Uzasadnienie
Trzema decyzjami z [...] czerwca 2008 r. Dyrektor Izby Celnej w W. utrzymał w mocy trzy decyzje Naczelnika Urzędu Celnego [...] w W. z [...] czerwca 2005 r., określające Skarżącej – "P." sp. z o.o. w W. podatek od towarów i usług z tytułu importu towarów objętych wskazanymi w decyzjach zgłoszeniami celnymi.
Powodem wydania decyzji było obniżenie wartości celnej importowanych towarów, skutkujące zmniejszeniem podstawy opodatkowania podatkiem od towarów i usług, a w konsekwencji jego określeniem w wysokości niższej niż zadeklarowana w zgłoszeniach celnych. Spór stron dotyczył m.in. kwestii, czy dopuszczalne jest w każdym czasie orzekanie o wysokości zobowiązania podatkowego w podatku od towarów i usług, które wygasło przez zapłatę. Zdaniem organów podatkowych, taka sytuacja jest możliwa. Skoro bowiem zobowiązanie wygasło wskutek zapłaty, nie mogło wygasnąć po raz drugi wskutek przedawnienia. Po zapłacie podatku termin przedawnienia już nie biegnie. Organ odwoławczy może jednak wydać jedną z decyzji określonych w art. 233 § 1 i § 2 Ordynacji podatkowej.
Z poglądem tym nie zgodziła się Skarżąca, która złożyła skargi na decyzje Dyrektora Izby Celnej.
Na rozprawie przeprowadzonej 12 grudnia 2008 r., na podstawie art. 111 § 2 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. - Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz.U. Nr 153, poz. 1270 z późn. zm.) – dalej: "p.p.s.a.", Sąd postanowił połączyć sprawy o sygn. akt III SA/Wa 2236/08, III SA/Wa 2237/08 oraz III SA/Wa 2238/08 do wspólnego rozpoznania i rozstrzygnięcia oraz prowadzić je pod wspólną sygnaturą III SA/Wa 2236/08.
Wydanym tego samego dnia wyrokiem o sygn. akt III SA/Wa 2236/08 Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie skargi oddalił.
Naczelny Sąd Administracyjny uwzględnił skargi kasacyjne Skarżącej. Wyrokiem z 13 października 2010 r. sygn. akt FSK 994/10 uchylił wyrok Sądu pierwszej instancji i sprawę przekazał mu do ponownego rozpoznania. Stwierdził, iż po upływie okresu przedawnienia, wbrew interesowi prawnemu podatnika, organ nie może "na jego korzyść" kształtować wielkości przedawnionego zobowiązania podatkowego, określając je w niższej wysokości niż kwota zapłacona. Przedawnienie zobowiązania skutkuje bowiem bezprzedmiotowością postępowania.
W niniejszej sprawie termin rozprawy wyznaczono na 10 stycznia 2011 r.
Dyrektor Izby Celnej dwoma decyzjami z [...] grudnia 2010 r. oraz decyzją z [...] grudnia 2010 r., wydanymi na podstawie art. 54 § 3 p.p.s.a., uwzględnił w całości skargi Skarżącej. Zgodnie z jej żądaniem uchylił własne decyzje i poprzedzające je decyzje organu I instancji oraz umorzył postępowanie w sprawie. Dwie decyzje z [...] grudnia 2010 r. doręczono pełnomocnikowi Skarżącej 13 grudnia 2010 r., a decyzję z [...] grudnia 2010 r. pełnomocnik otrzymał 15 grudnia 2010 r.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie zważył, co następuje
Zgodnie z art. 54 § 3 p.p.s.a. organ, którego działanie lub bezczynność zaskarżono, może w zakresie swojej właściwości uwzględnić skargę w całości do dnia rozpoczęcia rozprawy, co też Dyrektor Izby Celnej uczynił wydając dwie decyzje z [...] grudnia 2010 r. oraz decyzję z [...] grudnia 2010 r. Z chwilą ich doręczenia pełnomocnikowi Skarżącej przestały więc istnieć przedmioty skarg, jakimi były decyzje z [...] czerwca 2008 r.
Zgodnie z art. 161 § 1 pkt 3 p.p.s.a., Sąd wydaje postanowienie o umorzeniu postępowania, gdy stało się ono bezprzedmiotowe z przyczyn innych, niż wskazane w pkt 1 i 2 tego paragrafu. Do okoliczności uzasadniających umorzenie postępowania na podstawie powyższego przepisu należy uwzględnienie skargi przez organ w trybie art. 54 § 3 p.p.s.a. (tzw. autokontrola). Powoduje ono bowiem wyeliminowanie z obrotu prawnego zaskarżonego aktu lub czynności, co czyni zbędnym dalsze procedowanie w sprawie. W razie wydania nowego rozstrzygnięcia służy na nie skarga do sądu administracyjnego, co należycie chroni prawa strony skarżącej.
W tym stanie rzeczy, na podstawie art. 161 § 1 pkt 3 p.p.s.a., Sąd umorzył postępowanie sądowe jako bezprzedmiotowe.
Zgodnie z art. 201 § 1 p.p.s.a., zwrot kosztów przysługuje skarżącemu od organu także w razie uwzględnienia skargi w trybie art. 54 § 3 p.p.s.a. Na wniosek Skarżącej Sąd zasądził zatem na jej rzecz koszty postępowania sądowego w kwocie równiej sumie uiszczonych przez nią wpisów, opłat skarbowych od dokumentów pełnomocnictwa oraz kosztów zastępstwa procesowego. O kosztach tych orzeczono na podstawie art. 201 § 1 w związku z art. 205 § 2 p.p.s.a. oraz § 14 ust. 2 pkt 1 lit. a) w związku z § 6 pkt 6 rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z dnia 28 września 2002 r. w sprawie opłat za czynności radców prawnych oraz ponoszenia przez Skarb Państwa kosztów nieopłaconej pomocy prawnej udzielonej przez radcę prawnego z urzędu (Dz.U. Nr 163, poz. 1349 z późn. zm.).