłaty. NSA w omawianej uchwale wskazał również, że rozstrzygnięcie dotyczące zobowiązania podatkowego powinno zostać uwzględnione w następnej w stosunku do niego decyzji w przedmiocie nadpłaty, ponieważ dotyczą one tego samego okresu podatkowego. Szczególnie istotne dla osądzanej sprawy jest to, że w takiej sytuacji w postępowaniu w przedmiocie nadpłaty nie ocenia się powtórnie merytorycznej zasadności wniosku o stwierdzenie nadpłaty, lecz jedynie - działając w trybie art. 72 § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej - porównuje się wysokość zobowiązania określonego w decyzji wymiarowej z kwotą wpłaconego przez podatnika podatku.
21. 8.5. Mając na uwadze powyższe, należy stwierdzić, że zasadnie wywiodła skarżąca, że wniosek o zwrot nadpłaty w podatku dochodowym od osób prawnych za rok 2015, skierowany do Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w [...] skutecznie wszczął postępowanie w sprawie w tym organie. Wprawdzie, postanowieniem z dnia [...] czerwca 2017 r. Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego w [...] odmówił wszczęcia postępowania w sprawie stwierdzenia nadpłaty, jednakże postanowieniem z dnia [...] września 2017 r., Dyrektor Izby Administracji Skarbowej [...] uchylił w całości postanowienie Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w [...] o odmowie wszczęcia postępowania w sprawie stwierdzenia nadpłaty i przekazał sprawę do ponownego rozpatrzenia. W rezultacie oznaczało to, że skutecznie zostało wszczęte postępowanie w przedmiocie stwierdzenia nadpłaty w podatku dochodowym od osób prawnych. Postępowanie to zakończone zostało wydaniem przez Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w [...] decyzji, utrzymanej w mocy decyzją Dyrektora Izby Administracji w [...], która stanowi przedmiot kontroli sądowej w tym postępowaniu.
22. 8.6. Nie można jednak zgodzić się ze skarżącą, że wszczęta przez Naczelnika [...] Urzędu Celno-Skarbowego w [...] kontrola celno-skarbowa, prowadzona była z naruszeniem przepisów o właściwości. Na aprobatę nie zasługuje także twierdzenie skarżącej, że kontrola celno-skarbowa została wszczęta i przeprowadzona jedynie w celu uniknięcia wydania orzeczenia przez Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w [...] we wszczętym skutecznie, na wniosek strony, postępowaniu o stwierdzenie nadpłaty.
23. 8.7. Należy się natomiast zgodzić z organem, że Naczelnik [...] Urzędu Celno-Skarbowego w [...] był organem właściwym do wszczęcia kontroli celno-skarbowej, niezależnie od tego, że organem właściwym do rozpoznania wniosku o stwierdzenie nadpłaty był Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego w [...]. Należy bowiem zauważyć, że zgodnie z art. 79 § 1 zdanie drugie Ordynacji podatkowej, w brzmieniu obowiązującym od dnia [...] marca 2017 r., żądanie zawarte we wniosku o stwierdzenie nadpłaty podlega rozpatrzeniu w postępowaniu podatkowym tylko w razie wszczęcia z urzędu postępowania podatkowego w sprawie, w której został złożony wniosek o stwierdzenie nadpłaty. Żądanie zawarte we wniosku o stwierdzenie nadpłaty podlegałoby zatem rozpatrzeniu w postępowaniu podatkowym wyłącznie w sytuacji, gdyby takie postępowanie podatkowe zostało wszczęte przez organ, do którego wpłynął wniosek o stwierdzenie nadpłaty. W takiej sytuacji organem właściwym do rozpoznania wniosku o stwierdzenie nadpłaty oraz wszczęcia postępowania podatkowego byłby ten sam organ – w okolicznościach sprawy poddanej sądowej kontroli Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego w [...] Art. 79 § 1 zdanie drugie Ordynacji podatkowej nie znajduje natomiast zastosowania w sytuacji takiej, jaka miała w sprawie poddanej sądowej kontroli w tym postępowaniu, gdy kontrolę celno-skarbową wszczął inny organ niż ten, który jest właściwy do rozpoznania wniosku o stwierdzenie nadpłaty. W takim przypadku nie ma podstaw do stwierdzenia, że żądanie zawarte we wniosku o stwierdzenie nadpłaty podlega rozpatrzeniu w postępowaniu podatkowym, które zostało przekształcone z kontroli celno-skarbowej. Wynika to z brzmienia art. 79 § 1 zdaniem pierwsze Ordynacji podatkowej, w którym wymienia się trzy procedury wyłączające możliwość wszczęcia postępowania w sprawie stwierdzenia nadpłaty, tj. postępowanie podatkowe, kontrolę podatkową i kontrolę celno-skarbową. Zdanie drugie tego przepisu odnosi się natomiast tylko jednej z nich, tj. do wszczęcia postępowania podatkowego. Tylko zatem w razie wszczęcia z urzędu postępowania podatkowego w sprawie, w której został złożony wniosek o stwierdzenie nadpłaty, żądanie zawarte we wniosku o stwierdzenie nadpłaty podlega rozpatrzeniu w tym postępowaniu. Wobec tego nie można zasadnie twierdzić, że art. 79 § 1 zdanie drugie Ordynacji podatkowej znajdzie zastosowanie także w przypadku wszczęcia kontroli celno-skarbowej, która następnie zostanie przekształcona w postępowanie podatkowe. W takiej sytuacji nie ma bowiem podstaw do zastosowania art. 79 § 1 zdaniem drugie, ponieważ przepis ten wymaga wszczęcia postępowania podatkowego, a nie – jak miało to miejsce w sprawie poddanej sądowej kontroli w tym postępowaniu – wszczęcia kontroli celno-skarbowej. W rezultacie prawidłowo wywiedziono w zaskarżonej decyzji, że organem właściwym do rozstrzygnięcia wniosku o stwierdzenie nadpłaty był Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego w [...]. Postępowanie to nie stało jednak na przeszkodzie wszczęciu przez Naczelnika [...] Urzędu Celno-Skarbowego w [...] kontroli celno-skarbowej w sprawie zobowiązania podatkowego w podatku dochodowego od osób prawnych za 2015 r., która następnie została przekształcona w postępowanie podatkowe. Okoliczność ta – wbrew twierdzeniu skarżącej – nie miała wpływu na właściwość obu organów i nie powodowała, że jedynym organem właściwym do prowadzenia obu postępowań stawał się Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego w [...].
24. 8.8. Jak zasadnie zauważył organ podatkowy, w sprawie nie znajdował zastosowania art. 202 ust. 1 pkt 1 ustawy z dnia 16 listopada 2016 r. Przepisy wprowadzające ustawę o Krajowej Administracji Skarbowej (Dz. U. z 2016, poz. 1948), zgodnie z którym postępowania kontrolne oraz kontrole podatkowe prowadzone w toku postępowania kontrolnego, prowadzone na podstawie ustawy uchylanej w art. 159 pkt 1, wszczęte i niezakończone przed dniem wejścia w życie niniejszej ustawy, prowadzone przez dyrektora urzędu kontroli skarbowej - prowadzi naczelnik urzędu celno-skarbowego mający siedzibę w tym samym województwie, w którym miał siedzibę dyrektor urzędu kontroli skarbowej, na podstawie dotychczasowych przepisów. W dniu wejścia w życie ustawy o KAS, tj. w dniu 1 marca 2017 r. nie toczyło się bowiem żadne postępowanie w przedmiocie podatku dochodowego od osób prawnych za 2015 r. w odniesieniu do skarżącej spółki. Postępowanie kontrolne, wszczęte na mocy postanowienia z dnia [...].08.2016 r., zakończone zostało w dniu [...].02.2017 r. w związku z wydaniem przez Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej wyniku kontroli, w którym wskazano prawidłowe, skorygowane przez skarżącą, rozliczenie podatku dochodowego od osób prawnych za 2015 r. Podstawę prawną stanowił w tym zakresie obowiązujący do dnia 28 lutego 2017 r. art. 24 ust. 1 pkt 2 w zw. z art. 14c ust. 2 ustawy z dnia 28 września 1991 r. o kontroli skarbowej, zgodnie z którym organ kontroli skarbowej kończy postępowanie kontrolne wynikiem kontroli, gdy kontrolowany złożył zgodnie z art. 14c ust. 2 korygującą deklarację obejmującą w całości stwierdzone nieprawidłowości.
25. 8.9. Na mocy obowiązujących od dnia 1 marca 2017 r. roku przepisów ustawy o KAS nie było zatem przeszkód, by wszcząć kontrolę celno-skarbową, gdy skarżąca w dniu [...] marca 2017 r. ponownie dokonała korekty deklaracji podatkowej. Zakończenie postępowania kontrolnego wynikiem kontroli nie stwarza sytuacji powagi rzeczy osądzonej. Organ ma zatem możliwość wszczęcia kontroli celno-skarbowej wobec podatnika w przedmiocie tożsamym z wcześniej zakończonym wynikiem kontroli postępowaniem kontrolnym. Nie sprzeciwia się temu także wniosek podatnika o stwierdzenie nadpłaty podatku wniesiony do innego, właściwego organu podatkowego.
26. 8.10. Prawidłowo ocenił zatem organ, że kontrola celno-skarbowa prowadzona na podstawie upoważnienia Naczelnika [...] Urzędu Celno-Skarbowego w [...] z dnia [...].05.2017 r., nie była kontynuacją postępowania kontrolnego prowadzonego przez Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w [...], bowiem postępowanie to zostało formalnie zakończone wynikiem kontroli z dnia [...].02.2017 r. Przeprowadzenie kontroli celno-skarbowej na podstawie upoważnienia Naczelnika [...] Urzędu Celno-Skarbowego w [...] z dnia [...].05.2017 r. nastąpiło na podstawie art. 62 ust. 1 ustawy o KAS. Naczelnik [...] Urzędu Celno-Skarbowego zakończył kontrolę wynikiem kontroli z dnia [...].07.2017 r. Wynik kontroli doręczono skarżącej w dniu [...].07.2017 r. Następnie, wobec nieskorzystania przez skarżącą z uprawnień z art. 82 ust. 2 ustawy o KAS, kontrola ta przekształcona została w postępowanie podatkowe, zakończone wydaniem decyzji z dnia [...].12.2017 r.
27. 8.11. W rezultacie stwierdzić należy, że w dacie złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty nie istniały przeszkody do zainicjowania postępowania w tym zakresie, ponieważ nie trwało wówczas postępowanie podatkowe, kontrola podatkowa lub kontrola celno-skarbowa. Późniejsze wszczęcie kontroli celno-skarbowej, która następnie została przekształcona w postępowanie podatkowe, nie mogło wpłynąć na właściwość organów. W rezultacie organem właściwym do wydania decyzji w przedmiocie określenia zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób prawnych za 2015 r. był Naczelnik [...] Urzędu Celno-Skarbowego w [...], natomiast organem właściwym do rozpoznania wniosku o stwierdzenie nadpłaty był Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego w [...] oraz Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w [...] jako organ odwoławczy.
28. 9.1. Na uwzględnienie nie zasługuje także zarzut dotyczący naruszenia art. 122, art. 124, art. 187 § 1 i art. 191 Ordynacji podatkowej. Wbrew twierdzeniom skargi organ podjął niezbędne działania mające na celu dokładnego wyjaśnienia stanu faktycznego oraz wyjaśnił stronie postępowania przesłanki, którymi kierował się wydając zaskarżoną decyzję.
29. 9.2. Odnosząc się do przedstawionego zarzutu, należy podzielić argumentację organu, że ustalenia wynikające z decyzji w zakresie określenia zobowiązania podatkowego mają wpływ na wartości ewentualnie stwierdzonych nadpłat w podatku dochodowym od osób prawnych za 2015r. W tej sytuacji Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego w [...], rozpoznając wniosek o stwierdzenie nadpłaty w podatku dochodowym od osób prawnych za 2015 r., zobowiązany był uwzględnić ustalenia wynikające z decyzji określającej wysokość zobowiązania w tym podatku za ten okres, tj. decyzję Naczelnika [...] Urzędu Celno-Skarbowego w [...]. Znajduje to uzasadnienie w treści powołanej powyżej uchwały Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 27 stycznia 2014r., sygn. akt II FPS 5/13, z której wynika, że rozstrzygnięcie dotyczące zobowiązania podatkowego - jako mające charakter zasadniczy - powinno zostać uwzględnione w następnej w stosunku do niego decyzji w przedmiocie nadpłaty - mającej charakter wtórny - ponieważ dotyczą tego samego podatku oraz okresu podatkowego. Zasadnie wskazał organ odwoławczy, że dopóki w obrocie prawnym znajduje się decyzja Naczelnika [...] Urzędu Celno-Skarbowego w [...] w sprawie określenia wysokości zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób prawnych za 2015 r., a wpłacona przez skarżącą kwota nie przewyższa zobowiązania podatkowego ustalonego decyzją wymiarową, to nie ma podstaw prawnych do stwierdzenia nadpłaty podatku. W rezultacie w decyzji odmawiającej stwierdzenia nadpłaty, organ podatkowy nie rozpatruje zaistniałych w 2015 r. zdarzeń faktycznych i prawnych, bowiem wcześniej podlegały one ocenie w postępowaniu prowadzonym przez Naczelnika [...] Urzędu Celno-Skarbowego w [...]. Z tych samych względów, organ podatkowy nie był zobowiązany do ich ponownej kwalifikacji w świetle ustanowionej przepisami ustawy o PDOP konstrukcji zobowiązania podatkowego za 2015 r. Tego rodzaju ustalenia prowadziłyby tylko zbędnego powielania czynności procesowych przez oba prowadzące postępowanie organy.
30. 10.1. W rezultacie na uwzględnienie nie zasługują zarzuty dotyczące naruszenia art. 207 § 2 i art. 233 § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej. Organ prawidłowo utrzymał w mocy zaskarżoną decyzję, ponieważ nie naruszała ona obowiązujących przepisów prawa podatkowego.
31. 10.2. Na uwzględnienie nie zasługuje także zarzut braku wyjaśnienia w zaskarżonej decyzji przesłanek, jakimi kierował się ten organ. Uzasadnienie tej decyzji w pełni odpowiada standardom określonym w przepisie art. 210 § 1 i 4 Ordynacji podatkowej. Należy zgodzić się z organem, że w uzasadnieniu tej decyzji organ odwoławczy nie mógł zawrzeć rozważań dotyczących prawidłowości określenia w decyzji Naczelnika [...] Urzędu Celno-Skarbowego w [...] zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób prawnych za 2015r., która nie była przedmiotem odwołania do Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w [...]. Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w [...] odniósł się, zgodnie z przepisami Ordynacji podatkowej, do będącej przedmiotem odwołania decyzji Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w [...].
32. 11. W tym stanie rzeczy Sąd orzekł, na podstawie art. 151 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t.j. - Dz. U. z 2018 r., poz. 1302 ze zm.), jak w sentencji wyroku.