Uzasadnienie
Decyzją z dnia [...] czerwca 2008 r. Nr [...] Dyrektor Izby Celnej w W. utrzymał w mocy decyzje Naczelnika Urzędu Celnego [...] w W. z dnia [...] grudnia 2005 r. określające Skarżącej – K. Sp. z o.o. w W. prawidłową wysokość podatku od towarów i usług z tytułu importu towarów objętych wskazanymi w decyzjach zgłoszeniami celnymi. Powodem wydania ww. decyzji było obniżenie wartości celnej importowanych towarów, skutkujące zmniejszeniem podstawy opodatkowania podatkiem od towarów i usług, a w konsekwencji jego określeniem w wysokości niższej niż zadeklarowana w zgłoszeniach celnych. Przedmiotem sporu w sprawie było m.in. to, czy dopuszczalne jest w każdym czasie orzekanie o wysokości zobowiązania podatkowego w podatku od towarów i usług, które wygasło przez zapłatę. Zdaniem organów podatkowych taka sytuacja jest możliwa. Skoro bowiem zobowiązanie wygasło wskutek zapłaty, nie mogło wygasnąć po raz drugi wskutek przedawnienia.
Po zapłacie podatku termin przedawnienia już nie biegnie. Organ odwoławczy może jednak wydać jedną z decyzji określonych w art. 233 § 1 i § 2 ustawy z 29 sierpnia 1997r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2005r. Nr 8, poz. 60 ze. zm. dalej jako O.p.),
Z poglądem tym nie zgodziła się Skarżąca, która zaskarżyła powyższą decyzję do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie, który wyrokiem z dnia 5 marca 2009 r. sygn. akt III SA/Wa 2374/08 oddalił skargę. W uzasadnieniu wyroku stwierdził, że skoro zobowiązanie w podatku od towarów i usług powstało z mocy prawa i zostało zapłacone w wysokości większej niż należna, to zgodnie z art. 59 § 1 pkt 1 O.p. zobowiązanie wygasło w całości z chwilą zapłaty. Nie mogło zatem wygasnąć ponownie wskutek przedawnienia. Tym samym wydanie zaskarżonych decyzji, określających wysokość zobowiązania w wysokości mniejszej niż zapłacona, po upływie 5 lat od powstania zobowiązania podatkowego, nie stanowiło naruszenia art. 70 § 1 O.p.
Naczelny Sąd Administracyjny wyrokiem z 17 listopada 2010 r. sygn. akt I FSK 969/09 uchylił wyrok Sądu pierwszej instancji i przekazał mu sprawę do ponownego rozpoznania. Stwierdził, że po upływie okresu przedawnienia, organ – wbrew interesowi prawnemu podatnika – nie może "na jego korzyść" kształtować wielkości przedawnionego zobowiązania podatkowego, określając je w wysokości niższej niż zapłacone. Przedawnienie zobowiązania skutkuje bowiem bezprzedmiotowością postępowania.
Dyrektor Izby Celnej w W., przed terminem rozprawy wyznaczonym na dzień 3 marca 2011 r. decyzją z dnia [...] stycznia 2011 r. nr [...] uwzględnił w całości skargę Skarżącej i zgodnie z jej żądaniem uchylił własną decyzję oraz poprzedzającą ją decyzję organu pierwszej instancji oraz umorzył postępowanie w sprawie. Decyzję doręczono pełnomocnikowi Skarżącej w dniu 26 stycznia 2011 r.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie zważył, co następuje.
Zgodnie z art. 54 § 3 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz.U. Nr 153, poz. 1270 z późn zm.) – dalej: "p.p.s.a." organ, którego działanie lub bezczynność zaskarżono, może w zakresie swojej właściwości uwzględnić skargi w całości do dnia rozpoczęcia rozprawy, co też Dyrektor Izby Celnej uczynił wydając decyzję z [...] stycznia 2011 r. Z chwilą jej doręczenia pełnomocnikowi Skarżącej przestał więc istnieć przedmiot skargi, jakim była decyzja Dyrektora Izby Celnej w W. z dnia [...] czerwca 2008 r., nr [...].
Zgodnie z art. 161 § 1 pkt 3 p.p.s.a., Sąd wydaje postanowienie o umorzeniu postępowania, gdy stało się ono bezprzedmiotowe z przyczyn innych, niż te wskazane w pkt 1 i 2 tego paragrafu. Do okoliczności uzasadniających umorzenie postępowania na podstawie powyższego przepisu należy uwzględnienie skargi przez organ w trybie art. 54 § 3 p.p.s.a. (tzw. autokontrola). Powoduje ono bowiem wyeliminowanie z obrotu prawnego zaskarżonego aktu lub czynności, co czyni zbędnym dalsze procedowanie w sprawie. W razie wydania nowego rozstrzygnięcia służy na nie skarga do sądu administracyjnego, co należycie chroni prawa strony skarżącej.
Wobec powyższego postępowanie sądowe jako bezprzedmiotowe podlega w niniejszej sprawie umorzeniu na podstawie art. 161 § 1 pkt 3 p.p.s.a., o czym postanowiono w pkt 1 sentencji.
Uwzględnienie skargi przez organ zasadnym czyniło orzeczenie o zwrocie kosztów postępowania. Zgodnie bowiem z art. 201 § 1 p.p.s.a., zwrot kosztów przysługuje skarżącemu od organu także w razie uwzględnienia skargi w trybie art. 54 § 3 p.p.s.a. W niniejszej sprawie do kosztów tych zalicza się uiszczony wpis od skargi, wynagrodzenie reprezentującego Skarżącą doradcy podatkowego oraz opłatę skarbową od pełnomocnictwa. O kosztach orzeczono na podstawie art. 201 § 1 w związku z art. 205 § 2 p.p.s.a. oraz § 2 ust. 1 pkt 1 lit. e) rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z dnia 2 grudnia 2003 r. w sprawie wynagrodzenia za czynności doradcy podatkowego w postępowaniu przed sądami administracyjnymi oraz szczegółowych zasad ponoszenia kosztów pomocy prawnej udzielonej przez doradcę podatkowego z urzędu (Dz.U. Nr 212, poz. 2075 z późn. zm.).