Uzasadnienie
Zaskarżoną do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie (dalej: "WSA w Warszawie", "Sąd") decyzją z [...] stycznia 2026 r. Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w W. ("Dyrektor IAS", "DIAS", "organ odwoławczy", "organ II instancji"), po rozpatrzeniu odwołania wniesionego przez E. S.A. z siedzibą w W. (dalej "Skarżąca", "Strona", "Spółka"), utrzymał w mocy decyzję Naczelnika Urzędu Skarbowego W. (dalej: "NUS", "organ I instancji", "Naczelnik US") z [...] marca 2025 r. w przedmiocie odmowy stwierdzenia i zwrotu nadpłaty w podatku akcyzowym za styczeń, luty, marzec, kwiecień, sierpień, listopad, grudzień 2019 r., styczeń, luty, marzec, kwiecień, maj, czerwiec, lipiec, listopad, grudzień 2020 r., styczeń, luty, marzec, lipiec, listopad, grudzień 2021 r. w łącznej kwocie 25 552 022 zł.
Decyzja została wydana w następującym stanie sprawy:
W dniu 6 grudnia 2024 r. Skarżąca, złożyła do NUS wniosek o stwierdzenie nadpłaty podatku akcyzowego za okresy: styczeń - kwiecień, sierpień, listopad, grudzień 2019 r., styczeń - lipiec, listopad, grudzień 2020 r., styczeń - marzec, lipiec, listopad, grudzień 2021 r. w kwocie 25 552 022 zł. Do wniosku Spółka dołączyła m.in. kopie decyzji Prezesa Urzędu Regulacji Energetyki (dalej: "Prezes URE"). We wniosku Spółka wskazała, że jest przedsiębiorstwem energetycznym sprzedającym energię elektryczną nabywcom końcowym. W związku ze wskazanym profilem działalności, Spółka na podstawie art. 52 ustawy z dnia 20 lutego 2015 r. o odnawialnych źródłach energii (Dz.U. z 2018 r. poz. 2389, ze zm., dalej: "u.o.z.e.") zobowiązana jest do umorzenia określonej ilości świadectw pochodzenia energii elektrycznej.
Jednocześnie, na podstawie art. 30 ust. 1 ustawy z dnia 6 grudnia 2008 r. o podatku akcyzowym (Dz.U. z 2025 poz. 126 ze zm., dalej: "u.p.a."), Spółka korzysta ze zwolnienia od akcyzy energii elektrycznej wytwarzanej z odnawialnych źródeł energii, na podstawie decyzji Prezesa URE potwierdzających umorzenie świadectwa pochodzenia energii. Na skutek nowelizacji u.p.a. ustawodawca wprowadził zmianę brzmienia art. 89 ust. 3 poprzez zmianę stawki akcyzy na energię elektryczną z 20 zł/MWh na 5 zł/MWh. Zmiana weszła w życie z dniem 1 stycznia 2019 r. przy czym nie została opatrzona przepisami przejściowymi.
W związku z brakiem przepisów przejściowych, Spółka wystąpiła z wnioskiem o wydanie interpretacji indywidualnej w celu potwierdzenia możliwości obniżenia akcyzy należnej w okresach rozliczeniowych po dniu 1 stycznia 2019 r. stosując zwolnienie w wysokości 20 zł/MWh (a nie 5 zł/MWh) w przypadku umorzenia świadectw pochodzenia energii elektrycznej wydanych dla energii elektrycznej wyprodukowanej przed dniem 1 stycznia 2019 r.
Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej w interpretacji indywidualnej z 23 sierpnia 2019 r. uznał stanowisko Spółki za nieprawidłowe. W konsekwencji wywiązał się spór, w wyniku którego ostatecznie Naczelny Sąd Administracyjny (dalej: "NSA") w wyroku z 3 października 2024 r., I FSK 539/21, uznał stanowisko Spółki za prawidłowe: do zwolnienia wskazanego w art. 30 ust. 1 i 2 u.p.a. na podstawie decyzji otrzymanej po 1 stycznia 2019 r. dotyczącej umorzenia świadectw pochodzenia energii elektrycznej wytworzonej przez 1 stycznia 2019 r. ma zastosowanie stawka akcyzy obowiązująca w dacie wytworzenia energii, tj. 20,00 zł/MWh.
Mając na względzie ww. wyrok NSA, Spółka złożyła korekty deklaracji akcyzowych zmieniając zastosowaną stawkę zwolnienia z podatku akcyzowego z 5 zł za MWh (przed korektą) na 20 zł za MWh (po korekcie).
W dniu 11 grudnia 2024 r. do Urzędu Skarbowego W. wpłynął wniosek o zwrot ww. nadpłaty na główny rachunek bankowy Spółki wraz z załącznikami. NUS uznał, że przedmiotowy wniosek o zwrot nadpłaty stanowi w istocie uzupełnienie wniosku o stwierdzenie nadpłaty z 6 grudnia 2024 r., dlatego rozpatrzył go łącznie z tym wnioskiem. W dniach 27 i 28 grudnia 2024 r. złożyła korekty deklaracji podatkowych AKC-4 za ww. okresy rozliczeniowe.
Decyzją z [...] marca 2025 r. organ I instancji odmówił stwierdzenia i zwrotu nadpłaty podatku akcyzowego.
Nie zgadzając się z takim rozstrzygnięciem Skarżąca złożyła odwołanie od ww. decyzji NUS z [...] marca 2025 r. i wniosła o uchylenie ww. decyzji w całości i orzeczenie co do istoty sprawy poprzez stwierdzenie nadpłaty w podatku akcyzowym za ww. miesiące – łącznie w kwocie 25 552 022 zł oraz zwrot nadpłaty wraz z oprocentowaniem zgodnie z wnioskiem Spółki.
Zaskarżoną decyzją z [...] stycznia 2026 r. DIAS utrzymał w mocy decyzję organu I instancji.
DIAS stanął na stanowisku, że:
- - w sprawie zachowano termin do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty z art. 79 § 2 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (Dz.U. z 2025 r. poz. 111 ze zm., dalej: "O.p.");
- - zachowano również warunek złożenia skorygowanej deklaracji z art. 75 § 3 O.p.;
- - jednak w sprawie nie wystąpiła nadpłata podatku akcyzowego, gdyż żadna z sytuacji opisanych w art. 72 O.p. nie występuje w sprawach dotyczących przypadków opisanych w art. 30 ust. 1 i 2 u.p.a., który ma zastosowanie w sprawie. Składając deklaracje podatkowe za poszczególne okresy rozliczeniowe w przypadku energii elektrycznej pochodzącej z odnawialnych źródeł energii podatnik oblicza i płaci podatek, który na moment składania deklaracji podatkowych jest podatkiem należnym, wobec czego nie może zostać nadpłacony;
- - ustawa nie umożliwia podatnikom zwrotu akcyzy zapłaconej od zwolnionej energii na rachunek bankowy, lecz wprowadza specyficzną konstrukcję zwolnienia z podatku akcyzowego poprzez późniejsze odliczenie "nadpłaconej" akcyzy. Podatnik korzystający ze zwolnienia w pierwszej kolejności uiszcza akcyzę i wykazuje sprzedaż energii elektrycznej w deklaracji, a następnie obniża akcyzę w deklaracjach składanych za kolejne okresy, tj. począwszy od deklaracji za miesiąc, w którym otrzymał decyzję potwierdzającą umorzenie świadectwa pochodzenia energii elektrycznej lub w następnych miesiącach;
- - przepisy u.p.a. nie podają granicznego terminu, w którym zwolnienie może być zastosowane. W ocenie DIAS został określony jedynie moment rozpoczęcia korzystania ze zwolnienia (najwcześniej moment otrzymania decyzji umarzającej świadectwo pochodzenia energii). Nie został natomiast wskazany moment graniczny, do którego możliwe jest stosowanie zwolnienia;
- - nic w sprawie nie zmienia wyrok NSA z 22 września 2025 r., I FSK 1519/21, wynika z niego, że Spółka może zastosować zwolnienie w wysokości 20 zł/MWh zamiast 5 zł/MWh, ale nie wynika, że w przypadku, gdy w składanych deklaracjach podatnik zamiast stawki 20 zł/MWh stosował 5 zł/MWh, powstała nadpłata;
- - także interpretacja indywidualna wydana po tym wyroku nie może przynieść skutku w postaci stwierdzenia nadpłaty, gdyż zasada zaufania określona w art. 121 O.p. nie może być rozumiana jako konieczność wydawania decyzji sprzecznych z obowiązującym prawem.
W skardze do Sądu, Skarżąca domagała się uchylenia zaskarżonej decyzji i poprzedzającej ją decyzji NUS z [...] marca 2025 r. oraz zwrotu kosztów postępowania, w tym kosztów zastępstwa procesowego.
Zaskarżonej decyzji zarzucono naruszenie:
- 1) art. 72 § 1 pkt 1 O.p. w zw. z art. 30 ust. 1 u.p.a. poprzez błędną wykładnię i uznanie, że nie stanowi nadpłaty podatek nadpłacony przez Spółkę z uwagi na niezastosowanie (niepełne zastosowanie) zwolnienia podatkowego w deklaracji, podczas gdy zgodnie z literalnym brzmieniem art. 72 § 1 pkt 1 O.p. kwota nienależnie zapłaconego podatku, tj. dokonanie zapłaty części lub całości podatku z pominięciem przysługującego zwolnienia (w całości lub części), stanowi nadpłatę podatku;
- 2) art. 30 ust. 2 u.p.a. poprzez błędną wykładnię i uznanie, że
- a) mechanizm rozliczenia zwolnienia energii elektrycznej pochodzącej z odnawialnych źródeł energii wyklucza powstanie nadpłaty w podatku akcyzowym i tym samym wyłącza zastosowanie art. 72 § 1 pkt 1 O.p., podczas gdy art. 30 ust. 2 u.p.a. reguluje wyłącznie bieżący sposób rozliczania zwolnienia i nie wyklucza powstania nadpłaty w przypadku jego rozliczenia w nieprawidłowej wysokości;
- b) Spółka ma dowolność w zakresie wyboru okresu rozliczeniowego, w którym zastosuje niewykorzystane do tego czasu (lub nie w pełni wykorzystane) zwolnienie, podczas gdy zastosowanie zwolnienia następuje poprzez obniżenie akcyzy należnej od energii elektrycznej za najbliższe okresy rozliczeniowe, a Spółka, chcąc zastopować przysługujące jej zwolnienie, nie ma możliwości obniżenia akcyzy należnej w innych, dowolnie wybranych okresach rozliczeniowych;
- 3) art. 81 § 1 O.p. w zw. z art. 30 ust. 1-2 u.p.a. poprzez błędną wykładnię i uznanie, że Spółka nie może korygować rozliczeń w podatku akcyzowym w przypadku zastosowania nieprawidłowej stawki akcyzy do kalkulacji zwolnienia, podczas gdy Spółka jest uprawniona do korekty złożonych deklaracji podatkowych w sytuacji, gdy nie skorzystała w całości ze zwolnienia, o którym mowa w art. 30 ust. 1 u.p.a. w przeszłych okresach rozliczeniowych.
DIAS w odpowiedzi na skargę wniósł o jej oddalenie, podtrzymując argumentację zawartą w zaskarżonej decyzji.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie zważył, co następuje.
Skarga jest zasadna.
Na wstępie Sąd wskazuje, że analogiczne sprawy dotyczące innej spółki z tej samej branży, oparte na tożsamym stanie faktycznym oraz prawnym, których osią sporu między stronami była kwestia odmowy stwierdzenia i zwrotu nadpłaty w podatku akcyzowym były już przedmiotem rozstrzygnięcia w tut. Sądzie. Nieprawomocnymi wyrokami z 17 czerwca 2026 r. sygn. akt III SA/Wa 546/26 i III SA/Wa 547/26, z 23 czerwca 2026 r. sygn. III SA/Wa 533/26 i III SA/Wa 534/26, z 25 czerwca 2026 r. sygn. akt III SA/Wa 544/26 i III SA/Wa 545/26 oraz z 8 lipca 2026 r. sygn. III SA/Wa 529/26 i III SA/Wa 530/26, Sąd uchylił zaskarżone decyzje i poprzedzające je decyzje organu I instancji. Zawarte w uzasadnieniu przywołanych wyrokach argumenty i ocena Sądu co do spornego zagadnienia zachowują aktualność również w niniejszej sprawie, dlatego też Sąd będzie się nimi szeroko posługiwał.
Zgodnie z art. 30 ust. 1 u.p.a. zwalnia się od akcyzy energię elektryczną wytwarzaną z odnawialnych źródeł energii, na podstawie dokumentu potwierdzającego umorzenie świadectwa pochodzenia energii, w rozumieniu przepisów prawa energetycznego lub przepisów ustawy z dnia 20 lutego 2015 r. o odnawialnych źródłach energii.
Zgodnie z art. 30 ust. 2 u.p.a. zwolnienie, o którym mowa w ust. 1, stosuje się nie wcześniej niż z chwilą otrzymania dokumentu potwierdzającego umorzenie świadectwa pochodzenia energii, poprzez obniżenie akcyzy należnej od energii elektrycznej za najbliższe okresy rozliczeniowe.
Strony spierają się o to, czy w rozliczeniu Spółki w podatku akcyzowym za okresy: styczeń - kwiecień, sierpień, listopad, grudzień 2019 r., styczeń - lipiec, listopad, grudzień 2020 r., styczeń - marzec, lipiec, listopad, grudzień 2021 r. powstała nadpłata. Spierają się o relację między zwolnieniem z art. 30 ust. 1 i 2 u.p.a. a regulacją dotyczącą nadpłaty podatku i korekty deklaracji podatkowych.
Zdaniem DIAS regulacje te wykluczają się – podatnik nie może skorzystać ze zwolnienia z art. 30 ust. 1 i 2 u.p.a. przez korektę pierwotnie złożonej deklaracji podatkowej i wniosek o stwierdzenie nadpłaty.
Spółka jest przeciwnego zdania.
W tym sporze rację ma Skarżąca.
Z art. 30 ust. 1 i 2 u.p.a. (ani żadnych innych przepisów) nie wynika przeszkoda w skorzystaniu z określonego tam swoistego mechanizmu zwolnienia nie w pierwotnie złożonej deklaracji, lecz w deklaracji skorygowanej.
Takiego warunku (przesłanki negatywnej) regulacja ta nie zawiera. Nie stanowi, że ze zwolnienia (przez obniżenie kwoty bieżącego zobowiązania podatkowego) podatnik może skorzystać tylko w deklaracji podatkowej składanej po raz pierwszy za dany okres rozliczeniowy; nie ogranicza też korzystania ze zwolnienia terminem.
Stanowisko DIAS jest w takim razie contra legem.
Konkurencyjność trybów: nadpłatowego i określonego w art. 30 ust. 1 i 2 u.p.a. rzeczywiście zachodzi – lecz w odniesieniu do przeszłych okresów rozliczeniowych, to znaczy okresów, w których swoje źródło ma wartość zwolnienia wynikającego z decyzji Prezesa URE – w których mianowicie wyprodukowano i wprowadzono do sieci elektroenergetycznej energię z odnawialnych źródeł energii.
Rzeczywiście ustawodawca przewidział szczególny mechanizm "zwolnienia przez obniżenie bieżącego podatku akcyzowego" – dlatego zwolnienie energii elektrycznej ze źródeł odnawialnych potwierdzone decyzją Prezesa URE można realizować tylko przez ten mechanizm, nie przez wystąpienie z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty za historyczne okresy rozliczeniowe.
Spółka wystąpiła o nadpłatę za okresy: styczeń - kwiecień, sierpień, listopad, grudzień 2019 r., styczeń - lipiec, listopad, grudzień 2020 r., styczeń - marzec, lipiec, listopad, grudzień 2021 r. Zachowała w ten sposób warunek wynikający z art. 30 ust. 2 u.p.a.: obniżyła podatek akcyzowy o zwolnienie "nie wcześniej niż z chwilą otrzymania dokumentu potwierdzającego umorzenie świadectwa pochodzenia energii" (t.j. "nie wcześniej" niż w styczniu 2019 r.) i "za najbliższe okresy rozliczeniowe" (t.j. stopniowo "konsumując" zwolnienie począwszy od stycznia 2019 r.).
Prawo do korekty raz złożonej deklaracji nie podlega w tym przypadku żadnym ograniczeniom.
Skorygowana deklaracja jest deklaracją podatkową w rozumieniu art. 3 pkt 5 u.p.a. Podatnik może zadeklarować wartości z uwzględnieniem ulgi podatkowej ("zwolnienia przez obniżenie") tak w deklaracji złożonej pierwotnie, jak i tej skorygowanej – na zasadzie ogólnej z art. 81 § 1 i 2 O.p.
Powyższe tezy charakteryzują się w odbiorze Sądu oczywistością.
Jedynie tytułem uzupełnienia, Sąd wskazuje, że stanowisko DIAS jest równoważne odmowie zastosowania zwolnienia dlatego, że Spółka pierwotnie działała w zaufaniu do interpretacji indywidualnej i rozliczyła zwolnienie nie według należnej jej stawki 20 zł, lecz 5zł/MWh. Jest to wynik nie do zaakceptowania.
Niesporne między stronami, a dla Sądu oczywiste, jest też to, że to okres, w którym wyprodukowano i wprowadzono do sieci elektroenergetycznej energię z odnawialnych źródeł energii, pozwala zidentyfikować właściwą dla tego okresu stawkę akcyzy na potrzeby zastosowania zwolnienia podatkowego (por. wyrok 7 sędziów z 22 września 2025 r., I FSK 1519/21, a także wyrok NSA z 11 grudnia 2024 r., I FSK 1594/21).
Dlatego rzeczywiście w kalkulacji zwolnienia w sprawie Spółki miała zastosowanie stawka 20zł/MWh.
W ocenie Sądu, zaskarżona decyzja i poprzedzająca ją decyzja NUS naruszają:
- - art. 30 ust. 1 i 2 u.p.a. przez niewłaściwe zastosowanie: bezpodstawną odmowę zastosowania tych przepisów;
- - art. 73 § 1 pkt 1 i art. 75 § 1 i 2 O.p. przez niewłaściwe zastosowanie: bezpodstawną odmowę zastosowania tych przepisów: uznanie, że w nadwyżka podatku akcyzowego wpłacona przez Spółkę w związku z zastosowaniem nieprawidłowej (niższej) stawki zwolnienia nie stanowi nadpłaty w podatku akcyzowym i nie może być przedmiotem wniosku o stwierdzenie nadpłaty.
Sąd uchylił zaskarżoną decyzję i poprzedzającą ją decyzję NUS na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. a) ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. - Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz.U. z 2026 r. poz. 143 ze zm.; "P.p.s.a."), odpowiednio samodzielnie i w związku z art. 135 P.p.s.a.
W ponownie prowadzonym postępowaniu podatkowym organ podatkowy stwierdzi nadpłatę w rozliczeniu podatkowym Spółki w zakresie podatku nienależnie zapłaconego za wskazane okresy rozliczeniowe.
Sąd zasądził na wniosek Skarżącej i na jej rzecz zwrot kosztów postępowania sądowego w kwocie 125 017 zł, na którą składały się: wartość wpisu wniesionego od skargi w wysokości 100 000 zł, koszty zastępstwa procesowego w wysokości 25 000 zł i opłata skarbowa od złożenia dokumentu pełnomocnictwa w wysokości 17 zł.