Uzasadnienie
Naczelny Sąd Administracyjny zważył:
Z powołanego w podstawie prawnej zaskarżonej decyzji art. 19 ust. 3 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 11 poz. 50 ze zm./ wynika, że podatnik swoje uprawnienie do odliczenia podatku naliczonego może zrealizować w określonym czasie. Nieskorzystanie z tego uprawnienia w tym czasie powoduje utratę prawa do odliczenia podatku w rozliczeniu za okres późniejszy. Nie oznacza to jednak, że nie może to nastąpić w ramach korekty deklaracji VAT-7 za okresy rozliczeniowe, w których to odliczenie mogło być dokonane w myśl przytoczonego przepisu. Korekta deklaracji VAT-7 może nastąpić do czasu, kiedy organ podatkowy określi zobowiązanie w podatku VAT za dany miesiąc w trybie art. 10 ust. 2 ustawy. Fakt, że organ podatkowy określa zobowiązanie w podatku od towarów i usług, nie oznacza, że podatnik na skutek okoliczności, które doprowadziły do wydania decyzji, traci prawo do odliczenia podatku naliczonego tylko dlatego, że decyzję wydano w terminie znacznie późniejszym niż miesiąc, którego dotyczy. W tej sytuacji mamy bowiem do czynienia z rozliczeniem za miesiąc, którego decyzja dotyczy, a nie w którym decyzja jest wydawana.
Podkreślenia wymaga fakt, że organy podatkowe nie stwierdziły żadnych naruszeń przez skarżącego obowiązków dotyczących prowadzenia ewidencji VAT, która jest podstawą sporządzenia deklaracji, i już w samej ewidencji jest zawarty akt woli podatnika, jak to określiły organy podatkowe, wyrażający zamiar skorzystania przez skarżącego z prawa do odliczenia podatku naliczonego.
Rzetelnie prowadzona ewidencja jest podstawą sporządzenia prawidłowej deklaracji, jest także, w przypadku skarżącego, podstawą do określenia zobowiązania w podatku od towarów i usług w formie decyzji.
Naruszenie przez podatnika określonego w art. 10 ust. 1 w związku z art. 26 ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym obowiązku składania deklaracji podatkowych nie powoduje utraty uprawnień do obniżenia podatku należnego, ponieważ żaden przepis ustawy nie przewiduje z tego powodu wyłączenia możliwości obniżenia podatku należnego o podatek naliczony. Utraty tego uprawnienia nie można upatrywać również w art. 19 ust. 3 ustawy; należy bowiem zauważyć, że przepis ten stanowi o rozliczeniu "za miesiąc", a nie "w miesiącu".
Prawo podatnika podatku od towarów i usług polegające na możliwości obniżenia podatku należnego o podatek naliczony stanowi istotę podatku od towarów i usług i fakt, że organ podatkowy dokonuje wymiaru zobowiązania podatkowego przez jego określenie w formie decyzji nie pozbawia podatnika jego uprawnień, jeżeli przepis wyraźnie tego nie stanowi.
Zaskarżona decyzja narusza prawo i z tej przyczyny, na podstawie art. 22 ust. 1 pkt 1 w związku z ust. 2 pkt 1 ustawy z dnia 11 maja 1995 r. o Naczelnym Sądzie Administracyjnym /Dz.U. nr 74 poz. 368 ze zm./ należało orzec o uchyleniu zaskarżonej decyzji.