Uzasadnienie
Spółka z o.o. /zwana dalej "Spółką"/ otrzymała 24.05.2000 r. fakturę z 22.05.2000 r. wystawioną przez inną Spółkę z o.o. /zwaną dalej "Wystawcą"/. Po krótkim czasie, pracownicy Spółki zorientowali się, że faktura została wystawiona nieprawidłowo, więc zwrócili ją Wystawcy. Wystawca sporządził kolejną fakturę /oryginał/ oznaczoną tą samą datą /22.05.2000 r./ i tym samym numerem oraz opiewającą na taką samą kwotę. Spółka otrzymała nowy oryginał faktury 20.06.2000 r. Jednakże VAT wynikający z faktury został odliczony w maju 2000 r., a więc w miesiącu otrzymania egzemplarza faktury, co do którego stwierdzono, że jest wadliwy. Dnia 12.02.2001 r. Urząd Skarbowy w W. /dalej "US"/ stwierdził, że Spółce nie przysługiwało prawo do odliczenia VAT naliczonego z faktury, o której mowa powyżej. W uzasadnieniu, jako podstawę wydania decyzji podano par. 50 ust. 2 pkt 2 wykonawczego rozporządzenia do ustawy o VAT z dnia 22 grudnia 1999 r. Przepis ten stwierdzał, że nie stanowi podstawy do odliczenia podatku VAT faktura lub faktura korygująca, która nie jest potwierdzona kopią u sprzedawcy.
Jak zostało wyjaśnione w dalszym etapie postępowania, powołana podstawa prawna była niewłaściwa, bowiem zastosowany przepis nie odnosił się do stanu faktycznego sprawy. Jednakże Spółka nie złożyła odwołania od decyzji US w terminie, wobec czego decyzja stała się ostateczna. Spółka złożyła natomiast wniosek o stwierdzenie nieważności decyzji US do Izby Skarbowej, zarzucając tej decyzji "rażące naruszenie prawa". Zarzut polegał na tym, że powołany przez US przepis nie dotyczył sytuacji, w której znalazła się Spółka.
Izba Skarbowa w W. odmówiła stwierdzenia nieważności decyzji US, mimo że zgodziła się ze Spółką, że US niewłaściwie powołał podstawę decyzji. Izba uznała bowiem, że błąd US nie wpłynął na wynik sprawy. Sporny podatek VAT nie mógł zostać odliczony ze względu na przepis par. 50 ust. 2 pkt 4 rozporządzenia wykonawczego do ustawy o VAT z 1999 r. Przepis ten stwierdzał, że prawo odliczenia podatku VAT nie przysługuje, jeżeli wystawiono "więcej niż jedną fakturę dokumentującą tę samą sprzedaż towarów lub usług". Podatnik odwołał się od decyzji izby skarbowej do Ministra Finansów /w czasie trwania postępowania minister był organem odwoławczym - dzisiaj jest inaczej/, zaś minister utrzymał w mocy decyzję izby skarbowej podzielając jej stanowisko. W tej sytuacji Spółka wniosła skargę do sądu administracyjnego.
WSA w W. oddalił skargę Spółki. W ustnych motywach wyroku sąd podzielił stanowisko organów podatkowych, że przy wydaniu decyzji US nie doszło do rażącego naruszenia prawa. Sąd przyznał /podobnie, jak izba skarbowa i Minister Finansów/, że US popełnił błąd polegający na podaniu niewłaściwej podstawy prawnej decyzji. Niemniej - niezależnie od powyższego - stan faktyczny sprawy nie dawał Spółce prawa do odliczenia VAT w zw. par. 50 ust. 2 pkt 4 rozporządzenia VAT z 1999 r. Jeżeli organ podatkowy zastosował niewłaściwy przepis, ale zastosowanie innego, właściwego przepisu tego samego rozporządzenia prowadziłoby do takiej samej decyzji, to nie można twierdzić, że nastąpiło rażące naruszenie prawa. Nie ma mowy o rażącym naruszeniu prawa, jeżeli decyzja jest prawidłowa.