Uzasadnienie
1. Wyrok Sądu pierwszej instancji
Wyrokiem z dnia 3 grudnia 2008r., sygn. akt III SA/Wa 1820/08, Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie oddalił skargi P. Sp. z o.o. z siedzibą w W. na decyzje Dyrektora Izby Celnej w W. z dnia 15 maja 2008 r.
- 2. Przedstawiony przez Sąd tok postępowania
- 2.1. Z akt sprawy wynika, że skarżąca w dniu 12 lutego 2001r., 14 marca 2001r., 15 stycznia 2001r., 17 stycznia 2001r. zgłosiła import leków wnosząc o objęcie ich procedurą dopuszczenia do obrotu na polskim obszarze celnym. Do przedmiotowych zgłoszeń celnych załączono faktury handlowe na importowany towar. Dyrektor Urzędu Celnego w W. przyjął te zgłoszenia celne jako odpowiadające wymogom formalnym, określonym w art. 64 § 1 i 2 ustawy z dnia 9 stycznia 1997 r. Kodeks celny (Dz. U. z 2001 r., Nr 75, poz. 802 z późn. zm.,), co z mocy prawa, spowodowało objęcie towaru procedurą celną z określeniem należności celnej, zgodnie z wnioskiem skarżącej.
W wyniku postimportowej weryfikacji zgłoszeń celnych ujawniono, że Spółka zawyżyła wartość celną leków, nie uwzględniając rabatów cenowych od tych leków, przyznawanych przez dostawcę, wobec czego Urząd Celny w W., decyzjami z dnia 26 kwietnia 2002 r. uznał przedmiotowe zgłoszenia celne za nieprawidłowe w części dotyczącej wartości celnej towaru oraz uiszczonego cła i podatku. Izba Celna [...] w W., po rozpatrzeniu odwołań Spółki, decyzjami z dnia 25 lutego 2003r. i 13 marca 2003 r. utrzymał w mocy zaskarżone decyzje Urzędu Celnego w W. Decyzje te Spółka zaskarżyła do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie, który wyrokami z dnia 2,9 i 10 września 2004r. oddalił skargi, a następnie Naczelny Sąd Administracyjny wyrokami z dnia 1 i 14 marca 2005r., dnia 11 kwietnia 2005r. i 16 maja 2005 r. oddalił skargi kasacyjne.
Postanowieniami Naczelnika Urzędu Celnego [...] w W. z dnia 25 września 2006 r. wszczęte zostały z urzędu postępowania podatkowe w celu zbadania prawidłowości zgłoszeń celnych w zakresie podstawy opodatkowania oraz kwoty należności podatkowych. Opisanymi na wstępie decyzjami Naczelnik Urzędu Celnego [...] w W. określił Spółce należny podatek od towarów i usług z tytułu opisanego importu towarów i w decyzjach tych określił niższe kwoty zobowiązań podatkowych w podatku od towarów i usług od kwot zadeklarowanych przez Spółkę w zgłoszeniach celnych.
- 2.2. Spółka wniosła odwołania do Dyrektora Izby Celnej w W., który to po rozpatrzeniu odwołań, decyzjami z dnia 15 maja 2008 r. utrzymał w mocy rozstrzygnięcia organu pierwszej instancji.
- 2.3. Na decyzje organu drugiej instancji Spółka wniosła skargi do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie, zarzucając naruszenie: - art. 120 O.p. poprzez wydanie decyzji bez podstawy prawnej; - art. 121 § 1 O.p. poprzez prowadzenie postępowania w sposób niebudzący zaufania do organów podatkowych; - art. 122 O.p. poprzez niepodjęcie przez organy podatkowe obu instancji wszelkich niezbędnych działań w celu dokładnego wyjaśnienia stanu faktycznego; - art. 125 § 1 i art. 139 § 3 O.p. poprzez niezastosowanie się do ich treści; - art. 187 § 1 O.p. poprzez nierozpatrzenie w sposób wyczerpujący całego materiału dowodowego oraz utrzymanie w mocy decyzji organu pierwszej instancji bez całościowego rozpatrzenia materiału dowodowego; - art. 229 O.p. poprzez wydanie decyzji bez przeprowadzenia dodatkowego postępowania w celu uzupełnienia dowodów i materiałów w sprawie lub zlecenia tego organowi pierwszej instancji; - art. 33 ust. 2 ustawy o VAT poprzez utrzymanie w mocy decyzji organu pierwszej instancji, w której organ nieprawidłowo określił kwotę należności z tytułu podatku od towarów i usług.
- 2.4. W odpowiedziach na skargi, Dyrektor Izby Celnej w W. wniósł o ich oddalenie.
- 2.5. W pismach procesowych z dnia 28 listopada 2008r. Spółka podtrzymała zarzuty zawarte w skardze, a także uzupełniła skargi w zakresie zarzutów dotyczących naruszenia przez Dyrektora Izby Celnej przepisu art. 208 w związku z art. 70 O.p. Podkreśliła, że w sprawach doszło do wydania decyzji przez organ drugiej instancji po upływie terminu przedawnienia.
- 2.6. Na rozprawie w dniu 3 grudnia 2008 r. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie na postawie art. 111 § 2 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. Nr 153, poz. 1270 ze zm.), w dalszej części uzasadnienia jako "p.p.s.a.", postanowił sprawy oznaczone sygn. akt III SA/Wa 1820/08, III SA/Wa 1821/08 i III SA/Wa 1822/08 oraz III SA/Wa 1823/08 połączyć do wspólnego rozpoznania i rozstrzygnięcia i prowadzić dalej pod sygn. akt III SA/Wa 1820/08.
- 3. Uzasadnienie rozstrzygnięcia Sądu pierwszej instancji
Wojewódzki Sąd Administracyjny skargi oddalił. Sąd pierwszej instancji wskazał, że w rozpoznawanych sprawach wszystkie cztery zgłoszenia celne zostały przyjęte w 2001 r., a zatem również obowiązek podatkowy w podatku od towarów i usług z tytułu importu towarów objętych tymi zgłoszeniami powstał odpowiednio w tym roku. Z tego względu do obowiązku tego miały zastosowanie przepisy obowiązującej wówczas ustawy o VAT z 1993 r. Organy obu instancji w decyzjach wskazały w sposób prawidłowy przepis art. 6 ust. 7 ustawy o VAT z 1993 r., jako przepis na podstawie którego w stosunku do skarżącej powstał obowiązek podatkowy w zakresie zobowiązań, których dotyczyły zaskarżone decyzje. Organy te wskazały również prawidłowo przepis art. 15 ust. 4 ustawy o VAT z 1993 r., określający sposób obliczenia (elementy składowe) podstawy opodatkowania przy imporcie towarów.
Przypomnieć należy, że w stosunku do skarżącej zostały wydane decyzje uznające wymienione na wstępie zgłoszenia celne za nieprawidłowe. W zakresie wartości celnej towarów objętych tymi zgłoszeniami organy celne stwierdziły, że Skarżąca wartość tę zawyżyła. Decyzje te stały się prawomocne (zostały poddane kontroli sądu administracyjnego). Zatem w sytuacji, gdy w obrocie prawnym funkcjonowały prawomocne decyzje organów celnych określające niższą od zadeklarowanej przy dopuszczeniu do obrotu wartość celną importowanych towarów, to organ podatkowy miał obowiązek na podstawie art. 15 ust. 4 ustawy o VAT z 1993 r. przyjąć tę wartość jako podstawę obliczenia podatku od towarów i usług z tytułu importu. W takim stanie rzeczy nie mógł odnieść oczekiwanego przez skarżącą skutku zarzut zawarty w skargach wniesionych do Sądu odnośnie wadliwego przyporządkowania, czy jak to określa spółka – alokacji, w postępowaniach celnych rabatu rocznego do zgłoszeń celnych z 2001 r. Okoliczności związane z przyporządkowaniem rabatów do zgłoszeń celnych były objęte – jak sama spółka zauważa - innymi postępowaniami.
W tamtych też postępowaniach zapadły stosowne decyzje określające wartość celną, które były poddane następnie kontroli sądu administracyjnego. Spółka nie zauważa, że wobec tego organy podatkowe nie były uprawnione do zajęcia w zaskarżonych decyzjach stanowiska dotyczącego spraw rozstrzygniętych już odrębnymi, ostatecznymi decyzjami. Organy te były związane rozstrzygnięciami, jakie zapadły w przedmiocie wartości celnej, stanowiącej element podstawy opodatkowania podatkiem od towarów i usług. Także Sąd nie był uprawniony w niniejszych sprawach uwzględnić zarzutów Spółki co do prawidłowości określenia wartości celnej towarów. Spółka wniosła skargi na decyzje w przedmiocie wysokości zobowiązania podatkowego, a zatem tylko te decyzje i poprzedzające ich wydanie postępowanie podatkowe, mogło być przedmiotem oceny Sądu w rozpatrywanych sprawach. Zgodnie zaś z art. 170 u.p.p.s.a. orzeczenie prawomocne wiąże nie tylko strony i sąd, który je wydał, lecz również inne sądy i inne organy państwowe, a w przypadkach w ustawie przewidzianych także inne osoby.Nie można było zatem również uznać za zasadny zarzutu skargi jakoby organ nie wyjaśnił dokładnie stanu faktycznego oraz nie uzupełnił i nie rozpatrzył całego materiału dowodowego (art. 122, art. 187 § 1 oraz art. 229 O.p.).
Sąd nie zgodził się z zarzutem podniesionym w skargach, że w zaskarżonych decyzjach został naruszony art. 33 ust. 2 ustawy o VAT z 2004 r. Obowiązek obliczenia kwot podatku w prawidłowej wysokości określony w tym przepisie nie jest równoznaczny z nałożeniem na organy celne obowiązku weryfikacji zgłoszenia celnego w momencie jego przyjmowania. Zgodnie z treścią art. 70 § 1 Kodeksu celnego, po przyjęciu zgłoszenia celnego, organ może przystąpić do jego weryfikacji. Jest to jego uprawnienie a nie obowiązek. Jeżeli organ celny dokonuje kontroli zgłoszenia po zwolnieniu towaru, jak to miał miejsce w niniejszej sprawie i uznaje zwolnienie za nieprawidłowe w trybie art. 65 § 4 Kodeksu celnego, wówczas zgodnie z art. 33 ust. 2 ustawy VAT z 2004 r. właściwy dla podatnika organ podatkowy wydaje decyzję określającą podatek w prawidłowej wysokości.
Zatem określone w ten sposób zobowiązanie podatkowe powstało z mocy prawa. Dlatego powyższy zarzut był bezzasadny. Tym samym niezasadne były też związane z nim zarzuty naruszenia art. 120 O.p. i 121 § 1 O.p.
Tak samo Sąd ocenił podniesiony w skardze, zarzut naruszenia art. 139 § 3 i art. 125 § 1 O.p. Istotnie, decyzje organu odwoławczego zostały wydane z przekroczeniem terminu do załatwienia sprawy, jednakże uchybienie to nie mało wpływu na wynik sprawy.
Sąd odnosząc się do zarzutu naruszenia art. 70 § 1 O.p. mając, w szczególności, na uwadze uchwały Naczelnego Sądu Administracyjnego: z dnia 6 października 2003 r., sygn. akt FPS 8/03; z dnia 8 października 2007 r., sygn. akt FPS 4/07, stwierdził, że skoro zapłata podatku na podstawie nieostatecznej decyzji powoduje wygaśnięcie zobowiązania podatkowego, to z całą pewnością, dobrowolne spełnienie tegoż zobowiązania w podatku samoobliczalnym wywołuje taki właśnie skutek. W rozpoznanych sprawach Skarżąca zadeklarowała i wpłaciła zawyżone podatki, a zaskarżone decyzje określiły te podatki w prawidłowej, niższej wysokości, a więc decyzje organu odwoławczego nie pogorszyły sytuacji prawnej Skarżącej Spółki. Fakt zapłaty zadeklarowanego zawyżonego podatku nie był przez stronę w jakikolwiek sposób kwestionowany. Sąd, stwierdził, że w powyższym stanie faktycznym możliwe było określenie Skarżącej Spółce przez organ odwoławczy, zobowiązań podatkowych mimo, że upłynął termin określony w art. 70 § 1 O.p. i tym samym nie było też podstaw do umorzenia postępowań w sprawach jako bezprzedmiotowych, a zatem nie doszło również do naruszenia art. 208 § 1 O.p.
- 4. Skarga kasacyjna
- 4.1. W skardze kasacyjnej, sporządzonej przez pełnomocnika spółki, zarzucono naruszenie przepisów:
- 1. prawa materialnego, tj. art. 70 § 1 w zw. z art. 59 § 1 w zw. z art. 208 O.p. poprzez ich błędną wykładnię, a w konsekwencji również niewłaściwe zastosowanie, polegającą na przyjęciu, iż w przypadku zapłaty kwoty podatku od towarów i usług podlegającej samoobliczeniu nie biegnie termin przedawnienia i organy podatkowe uprawnione są do bezterminowego weryfikowania wysokości zobowiązania podatkowego;
- 2. przepisów postępowania, które to naruszenia przepisów postępowania miały istotny wpływ na wynik sprawy, tj.:
- - art. 134 § 1, art. 141 § 4 oraz art. 145 § 1 ust. 1 lit. c) u.p.p.s.a. poprzez utrzymanie przez WSA rozstrzygnięcia wydanego przez Dyrektora Izby Celnej z naruszeniem art. 208 w zw. z art. 70 § 1 O.p., tj. rozstrzygnięcia wydanego w stosunku do przedawnionego zobowiązania podatkowego;
- - art. 134 § 1, art. 141 § 4 oraz art. 145 § 1 ust. 1 lit. c) u.p.p.s.a. poprzez nierozpatrzenie przez WSA sprawy w jej granicach oraz nieuchylenie decyzji organów celnych na podstawie zebranego materiału w sprawie, co doprowadziło do legalizacji prowadzenia przez organy celne postępowania wbrew art. 120, art. 121 § 1, art. 122, art. 187 § 1 O.p. oraz utrzymania w mocy decyzji naruszających normę art. 33 ust. 2 ustawy VAT, w których organy podatkowe nieprawidłowo określiły kwotę należności z tytułu podatku od towarów i usług.
- 4.2. Wskazując na powyższe podstawy wniesiono o uchylenie wyroku na podstawie art. 185 § 1 u.p.p.s.a. w całości i przekazanie sprawy do ponownego rozpatrzenia przez Sąd pierwszej instancji; zasądzenie od strony przeciwnej kosztów postępowania wraz z kosztami zastępstwa procesowego według norm przepisanych.
- 5. Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje:
Skarga kasacyjna zasługiwała na uwzględnienie.
5.1. W myśl art. 183 § 1 u.p.p.s.a. Naczelny Sąd Administracyjny rozpoznaje sprawę w granicach skargi kasacyjnej, z urzędu zaś bierze pod rozwagę jedynie nieważność postępowania. Z akt sprawy nie wynika, by zaskarżone orzeczenie zostało wydane w warunkach nieważności, której przesłanki określa art. 183 § 2 ww. ustawy, zatem rozważania Naczelnego Sądu Administracyjnego mogły uwzględniać jedynie ewentualne naruszenie wskazanych w skardze kasacyjnej przepisów prawa materialnego i procesowego.
5.2. Odnosząc się do postawionych w skardze kasacyjnej zarzutów należy w pierwszej kolejności zauważyć, że spór jaki powstał na etapie postępowania przed Sądem pierwszej instancji, był analogiczny do tego, który został już rozstrzygnięty przez Naczelny Sąd Administracyjny. W wyroku siedmiu sędziów Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 28 czerwca 2010 r., w sprawie o sygn. akt I FPS 5/09, orzeczono m.in., że w sytuacji, gdy zobowiązanie podatkowe w podatku od towarów i usług wygasło wskutek zapłaty (art. 59 § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej), nie można po upływie terminu przedawnienia określonego w art. 70 § 1 O.p., wbrew interesowi prawnemu podatnika, orzekać o wysokości tego zobowiązania podatkowego.
W uzasadnieniu tego stanowiska Sąd ten stwierdził, że nie może budzić żadnych wątpliwości to, że po upływie terminu przedawnienia określonego w art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej, w sytuacji gdy zobowiązanie podatkowe wcześniej nie wygasło na skutek jego zapłaty, niedopuszczalne jest wydawanie decyzji określającej zobowiązanie podatkowe (por. wyroki Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 6 listopada 2003 r., III SA 3066/01, Mon. Podat. 2004, nr 3, s. 42; z dnia 14 maja 2003 r., SA/Rz 1153/01, POP 204, nr 4, poz. 80; z dnia 7 maja 2003r., I SA/Wr 2282/00, PP 2003, nr 10, s. 63).
W związku z powyższym nie można przyjąć, że wpłata podatku stwarza taki stan prawny, iż organ podatkowy nabywa prawo do wydawania decyzji bez żadnych ograniczeń czasowych. Okoliczność, że podatnik wpłacił podatek, nie może w tak znaczący sposób pogorszyć sytuacji prawnej tego podmiotu w porównaniu z podatnikiem, który nie zrealizował swojego obowiązku podatkowego. Wykładnia przepisu art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej nie może dyskryminować podatnika, który wywiązuje się ze swoich obowiązków uiszczając daninę publicznoprawną, a preferować tych podatników, którzy tych obowiązków nie realizują. Sprzeciwia się temu zasada równości, wyrażona w art. 32 ust. 1 Konstytucji. Zgodnie z tym unormowaniem wszyscy są wobec prawa równi. Wszyscy mają prawo do równego traktowania przez władze publiczne.
W związku z tym przyjęcie w ramach wykładni prawa różnicowania skutków upływu terminu z art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej w zależności od tego, czy podatnik wpłacił podatek, bądź też tego nie uczynił, prowadziłoby do wykładni sprzecznej z Konstytucją, a głównie z zasadą demokratycznego państwa prawa i wynikającą z niej zasadą równości i sprawiedliwości.
Stanowisko to nie pozostaje przy tym w sprzeczności w pełni akceptowanym przez Sąd stanowiskiem judykatury, że zaistnienie jednego ze zdarzeń przewidzianych w art. 59 § 1 pkt 1 – 9 Ordynacji podatkowej wyklucza możliwość wygaśnięcia zobowiązania podatkowego z pozostałych przyczyn. Nie może bowiem ponownie wygasnąć zobowiązanie podatkowe, które już nie istnieje (por. wyrok Sądu Najwyższego z dnia 21 maja 2003 r., III RN 76/01, OSNP 2003, nr 7, poz. 162, uchwała NSA z dnia 6 października 2003 r., FPS 8/03, ONSA iWSA 2004, nr 1, poz. 7, wyrok NSA z dnia 28 czerwca 2004 r., FSK 200/04, ONSAiWSA 2005, nr 1, poz. 4, wyrok NSA z dnia 12 kwietnia 2006 r., FSK 2365/04, wyrok WSA w Warszawie z dnia 27 lutego 2008 r., III SA/Wa 2208/07, Lex nr 463325, wyrok WSA w Warszawie z dnia 26 listopada 2008 r., III SA/Wa 1347/08, Lex nr 515925, wyrok WSA w Warszawie z dnia 18 lutego 2009 r., III SA/Wa 2953/08, Lex nr 519926, wyrok WSA w Gliwicach z dnia 15 czerwca 2009 r., III SA/GL 1452/08, Lex nr 527418). Jednakże stanowisko to dotyczy skutków materialnoprawnych upływu terminu przedawnienia, nie odnosi się natomiast do jego skutków procesowych.
Podatnik w procesie samoobliczenia swojego zobowiązania podatkowego z różnych względów może zadeklarować i w konsekwencji wpłacić podatek w innej wysokości niż faktycznie istniejące, powstałe z mocy prawa zobowiązanie podatkowe. W związku z tym zobowiązanie podatkowe, stosownie do treści art. 59 § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej wygaśnie w całości tylko wówczas, gdy podatnik wpłaci podatek w takiej samej lub w wyższej kwocie niż wynikający z zobowiązania podatkowego powstałego z mocy prawa. W takiej sytuacji zobowiązanie podatkowe przestaje istnieć. Termin przedawnienia zobowiązania podatkowego nie biegnie dalej. Odmienna sytuacja zachodzi, gdy podatnik wpłaca kwotę podatku mniejszą niż rzeczywista wysokość zobowiązania podatkowego. W takiej sytuacji następuje wygaśnięcie zobowiązania podatkowego w części.
Natomiast w pozostałym zakresie zobowiązanie nadal istnieje. Dalej biegnie termin przedawnienia w stosunku do pozostałej części zobowiązania podatkowego. Zobowiązanie podatkowe w podatku od towarów i usług powstaje z mocy prawa i rzeczywista jego wielkość nie jest pewna. W związku z tym nie wiadomo, czy zobowiązanie podatkowe wygasło w całości lub w części, a zatem, czy istnieje zobowiązanie podatkowe w pewnym zakresie. Dlatego też organ podatkowy jest uprawniony do weryfikacji samoobliczenia podatnika. Sytuacja zmienia się po upływie terminu określonego w art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej albowiem nie ma już żadnych wątpliwości, iż zobowiązanie wygasło w całości. Nawet bowiem, gdy zapłacony podatek był w niższej wysokości niż wynikający z mocy prawa, a zatem nastąpiło wygaśnięcie zobowiązania podatkowego w części (art. 59 § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej), to w pozostałej istniejącej części wygasł na skutek przedawnienia.
Z momentem upływu terminu przedawnienia nikt nie ma wątpliwości, że zobowiązanie podatkowego w podatku od towarów i usług wygasło w całości. Zatem nie istnieje już stosunek prawny. Nie ma zatem konieczności weryfikowania treści zobowiązania podatkowego. Skarb Państwa nie ma już żadnego interesu prawnego we wszczynaniu i prowadzeniu takiego postępowania, które z punktu widzenia interesów budżetowych państwa może tylko generować koszty, bez perspektyw wpływu środków. Zasada efektywności działania organów administracji publicznej sprzeciwia się prowadzeniu takich postępowań. Wprawdzie Ordynacji podatkowej nie wprowadza pojęcia "interesu prawnego", jako elementu koniecznego do prowadzenia postępowania podatkowego, to jednak nie można abstrahować od celowości i efektywności działań organów administracji publicznej.
Sąd następnie zwrócił uwagę na funkcję gwarancyjną instytucji przedawnienia dla podatnika. Na skutek upływu terminu przedawnienia następuje stabilizacja sytuacji prawnej podatnika. Nabywa on pewność, że jego stosunek zobowiązaniowy w sferze publicznoprawnej nie ulegnie już zmianie. Z drugiej strony organy administracji publicznej, które w okresie biegu terminu przedawnienia nie podjęły stosownych działań prawnych, pozbawione są możliwości ingerencji w prawa i obowiązku podatnika. Następuje więc po obu stronach, nieistniejącego już zobowiązania podatkowego, stan pewności w zakresie wzajemnych zobowiązań i uprawnień. Instytucja przedawnienia, znana jest w niemal wszystkich gałęziach prawa, zarówno w tych zaliczanych do prawa publicznego jak i prywatnego. Pełni ona wszędzie zbliżoną rolę. Przy czym bardzo istotne znaczenie w prawie podatkowym wiążę się z brakiem równości stron stosunku prawnego w tej dziedzinie prawa, a także z możliwością dużej ingerencji organów administracji publicznej w prawa podatnika.
Ponadto przedawnienie, które jak stwierdzono pełni funkcje gwarancyjne i stabilizacyjne, we wszystkich gałęziach prawa jest instytucją zastrzeżoną na rzecz dłużnika. Szczególnie jest to istotne w prawie podatkowym. Oznacza to, że podatnik może powoływać się na dobrodziejstwa płynące z instytucji przedawnienia. Takiego uprawnienia zaś nie posiada opieszały organ podatkowy, który nie może czerpać korzyści z faktu, że w terminie przedawnienia nie zdołał wydać ostatecznej decyzji określającej zobowiązanie podatkowe.
- 5.3. Naczelny Sąd Administracyjny w niniejszej sprawie w pełni podziela poglądy wyrażone w powyższym wyroku (7) NSA z dnia 28 czerwca 2010 r.
Stanowisko tego Sądu wspiera dodatkowo treść art. 208 § 1 O.p., w brzmieniu obowiązującym od 1 września 2005 r., zgodnie z którym gdy postępowanie z jakiejkolwiek przyczyny stało się bezprzedmiotowe, w szczególności w razie przedawnienia zobowiązania podatkowego, organ podatkowy wydaje decyzję o umorzeniu postępowania. Przepis ten w sposób jednoznaczny określa procesowy skutek upływu terminu przedawnienia, który wymaga od organu pierwszej instancji lub organu odwoławczego umorzenia postępowania w przypadku, gdy organ ten nie zdążył orzec przed upływem przedawnienia określonego zobowiązania podatkowego – niezależnie od tego, czy nastąpiło to po zapłacie lub przed zapłatą podatku.
Określony w tym przepisie upływ terminu przedawnienia stanowi ujemną przesłankę procesową do orzekania przez organ podatkowy co do przedawnionego zobowiązania podatkowego, gdy skutkuje bezprzedmiotowością postępowania.
Wyjątek w tym zakresie musi być określony jednoznacznie w ustawie, jak to ma miejsce np. w przypadku instytucji zwrotu nadpłaty, określonej w art. 79 O.p., gdzie w § 2 stwierdzono, że prawo do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty wygasa po upływie terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego. A contrario wynika z tego, że w przypadku wniosku o nadpłatę złożonego przed upływem terminu przedawnienia, należy orzec również po jego upływie, gdyż postępowanie w takim przypadku nie staje się bezprzedmiotowe w rozumieniu art. 208 § 1 O.p.
Podkreśla to dodatkowo pogląd, że termin przedawnienia jest zastrzeżony dla podatników, których roszczenia, wynikające z ich interesu prawnego – o ile zostaną zgłoszone przed upływem terminu przedawnienia – powinny zostać rozpatrzone nawet po jego upływie.
Oznacza to jednak, że nieuzasadniony jest stanowisko organów podatkowych, że po upływie okresu przedawnienia, organ – wbrew interesowi prawnemu podatnika - można kształtować wielkość przedawnionego zobowiązania podatkowego "na jego korzyść", określając go w niższej wysokości niż kwota przez niego zapłacona. Sytuacja taka, w świetle ujemnej przesłanki procesowej określonej w art. 208 § 1 O.p. jest niedopuszczalna, chyba że postępowanie podatkowe mimo upływu terminu przedawnienia nie staje się bezprzedmiotowe, co może wynikać tylko z jednoznacznego przepisu ustawowego, wymagającego kontynuacji postępowania wszczętego z inicjatywy podatnika przed upływem tego terminu.
Nie ma przy tym znaczenia, że termin przedawnienia upłynie po wydaniu decyzji przez organ pierwszej instancji, a przed orzeczeniem organu odwoławczego, gdyż postępowanie organu odwoławczego, którego celem jest również wydanie rozstrzygnięcia merytorycznego w sprawie, podobnie jak postępowanie organu pierwszej instancji, z uwagi na zaistniałą bezprzedmiotowość postępowania spowodowaną przedawnieniem zobowiązania podatkowego - powinno w takiej sytuacji zostać umorzone (art. 208 § 1 O.p.).
5.4. Z uwagi na powyższe, stwierdzić należało naruszenie przez organ odwoławczy art. 208 § 1 w zw. z art. 70 § 1 O.p. Orzekanie w sprawie, w której zachodziła ujemna przesłanka procesowa jaką jest przedawnienie zobowiązania skutkujące bezprzedmiotowością postępowania – stanowi o rażącym naruszeniu prawa w ujęciu art. 247 § 1 pkt 3 O.p.
Odnośnie pozostałych zarzutów skargi kasacyjnej, w sytuacji uwzględnienia zarzutu naruszenia art. 70 § 1 O.p. w zw. z art. 208 § 1 O.p. stwierdzić należy ich bezprzedmiotowość, skoro organ odwoławczy w ogóle nie powinien orzekać co do istoty w niniejszej sprawie.
5.5. Z tych powodów, na podstawie art. 185 § 1 u.p.p.s.a., Naczelny Sąd Administracyjny uchylił zaskarżony wyrok i przekazał sprawę Sądowi pierwszej instancji do ponownego rozpoznania. O kosztach postępowania kasacyjnego orzeczono na podstawie art. 203 pkt 1 u.p.p.s.a.