Uzasadnienie
Z okoliczności sprawy wynika, że istota zaistniałego między stronami sporu sprowadza się po pierwsze do interpretacji art. 19 ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym, zaś po drugie do zasadności stosowania postanowień art. 52 par. 1 pkt 2 w zw. z art. 53 par. 2 Ordynacji podatkowej do zwrotów bezpośrednich podatku VAT, które nastąpiły w okresie obowiązywania przepisów ustawy z dnia 18 grudnia 1980 r. o zobowiązaniach podatkowych. Przepis art. 19 ust. 1 ustawy o VAT przewiduje jako zasadę możliwość obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego przy nabyciu towarów i usług. Z kolei przepis art. 19 ust. 3 określa termin tego obniżenia, zaś przepis art. 19 ust. 3a wprowadza dodatkowy warunek skorzystania z tego uprawnienia, tj. otrzymanie przez nabywcę towaru lub wykonanie usługi.
Powyższe oznacza, że możliwość skorzystania przez podatnika z prawa do pomniejszenia własnego podatku należnego o kwotę podatku naliczonego przy nabyciu towarów i usług zależna jest od woli samego podatnika, który jednakże z prawa tego może skorzystać wyłącznie w ten sposób, iż dokona stosownego obniżenia podatku wyłożonej w odpowiednim czasie deklaracji podatkowej. Natomiast podatnik, który nie uczyni zadość powyższym ustawowo określonym wymaganiom prawnym traci prawo do skorzystania z obniżenia kwoty podatku należnego o podatek naliczony przy nabyciu towarów i usług. Przepis art. 19 ust. 3a ustawy o VAT nie wprowadza nowych terminów rozliczeń niż te przewidziane w art. 19 ust. 3, przewiduje zaś jedynie warunek w postaci wydania towaru lub wykonania usługi uzasadniający możliwość skorzystania z prawa przewidzianego w art. 19 ust. 1 ustawy o VAT.
W rozpoznawanej sprawie jest bezsporne, że podatnicy dokonali rozliczenia podatku naliczonego w deklaracjach złożonych po upływie terminu określonego w art. 19 ust. 3, a zatem mając na uwadze powyższe nie mogli skorzystać z prawa przewidzianego w art. 19 ust. 1, co oznacza, że zawyżyli kwoty podatku VAT do bezpośredniego zwrotu.
Już tylko z tej przyczyny i to niezależnie od okoliczności przewidzianych w par. 35 ust. 4 pkt 4 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 8 grudnia 1994 r. w sprawie wykonania przepisów ustawy o podatku od towarów i usług /Dz.U. nr 133 poz. 688 ze zm./ organy podatkowe miały uzasadnione podstawy do uznania, że nastąpiło zawyżenie kwoty dokonanego zwrotu podatku.
Sąd uznając, że decyzje organów podatkowych w części określającej kwotę zwrotu oraz wysokość nienależnie otrzymanego zwrotu odpowiadają prawu, na mocy art. 27 ust. 1 ustawy z dnia 11 maja 1995 r. o Naczelnym Sądzie Administracyjnym /Dz.U. nr 74 poz. 368 ze zm./ skargę w tej części jako nieuzasadnioną oddalił.
W pozostałym zakresie skargę należało uznać za uzasadnioną. Organy podatkowe określając w prawidłowej wysokości kwotę zwrotu oraz wysokość nienależnie otrzymanego zwrotu dokonały również ustalenia, że kwotę nienależnie otrzymanego zwrotu należy traktować na równi z zaległością podatkową i to od dnia jej otrzymania.
Powyższe ustalenia mające istotne znaczenie dla wyliczenia wysokości odsetek za zwłokę organy podatkowe oparły na unormowaniu art. 52 par. 1 pkt 2 Ordynacji podatkowej, zgodnie z którym na równi z zaległością podatkową traktuje się zwrot podatku. Doszło zatem do sytuacji, w której zastosowano przepisy Ordynacji podatkowej wstecz mimo braku szczególnego unormowania w tym zakresie. Naczelny Sąd Administracyjny w uzasadnieniu wyroku z dnia 5 maja 1999 r. SA/Sz 496/98 /nie publ./ na tle podobnego stanu faktycznego wyraził pogląd /podzielany przez obecny skład/, że "brak było na gruncie ustawy o zobowiązaniach podatkowych podstaw prawnych do uznania, że niesłusznie dokonany zwrot podatku od towarów i usług może być traktowany jako zaległość podatkowa, od której należy pobierać odsetki za zwłokę".
W okolicznościach niniejszej sprawy oznacza to, że niesłusznie dokonany zwrot podatku może być traktowany na równi z zaległością podatkową dopiero od dnia wejścia w życie przepisów Ordynacji podatkowej, tj. od dnia 1 stycznia 1998 r., nie zaś od dnia faktycznego zwrotu, jak niezasadnie przyjęły to organy podatkowe.