Uzasadnienie
Jolanta K. pismami z dnia 21.02.2000 r. i 20.03.2000 r. złożyła żądanie stwierdzenia nadpłaty z tytułu nienależnie dokonanej wpłaty na podatek dochodowy od osób fizycznych za miesiące I i II 2000 r., argumentując, że osiągnięty dochód z działalności gospodarczej jest zwolniony z podatku dochodowego od osób fizycznych na podstawie art. 21 ust. 1 pkt 35 ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych /Dz.U. 2000 nr 14 poz. 176/. Wpłacona na poczet tego podatku kwota stanowi więc nadpłatę.
Urząd Skarbowy w Ś. odmówił stwierdzenia nadpłaty. Izba Skarbowa we W. Ośrodek Zamiejscowy w W. utrzymała decyzje organu I instancji w mocy.
Podatniczka wystąpiła do Ministra Finansów o stwierdzenie nieważności decyzji ostatecznych Izby Skarbowej we W. Ośrodek Zamiejscowy w W. na podstawie art. 247 par. 1 pkt 3 Ordynacji podatkowej.
Zdaniem Jolanty K. decyzje zostały wydane z rażącym naruszeniem art. 79 par. 2 pkt 1 lit. "c" w związku z art. 72 par. 1 pkt 1, art. 73 i art. 3 pkt 3 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa /Dz.U. nr 137 poz. 926 ze zm./. Na mocy bowiem art. 21 ust. 1 pkt 35 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych dochodzona kwota stanowi dochód wolny od podatku i nie była obowiązana do składania zeznań i deklaracji, w związku z czym dokonała wpłaty kwoty nienależnej i kwota ta zgodnie z powołanymi przepisami stanowi nadpłatę.
Decyzje rażąco naruszają także art. 2 i art. 7 ustawy z dnia 17 października 1997 r. - Ustawy Konstytucyjnej /Dz.U. nr 78 poz. 483/ w związku z art. 21 ust. 1 pkt 35 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych.
Ponadto przedstawiła argumentację, mającą uzasadniać twierdzenie, iż zmiany dokonane w ustawie o rehabilitacji zawodowej i społecznej oraz zatrudnianiu osób niepełnosprawnych nie skutkują utratą zwolnienia z podatku dochodowego od osób fizycznych kwoty dochodów z działalności gospodarczej osiągniętych po 1 stycznia 2000 r. przez podatników zatrudniających osoby niepełnosprawne.
W ocenie podatniczki dokonana przez Ministra Finansów urzędowa interpretacja prawa zawarta w piśmie PB2/AZ-0673-3734/99 z dnia 20.12.1999 r. powoduje likwidację dwuinstancyjności postępowania oraz zawiera wewnętrzne sprzeczności.
Zmiany art. 31 ustawy o rehabilitacji zawodowej i społecznej oraz zatrudnianiu osób niepełnosprawnych /Dz.U. nr 123 poz. 776 ze zm./ zostały wprowadzone z naruszeniem konstytucyjnych zasad zawartych w art. 2 i art. 7 Konstytucji RP.
Zaskarżonymi decyzjami Minister Finansów utrzymał w mocy własne decyzje z dnia 9.08.2001 r. i 17.08.2001 r., którymi odmówił stwierdzenia nieważności decyzji ostatecznych Izby Skarbowej we W. Ośrodek Zamiejscowy w W. z uwagi na brak podstaw do uznania, że decyzje Izby zostały wydane z rażącym naruszeniem prawa.
Minister Finansów podkreślił, że przepisem art. 2 ustawy z dnia 20 listopada 1999 r. o zmianie ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych /Dz.U. nr 95 poz. 1101/ w art. 31 ustawy o rehabilitacji zawodowej i społecznej oraz zatrudnianiu osób niepełnosprawnych dodano ust. 2 pkt 4, z którego wynika, iż zwolnienie z opłacania podatków nie dotyczy podatków dochodowych.
W konsekwencji, pomimo nie zmienionej treści art. 21 ust. 1 pkt 35 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych, od dnia 1 stycznia 2000 r. brak jest podstaw prawnych do zwolnienia z podatku dochodowego dochodów z działalności gospodarczej osób zatrudniających osoby niepełnosprawne.
Wobec powyższego stwierdził, że podatniczka osiągała dochody podlegające na mocy powyższych przepisów, opodatkowaniu podatkiem dochodowym od osób fizycznych i była obowiązana do składania deklaracji na podstawie art. 44 ust. 6 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych.
Natomiast odmienna od prezentowanej przez Jolantę K. ocena okoliczności faktycznych sprawy oraz stanu prawnego dokonana przez organy skarbowe przy wydawaniu decyzji dotyczących odmowy stwierdzenia nadpłaty w podatku dochodowym od osób fizycznych za miesiące styczeń i luty 2000 r. nie uzasadnia wniosku, że decyzje spełniają przesłanki określone w art. 247 par. 1 pkt 3 Ordynacji podatkowej.
Ostateczne decyzje Ministra Finansów Jolanta K. zaskarżyła do Naczelnego Sądu Administracyjnego domagając się stwierdzenia ich nieważności.
Zaskarżone decyzje wydano z naruszeniem przepisów art. 2, art. 7, art. 217 Konstytucji RP w związku z art. 21 ust. 1 pkt 35 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych. Skarżąca podnosi, iż "podatnik czytając art. 21 ust. 1 pkt 35 ustawy obowiązujący w 2000 r. stwierdził, że wolne od podatku dochodowego są dochody z działalności gospodarczej osób, zatrudniających osoby niepełnosprawne, w zakresie i na zasadach określonych w ustawie o rehabilitacji zawodowej i społecznej oraz zatrudnianiu osób niepełnosprawnych. Czytając przepisy ustawy o rehabilitacji zawodowej i społecznej oraz zatrudnianiu osób niepełnosprawnych, podatniczka stwierdziła, że ustawodawca uchylił w 2000 r. zasady jakie musiał spełniać podatnik w latach poprzednich by korzystać ze zwolnienia. Z powyższego jednoznacznie wynika, że w 2000 r. podatnik zwolniony jest z opodatkowania uzyskanych dochodów przy jednoczesnym braku dyspozycji komu i w jakim zakresie należy przekazywać uzyskane ze zwolnienia środki". Zdaniem skarżącej pozbawienie jej prawa zwolnienia z podatku dochodowego od osób fizycznych wypełnia dyspozycję art. 247 par. 1 pkt 3 Ordynacji podatkowej.
Minister Finansów wniósł o oddalenie skarg.
W piśmie procesowym z dnia 8.07.2002 r. skarżąca podjęła polemikę ze stanowiskiem Ministra wyrażonym w odpowiedzi na skargę w obrębie argumentacji rozważanej w toku podatkowego postępowania nadzorczego. Ponadto podniosła, że zgodnie z wyrokiem Trybunału Konstytucyjnego z dnia 25 czerwca 2002 r., art. 2 pkt 2 w związku z art. 4 ustawy z dnia 20 listopada 1999 r. o zmianie ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych w zakresie w jakim pozbawiono przedsiębiorców prowadzących zakłady pracy chronionej uprawnień określonych w art. 31 ust. 1 pkt 1 ustawy z dnia 27 sierpnia 1997 r. o rehabilitacji zawodowej i społecznej oraz zatrudnianiu osób niepełnosprawnych, w brzmieniu obowiązującym w dniu 30 listopada 1999 r. - jest niezgodny z art. 2 Konstytucji.
Minister Finansów podtrzymał swoje stanowisko. Jego zdaniem skutkiem orzeczenia stwierdzającego niekonstytucyjność zaskarżonego w sprawie K 40/01 przepisu art. 2 pkt 2 ustawy z dnia 20 listopada 1999 r. w zakresie w jakim pomija określone regulacje, nie jest utrata mocy obowiązującej zakwestionowanego przepisu ale potwierdzenie - wynikającego z Konstytucji - obowiązku ustanowienia regulacji prawnych niezbędnych do realizacji norm konstytucyjnych. Powołany zatem wyrok nie wpływa na zaskarżone decyzje.
Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje
Rozpoznawane skargi zasługują na uwzględnienie wyłącznie z uwagi na wydanie przez Trybunał Konstytucyjny w sprawie K 45/01 wyroku z dnia 25 czerwca 2002 r. w przedmiocie konstytucyjności art. 2 pkt 2 w związku z art. 4 ustawy z dnia 20 listopada 1999 r. o zmianie ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych /Dz.U. nr 95 poz. 1101/.
Wywody samych skarg co do nielegalności zaskarżonych decyzji odmawiających stwierdzenia nieważności decyzji Izby Skarbowej we W. nie uwzględniających żądania stwierdzenia nadpłaty w podatku dochodowym od osób fizycznych za 2000 r. nie są uzasadnione.
Stan prawny co do zwolnień z podatku dochodowego od osób fizycznych osób osiągających dochody z działalności gospodarczej prowadzonej przy zatrudnieniu osób niepełnosprawnych jaki powstał w roku 2000, niezależnie od woli ustawodawcy, został przez Ministra Finansów zinterpretowany prawidłowo.
Odmowa zwrotu nadpłaty nie narusza prawa w sposób rażący a taką podstawę prawną swego żądania powołała podatniczka.
Jako rażąco naruszony przepis wskazano w skardze art. 21 ust. 1 pkt 35 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych. Przepis ten przewiduje zwolnienie od podatku dochodowego od osób fizycznych dochodów pewnej grupy osób "(...) w zakresie i na zasadach określonych w ustawie o rehabilitacji zawodowej i społecznej oraz zatrudnianiu osób niepełnosprawnych".
Skoro w objętym przedmiotem sprawy roku 2000 zakres taki oraz zasady nie zostały określone, to odmowę uznania tego rodzaju zwolnienia nie można uznać za rażąco naruszającą ten przepis. Stanowisko takie jest tym bardziej uzasadnione jeżeli zważy się, iż w art. 31 ust. 2 pkt 4 ustawy z dnia 27 sierpnia 1997 r. o rehabilitacji zawodowej i społecznej oraz zatrudnianiu osób niepełnosprawnych /cyt. wyżej/ wykluczono podatki dochodowe z grupy danin publicznych, od których zwolnieni byli w 2000 r. prowadzący zakłady pracy chronionej.
Zabieg interpretacyjny na drodze którego skarżąca dochodzi do wniosku, że zwolnienie z art. 21 ust. 1 pkt 35 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych miało w stosunku do niej zastosowanie w 2000 r. nie mógł doprowadzić do uwzględnienia skargi z dwóch powodów.
Po pierwsze przypomnienia wymaga, że utrwalonym w orzecznictwie Naczelnego Sądu Administracyjnego jest pogląd, iż tryb nadzwyczajny stwierdzania nieważności decyzji służy jedynie eliminacji ostatecznych decyzji dotkniętych najpoważniejszymi wadami, jakie skatalogowane są w art. 247 par. 1 ustawy - Ordynacja podatkowa oraz art. 156 par. 1 Kpa.
Tryb ten nie może zastępować środków prawnych służących eliminacji zwykłych naruszeń prawa, a więc pełnić rolę kontroli instancyjnej lub też funkcji badania zgodności z prawem decyzji ostatecznych na drodze skargi do sądu administracyjnego. Podstawa stwierdzenia nieważności w postaci rażącego naruszenia prawa występuje gdy stosowana norma prawna nie budzi wątpliwości interpretacyjnych. Jej treść może być ustalona w bezpośrednim jej odczytaniu. Jak wyraził to NSA w wyroku z dnia 18 lipca 1994 r., V SA 535/94 /ONSA 1995 Nr 2 poz. 91/ "Wstępnym warunkiem uznania, że nastąpiło rażące naruszenie prawa, o jakim mowa w art. 156 par. 1 pkt 2 Kpa /art. 247 par. 1 pkt 3 Ordynacji podatkowej/ jest stwierdzenie, iż w zakresie objętym konkretną decyzją administracyjną obowiązywał niewątpliwy stan prawny". W zakresie regulacji dotyczącej zwolnienia z podatku dochodowego od osób fizycznych na podstawie art. 21 ust. 1 pkt 35 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych takiej jednoznaczności regulacji prawnej w 2000 r. nie było, a to z powodu braku przepisów ustawy o rehabilitacji zawodowej i społecznej oraz zatrudnianiu osób niepełnosprawnych, do których norma prawa podatkowego odwoływała się wprost.
Po drugie wyartykułowane zarzuty skarg nie mogły być skuteczne gdyż zawierają one w istocie skierowany pod adresem Sądu /a w toku postępowania nadzorczego pod adresem organów podatkowych/ postulat uznania za niekonstytucyjne przepisów ustawy z dnia 20 listopada 1999 r. o zmianie ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych /Dz.U. nr 95 poz. 1101/, które doprowadziły do zaistnienia wątpliwego stanu prawnego co do zwolnienia z podatku dochodowego od osób fizycznych dochodów z działalności gospodarczej związanej z zatrudnieniem osób niepełnosprawnych.
Skład sędziowski Naczelnego Sądu Administracyjnego rozpoznający niniejsze sprawy stoi na stanowisku, iż z wyrażonej w art. 178 ust. 1 Konstytucji Rzeczypospolitej Polskiej zasady podległości sędziów Konstytucji oraz ustawom wynika ograniczenie ich uprawnień do badania jedynie aktów rangi podustawowej co do ich zgodności z ustawami i Konstytucją.
Przepis ten w powiązaniu z treścią art. 188 pkt 1 i art. 195 ust. 1 Konstytucji, które uprawnienie do badania zgodności ustaw z Konstytucją przyznają Trybunałowi Konstytucyjnemu, stanowią ograniczenie zasady stosowania Konstytucji wprost /art. 8 ust. 2 Konstytucji/.
Z powyższych przyczyn nie mogły być uwzględnione zarzuty skarg dotyczące niezgodności z Konstytucją przepisów ustawy z dnia 20 listopada 1999 r. o zmianie ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych /cyt. wyżej/.
I tak wskazano wyżej strona skarżąca w piśmie procesowym z dnia 8.07.2002 r. zasadnie wskazuje na wyrok Trybunału Konstytucyjnego z dnia 25 czerwca 2002 r. w sprawie K 45/01 jako mający istotne znaczenie w sprawie. W piśmie tym wyprowadza się jednak błędne wnioski co do skutków tego orzeczenia. Cytując jedynie wybraną część sentencji wyroku wyprowadza się wniosek o bezwarunkowej utracie mocy obowiązującej art. 2 pkt 2 w zw. z art. 4 ustawy z dnia 20 listopada 1999 r. o zmianie ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych /cyt. wyżej/, a co za tym idzie o pełnym obowiązywaniu w 2000 r. spornej ulgi w podatku dochodowym od osób fizycznych. Pogląd ten nie jest trafny. Nie można jednak podzielić poglądu przeciwnego jakiemu dał wyraz Minister Finansów w piśmie procesowym z dnia 2.08.2002 r., że powołany wyrok Trybunału nie ma wpływu na zaskarżone rozstrzygnięcie. Powołując się na uzasadnienie wyroku TK, organ II instancji wywiódł, że skutkiem tego orzeczenia jest wyłącznie obowiązek ustanawiania regulacji prawnych niezbędnych dla realizacji norm konstytucyjnych. Skutek orzeczenia nie obejmuje natomiast utraty mocy obowiązującej zakwestionowanego przepisu.
Stając na stanowisku, iż powołany wyrok Trybunału Konstytucyjnego może mieć wpływ na wynik postępowania zakończonego zaskarżonymi decyzjami Naczelny Sąd Administracyjny wziął przede wszystkim pod uwagę, że kontrolowane decyzje Ministra Finansów wydane zostały na podstawie przepisów ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa /Dz.U. nr 137 poz. 926 ze zm./.
W swoich uregulowaniach procesowych, w odróżnieniu od innych ustaw proceduralnych /Kpc, Kpa, Kpk i inne/ ustawa ta pomimo, iż powstawała równolegle z Konstytucją /a raczej właśnie dlatego/ nie posiada wyraźnego uregulowania o trybie i zasadach eliminowania z obrotu prawnego ostatecznych decyzji podatkowych wydanych na podstawie przepisu uznanego przez Trybunał Konstytucyjny za niezgodny z Konstytucją, umową międzynarodową lub ustawą.
Ustawa ta zawiera jedynie fragmentaryczny przepis art. 250 par. 1 modyfikujący terminy przedawnienia rozpoznania sprawy o stwierdzenie nieważności ostatecznej decyzji podatkowej w przypadku jeżeli nadzwyczajne postępowanie dotyczy decyzji wydanej na podstawie przepisów prawnych, które utraciły moc lub zostały uchylone bądź zmienione w wyniku orzeczenia Trybunału Konstytucyjnego.
Przepis ten obowiązujący pomimo piętnastu nowelizacji ustawy, uznać należy za wiążącą wskazówkę interpretacyjną co do trybu usunięcia wadliwości prawnej decyzji wydanej na podstawie przepisu zakwestionowanego przez TK. Stanowisko takie jest słuszne pomimo, że brak jest przepisu wskazującego wprost na tryb stwierdzenia nieważności jako właściwy w tym wypadku jak również, iż przepis ten nie posiada odniesienia w ustawie z dnia 1 sierpnia 1997 r. o Trybunale Konstytucyjnym /Dz.U. nr 102 poz. 643 ze zm./ a także pozostaje w sprzeczności z innymi uregulowaniami o charakterze proceduralnym, które wskazują w takim przypadku na wznowienie postępowania jako na sposób eliminowania orzeczeń wydanych na podstawie przepisów zakwestionowanych przez Trybunał Konstytucyjny, to jednak istniejącego przepisu nie można zignorować. Wskazać należy, iż możliwości takiej nie sprzeciwia się art. 190 ust. 4 Konstytucji. Przepis ten proceduralne formuły eliminacji z obrotu orzeczeń wydanych na podstawie przepisów uznanych za na niezgodne z Konstytucją, umową międzynarodową lub ustawą wymienia przykładowo odsyłając do właściwego rozstrzygnięcia wydanego na zasadach i w trybie określonym w przepisach właściwych dla danego postępowania, a więc w rozpoznawanej sprawie wskazuje na przepisy Ordynacji podatkowej jako rozstrzygające rozważaną kwestię. Stwierdzenie nieważności decyzji wydanej na podstawie przepisów prawnych, które zakwestionował Trybunał Konstytucyjny następować powinno, gdyż w orzeczeniu Trybunału Konstytucyjnego stwierdza się niekonstytucyjność podstawy prawnej zapadłej decyzji, a rezultatem tego jest utrata mocy obowiązującej takiej normy prawnej /art. 188 ust. 1 i 3 Konstytucji/. Powyższa sytuacja jest najbardziej zbliżona do wydania decyzji bez podstawy prawnej, a więc utożsamiona być ona powinna z istnieniem podstawy do stwierdzenia nieważności jaką określa art. 247 par. 1 pkt 2 ustawy Ordynacja podatkowa.
Przyjęcie powyższego stanowiska, a nie prezentowanego również w doktrynie stanowiska o "konsumowaniu" w postępowaniu podatkowym orzeczeń Trybunału Konstytucyjnego w trybie przepisów o wznowieniu postępowania, było warunkiem wstępnym uwzględnienia skarg, które dotyczyły decyzji wydanych właśnie w trybie stwierdzenia nieważności.
Wbrew krańcowym poglądom obu stron postępowania dopiero nowe postępowanie przed Ministrem Finansów da odpowiedź na pytanie czy w konkretnym przypadku istnieje podstawa do stwierdzenia nieważności decyzji Izby Skarbowej o odmowie stwierdzenia nadpłaty w podatku dochodowym od osób fizycznych.
W rozważanej w sprawach niniejszych kwestii merytorycznej sentencja wyroku TK z dnia 25 czerwca 2002 r. ma następujące pełne brzmienie:
"Art.2 pkt 2 w związku z art. 4 ustawy z dnia 20 listopada 1999 r. o zmianie ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych /Dz.U. nr 95 poz. 1101/ w zakresie, w jakim pozbawia przedsiębiorców prowadzących zakłady pracy chronionej przed upływem trzyletniego okresu przewidzianego w art. 30 ust. 1 zdanie drugie ustawy z dnia 27 sierpnia 1997 r. o rehabilitacji zawodowej i społecznej oraz zatrudnianiu osób niepełnosprawnych, w brzmieniu obowiązującym w dniu 30 listopada 1999 r. /Dz.U. nr 123 poz. 776 i nr 160 poz. 1082, Dz.U. 1998 nr 99 poz. 628, nr 106 poz. 668, nr 137 poz. 887, nr 156 poz. 1019 i nr 162 poz. 1118 i 1126 oraz Dz.U. 1999 nr 49 poz. 486 i nr 90 poz. 1001/, uprawnień określonych w art. 31 ust. 1 pkt 1 w związku z ust. 2 tegoż artykułu powołanej wyżej ustawy z dnia 27 sierpnia 1997 r. o rehabilitacji zawodowej i społecznej oraz zatrudnianiu osób niepełnosprawnych, w brzmieniu obowiązującym w dniu 30 listopada 1999 r., jest niezgodny z zasadą ochrony praw nabytych i zasadą ochrony interesów w toku, wyrażonymi w art. 2 Konstytucji, w zakresie, w jakim nie przewiduje regulacji przejściowych niezbędnych dla zapewnienia ochrony interesów prowadzących zakłady pracy chronionej, którzy - w zaufaniu do dotychczasowych przepisów - rozpoczęli realizację długookresowych przedsięwzięć na rzecz osób niepełnosprawnych zatrudnionych w ich zakładach".
Interpretując skutki tego wyroku Minister Finansów, w oparciu o jego uzasadnienie, wywiódł prawidłowy pogląd, że wyrok ten nie spowodował bezwarunkowej utraty mocy obowiązującej art. 2 pkt 2 ustawy z dnia 20 listopada 1999 r. o zmianie ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych /cyt. wyżej/, a więc nie wyeliminował tego przepisu z systemu prawnego. Orzekł jednak, iż w pewnym zakresie jest on niezgodny z art. 2 Konstytucji i wyjaśnił jakie warunki są niezbędne aby można było uznać go za w pełni zgodny z Konstytucją. W pierwszej więc kolejności przedmiotem badania, przy ponownym rozpoznaniu sprawy, będzie okoliczność czy wydane zostały przepisy zawierające regulacje przejściowe niezbędne dla zapewnienia ochrony interesów prowadzących zakłady pracy chronionej, którzy - w zaufaniu do dotychczasowych przepisów - rozpoczęli długookresowe przedsięwzięcia na rzecz osób niepełnosprawnych zatrudnionych w ich zakładach.
Wprowadzenie takich przepisów do systemu prawnego zapewni pełną zgodność z Konstytucją art. 2 pkt 2 ustawy z dnia 20 listopada 1999 r. a tym samym żądanie stwierdzenia nieważności decyzji odmawiającej zwrotu nadpłaty w podatku dochodowym od osób fizycznych za 2000 r. będzie nieuzasadnione z uwagi na treść wyroku TK.
Nie będzie miał bowiem miejsca przypadek wydania decyzji bez podstawy prawnej z tego powodu.
Brak takich regulacji, których istotę i charakter omówił Trybunał w uzasadnieniu wyroku z dnia 25 czerwca 2002 r., spowoduje potrzebę badania sprawy z uwzględnieniem jej indywidualnych okoliczności.
Art. 2 pkt 2 ustawy z dnia 20 listopada 1999 r. eliminujący w istocie ulgi w podatku dochodowym od osób fizycznych dla osób prowadzących zakłady pracy chronionej jest niekonstytucyjny tylko w odniesieniu do takich przedsiębiorców, którzy mając na uwadze trzyletni okres na jaki przyznano im status zakładu pracy chronionej i wynikające z tego preferencje przysługujących na podstawie przepisów obowiązujących w dniu 30 listopada 1999 r. rozpoczęli realizację przedsięwzięć gospodarczych na rzecz osób niepełnosprawnych zatrudnionych w ich przedsiębiorstwach.
Skoro Trybunał Konstytucyjny orzekł o niekonstytucyjności omawianego przepisu w stosunku do grupy podmiotowo i przedmiotowo wyodrębnionych jego adresatów to zgodnie z art. 190 par. 1 i 3 Konstytucji z chwilą ogłoszenia wyroku w Dzienniku Ustaw tj. 5 lipca 2002 r. /Dz.U. nr 100 poz. 923/ przepis ten, w stosunku do tej grupy podatników, utracił moc obowiązującą.
Rzeczą Ministra Finansów, w przypadku braku przepisów na które wskazał Trybunał, będzie ocena dowodów przedstawionych przez stronę skarżącą, co do rozpoczęcia długookresowych przedsięwzięć na rzecz niepełnosprawnych uwarunkowanych posiadaniem statusu zakładu pracy chronionej.
Jeżeli udowodnionym zostanie, iż w rozpoznawanym przypadku mamy do czynienia z naruszeniem zasady ochrony praw nabytych i zasady ochrony interesów w toku powstanie sytuacja wydania decyzji odmawiających stwierdzenia nadpłaty przy zastosowaniu nieobowiązującego art. 2 pkt 2 ustawy z dnia 20 listopada 1999 r. o zmianie ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych /Dz.U. nr 95 poz. 1101/, a więc bez podstawy prawnej, to jest zgodnie z art. 247 par. 1 pkt 2 ustawy - Ordynacja podatkowa w warunkach nieważności.
Ponieważ okoliczności decydujące o obowiązywaniu znajdującego zastosowanie w sprawie przepisu nie zostały należycie wyjaśnione to co do zaskarżonych decyzji orzeczono jak w pkt I sentencji na podstawie art. 22 ust. 1 pkt 1 w zw. z art. 22 ust. 1 pkt 1 w związku z art. 22 ust. 2 pkt 3 ustawy z dnia 11 maja 1995 r. o Naczelnym Sądzie Administracyjnym /Dz.U. nr 74 poz. 368 ze zm./, a zawarte w pkt II rozstrzygnięcie w sprawie kosztów postępowania oparto na art. 55 ust. 1 tej ustawy.