Wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Poznaniuz 16 września 2026 r., sygn. akt I SA/Po 930/26

Uzasadnienie

U Z A S A D N I E N I E. Decyzją z dnia 28.11.2025r. o nr [...] Naczelnik Urzędu Skarbowego w P. wydał decyzję wobec "T. P.." sp. z o.o. w podatku od towarów i usług:

1. - określającą zobowiązanie podatkowe za grudzień 2022 roku w wysokości 65.527,00 zł oraz
2. - ustalającą kwotę dodatkowego zobowiązania podatkowego za grudzień 2022 roku w wysokości 3.424,00 zł (stanowiącą 10% kwoty zaniżenia zobowiązania podatkowego za grudzień 2022 roku).

W toku postępowania ustalono nast. stan faktyczny.

Postanowieniem z 26.10.2023 r. o nr [...] Naczelnik Urzędu Skarbowego w P., wszczął z urzędu wobec spółki T. P. postępowanie podatkowe, w zakresie podatku od towarów i usług za grudzień 2022 roku. Podstawą wszczęcia tego postępowania były prowadzone czynności sprawdzające w Spółce w zakresie podatku od towarów i usług za grudzień 2022 roku i brak korekty podatku naliczonego, tytułem niezrealizowanych dostaw towarów przez [...] w P. (zwana także: uczelnia). Organ I instancji w trakcie prowadzonego postępowania podatkowego sporządził 3 protokoły badania ksiąg podatkowych, w tym z dnia 10.10.2024 r., w którym stwierdził, że w grudniu 2022 roku w rejestrze zakupów VAT spółka T. P.:

1. - w pozycji [...], błędnie zaewidencjonowała fakturę VAT korektę "in minus" nr [...] z 29.12.2022 r., tj. zaniżyła wartość netto o -174.028,86 zł i podatek VAT naliczony -8.701,44 zł,
2. - nie zaewidencjonowała faktur VAT korygujących "in minus":nr [...] z 29.12.2012r. wartość netto: 498.000,00 zł i podatek VAT -24.900,00 zł,nr [...] z 29.12.2012 r. wartość netto: 510.720,00 zł i podatek VAT -25.536,00 zł, co skutkowalo naruszeniem m. in. przepisu art. 109 ust. 3 ustawy o VAT.

Spółka, nie zgadzając się z powyższym, wniosła zastrzeżenia do protokołu badania ksiąg podatkowych. Wskazała w nich m.in., że organ pominął informację zawartą w piśmie Strony z 20.06.2023 r., zgodnie z którą odsetki od zobowiązania głównego naliczone na dzień 22.12.2022 r. wyniosły 1.689.927,81 zł. Ponadto T. P. podniosła, że Naczelnik US pozbawia ją możliwości zaksięgowania faktury korygującej do wysokości faktycznie zwróconej kwoty, a nie do wysokości wynikającej z wystawionego dokumentu. W ocenie Spółki podstawą korekty jest zapłata należności głównej, a ta nie nastąpiła w pełnej kwocie.

Protokół badania ksiąg podatkowych z 11.04.2025 r., w którym organ stwierdził, że w grudniu 2022 roku w rejestrze zakupów VAT spółka T. P. winna była umniejszyć wartość netto zakupów towarów i usług o łączną kwotę: 1.996.320,00 zł, wartość podatku naliczonego z tytułu zakupów towarów i usług o łączną kwotę: 99.816,00 zł.

Nieprawidłowość ta wpłynęła na zawyżenie wartości netto zakupów VAT o kwotę:1.996.320,00 zł, wartości podatku naliczonego o łączną kwotę: 99.816,00 zł.

Organ wskazał, że spółka T. P. zaewidencjonowała w ewidencji zakupów VAT za grudzień 2022 dwie faktury korygujące "in minus", tj: w poz. [...] rejestru - nr [...] z 29.12.2022 r., wartość netto -498.000,00 zł i podatek naliczony -24.900,00 zł, w poz. [...] rejestru - nr [...] z 29.12.2022 r., wartość netto -315.571,14 zł i podatek naliczony -15.778,56, ale w nieprawidłowych wartościach.

Z uwagi na powyższe organ uznał, że Spółka częściowo skorygowała podatek naliczony, tytułem niezrealizowanych dostaw towarów i ostatecznie zawyżyła wartość netto zakupów VAT o kwotę: 1.182.748,86 zł, wartość podatku naliczonego o łączną kwotę: 59.137,44 zł.

Nieprawidłowość ta spowodowała naruszenie przepisu art. 109 ust. 3 ustawy o VAT.

Spółka, nie zgadzając się z powyższymi ustaleniami, wniosła zastrzeżenia do protokołu badania ksiąg podatkowych. Wskazała w nich w szczególności, że wbrew twierdzeniom organu, kontrahent uczelnia [...] - zgodnie z opisami zawartymi w tytułach przelewów - nie uregulowała w całości należności głównej ani nie dokonała pełnego zwrotu zaliczek. W ocenie Spółki oznacza to, że brak było podstaw do wystawienia faktur korygujących na pełną kwotę zaliczek.

W protokole badania ksiąg podatkowych z 5.08.2025 r. organ stwierdził, że ewidencja zakupów VAT za grudzień 2022 roku jest nierzetelna w zakresie braku zapisu umniejszającego wartość netto zakupów towarów i usług o łączną kwotę: 684.748,86 zł, wartość podatku naliczonego o łączną kwotę: 34.237,44 zł na skutek niezrealizowanych dostaw towarów, wynikających z umowy z 5.06.2016 r. Organ I instancji wskazał, że protokół ten sporządzony jest z uwzględnieniem zastrzeżeń wniesionych przez spółkę T. P. do wcześniej sporządzonych protokołów badania ksiąg, tj. z 10.10.2024 r. i z 11.04.2025 r.

Do protokołu badania ksiąg z 5.08.2025 r. Spółka już nie wniosła zastrzeżeń.

Naczelnik ustalenia faktyczne oparł na materiale dowodowym z prowadzonych czynności sprawdzających włączonym do akt postępowania na podst. postanowienia z dnia 6 grudnia 2023 r. tj:

1. - piśmie "T. P.." sp. z o. o. z 16.06.2023 r., przesłanym w odpowiedzi na wezwanie z 31.05.2023 r. nr [...], skierowane do Prezesa Zarządu "T. P. " sp. z o. o. do złożenia wyjaśnień lub korekty pliku [...] za grudzień 2022 r.
2. - postanowieniu Sądu Rejonowego P. XI Wydział Gospodarczy do Spraw Upadłościowych i Restrukturyzacyjnych: z 7.07.2022 r. sygn. akt XI Grk 3/22,26.X.2022 r. sygn. akt XI Grez 5/22 i z 18.11.2022 r. sygn. akt XI GRS 9/20
3. - fakturze sprzedaży zaliczkowej: [...] z 5.06.2017 r., [...] z 5.06.2017 r., [...] z 6.06.2017 r., [...] z 6.06.2017 r.,
4. - fakturze korekty sprzedaży zaliczkowej: [...] z 29.12.2022 r., [...] z 29.12.2022 r., [...] z 29.12.2022 r., [...] z 29.12.2022 r.,
5. - umowie sprzedaży z 5.06.2017 r. -informacji z wyciągu bankowego za okres od 31.05.2017 r. do 30.06.2017 r. uczelnia [...],
6. - piśmie spółki T. P.. z 21.11.2022 r., skierowane do uczelnia [...] w P.,
7. - pobranych plikach [...] za czerwiec 2017 roku oraz plikach [...] za grudzień 2022 roku spółki T. P.
8. - oryginałach faktur zakupu i sprzedaży spółki T. P.., przedłożonych w trakcie postępowania podatkowego do protokołu z 20.12.2023 r. nr [...],
9. - wyjaśnieniach spółki T. P.. z 8.01.2024 r. wraz z załączonymi dokumentami, w odpowiedzi na wezwanie z 26.01.2024 r. nr [...],
10. - wyjaśnieniach zarządcy J. K. w imieniu uczelni [...], w odpowiedzi na wezwania z 28.02.2024 r. i 11.06.2024 r.,
11. - adnotacji z 10.09.2024 r. z przeglądania w Sądzie Rejonowym P. akt postępowania sanacyjnego uczelnii [...], w oparciu o wyrażoną zgodę przez Sąd na wgląd do akt (pismo z 19.08.2024 r. sygn. akt: XI Grs 9/20/ŁL, XI Grk 3/22/ŁL),
12. - protokole z 28.06.2024 r. nr [...] z przeglądania akt postępowania przez Stronę, tj. Pana A. M.,
13. - uzupełnionym materiale dowodowym, wskutek złożonych zastrzeżeń przez spółkę T. P.. do protokołu badania ksiąg podatkowych z 10.10.2024 r. nr [...], włączony do akt sprawy postanowieniami z 6.12.2024 r. i 14.03.2025 r. nr [...], tj.:
14. - pismem z 19.07.2023 r. - wyjaśnienia Spółki do korekty deklaracji VAT-7 za grudzień 2022 roku,
15. - pismem z 18.01.2024 r. nr [...] - odpowiedź na pismo Spółki z 19.07.2023 r. wraz z potwierdzeniem odbioru,
16. - scanem dokumentu, związanego ze zgłoszeniem wierzytelności spółki T. P.. i podpisanego przez dłużnika (Kanclerz uczelni [...]),
17. - adnotacji z 7.03.2025 r. z ponownego przeglądania w Sądzie Rejonowym P. akt postępowania sanacyjnego uczelni [...] w [...]
18. - uzupełnionym materiale dowodowym, wskutek złożonych zastrzeżeń przez spółkę T. P..
19. - raportach dotyczących faktur zakupu od uczelni [...], rozliczonych przez spółkę T. P.. w okresie od czerwca 2017 roku do kwietnia 2023 roku,
20. - raportach dotyczących faktur sprzedaży, wystawionych przez uczelnie [...] na rzecz spółki T. P.. i rozliczonych przez uczelnie [...] w okresie od czerwca 2017 roku do kwietnia 2023 roku,
21. - adnotacji służbowej z 2.06.2025 r., spisanej na okoliczność wizyty w Urzędzie Skarbowym A. M., Wiceprezesa Zarządu spółki T. P..,
22. - dokumentach spółki T. P..: postanowieniu z 14.02.2018 r. sygn. akt. II Co 526/18 Sądu Rejonowego P. Wydział II Cywilny o przekazaniu sprawy Sądowi Rejonowemu P., z wniosku wierzyciela spółki T. P.. przeciwko dłużnikowi uczelni [...] o nadanie klauzuli wykonalności aktowi notarialnemu z 8.06.2017 r. i wydanie dalszych tytułów wykonawczych, piśmie z 12.02.2018 r. Spółki, stanowiące wezwanie do uczelni [...] o zwrot uiszczonej ceny i wystawienie pozostałych trzech faktur korygujących,piśmie z 7.06.2018 r. spółki T. P.., stanowiącym kolejne wezwanie do uczelni [...] o zrealizowanie dostaw towaru z umowy, piśmie z 3.07.2018 r. uczelnia [...], skierowanym do spółki T. P.., dotyczącym wyjaśnienia kwestii zaprzestania spłacania odsetek od udzielonej zaliczki wpłaconej tytułem umowy z 5.06.2017 r., zadeklarowania chęci wywiązania się z ciążącego na uczelni [...] obowiązku spłaty wszelkich odsetek i kwoty głównej, podjęcia rozmów w sprawie sprzedaży nieruchomości należących do uczelni, w celu zaspokojenia zobowiązań wobec wierzyciela, historii transakcji z rachunku Spółki za okres od 1.09.2017 r. do 2.06.2019 r. (3 operacji), potwierdzenie płatności odsetek przez uczelnie [...].

Naczelnik dokonał weryfikacji zadeklarowanych przez spółkę T. P.. kwot podatku naliczonego w oparciu o dostarczoną przez Podatnika ewidencję zakupu VAT, faktury zakupu VAT oraz złożoną korektę deklaracji podatkowej dla podatku od towarów i usług N/AT-7 za grudzień 2022 rok. Organ po rozpatrzeniu materiału dowodowego stwierdził nieprawidłowości w zakresie braku korekty podatku naliczonego, odliczonego tytułem wpłaconych zaliczek, na poczet niezrealizowanych dostaw towarów przez uczelnie [...], wynikających z umowy zawartej 5.06.2017 r. Jak wynikało z oświadczenia Wiceprezesa Zarządu spółki T. P. A. M. z 28.06.2024 r. przedłożona umowa zawiera błędną datę jej zawarcia, tj. 5.06.2016 r., a nie 5.06.2017 r. Fakt ten potwierdzają inne dokumenty, sporządzone w związku z tą umową. Z treści powyższej umowy wynika, że sprzedający (uczelnia [...]) oświadczył, iż zobowiązuje się sprzedać a kupujący (T. P.. sp. z o.o.) zobowiązuje się kupić od sprzedającego towar w postaci:

8.300 sztuk 15 opakowań oleju [...] 1L o wartości 522.900,00 zł brutto, -16.600 sztuk 12 opakowań mleka 1,51 o wartości 522.900,00 zł brutto, 1.920 sztuk 12 opakowań masła klarowanego 500g o wartości 241.920,00 zł brutto, 2.160 sztuk 12 opakowań margaryny [...] 400 g o wartości 272.160,00 zł brutto, 1.330 sztuk 16 opakowań miodu lipowego 400g o wartości 178.752,00 zł brutto,

1. - 1.330 sztuk 16 opakowań miodu akacjowego 400g o wartości 178.752,00 zł brutto, -1.330 sztuk 16 opakowań miodu naturalno spadziowego 400g o wartości 178.752,00 zł brutto, łącznej wartości 2.096.136,00 zł brutto. Ponadto sprzedający oświadczył, że dostarczy kupującemu wyżej opisany towar najpóźniej do dnia 23.10.2017 r., a w sytuacji gdy sprzedający nie dostarczy towaru kupującemu do dnia 23.10.2017 r. sprzedający zapłaci na rzecz kupującego kwotę 2.096.136,00 zł wraz z odsetkami maksymalnymi liczonymi od dnia 7.06.2017 r. do dnia zapłaty.

Ze zgromadzonego przez organ I instancji materiału dowodowego wynika, że spółka T. P.. i Uczelnia [...] zawarły 5.06.2017 r. umowę kupna-sprzedaży towarów, do realizacji, której ostatecznie nie doszło (towar nigdy nie został sprzedany Stronie); się z umowy zostało zabezpieczone hipotekami na nieruchomościach. Na poczet dostaw towarów spółka T. P. w czerwcu 2017 roku wpłaciła zaliczki na łączną kwotę brutto: 2.096.136,00 zł, które to wpłaty udokumentowano fakturami VAT: [...] z 5.06.2017 r., [...] z 5.06.2017 r., [...] z 6.06.2017 r., [...] z 6.06.2017 r. Faktury te stanowiły podstawę dla spółki T. P.. do odliczenia podatku naliczonego w rozliczeniu za czerwiec 2017 roku w łącznej kwocie 99.816,00 zł. W grudniu 2017 roku uczelnia [...] wystawiła jedną fakturę korektę nr [...] z 29.12.2017 r., którą spółka T. P.. przyjęła i terminowo rozliczyła w pliku JPK_VAT za styczeń 2018 roku. Pierwsze umowne odsetki, z tytułu niewywiązania się z umowy zawartej 5.06.2017 r. Uczelnia [...] wypłaciła Spółce 14.11.2017 r. w kwocie 20.000 zł, kolejne 27.11.2017 r. w kwocie 5.000 zł,9.03.2018 r. w kwocie 3.000 zł;

Strona w lutym 2018 r. złożyła wniosek do Sądu Rejonowego P. o nadanie klauzuli wykonalności aktowi notarialnemu z 8.06.2017r., który obejmował oświadczenie dłużnika o poddaniu się egzekucji na podstawie art. 777 § 1 pkt 5 K.p.c. w przypadku niewykonania umowy sprzedaży z 5.06.2017 r.;

Spółka T. P.., w związku z brakiem realizacji dostaw towarów, określonych w umowie z 5.06.2017 r. na poczet, których zapłaciła zaliczki w łącznej kwocie brutto 2.096 136,00 zł, w piśmie z 12.02.2018 r. zobowiązała uczelnie [...] do zwrotu na jej rzecz wpłaconych zaliczek i wystawienia w terminie 3 dni pozostałych faktur korygujących.

W piśmie z 7.06.2018 r. wezwała uczelnie [...] do zrealizowania dostaw towaru z umowy z 5.06.2017 r. w dodatkowym terminie 7 dni, od daty odbioru wezwania, a w lipcu 2018 roku uczelnia [...] zwróciła się na piśmie do spółki T. P.., z wyjaśnieniami zaistniałej sytuacji, w tym przyczyn zaprzestania spłacania odsetek od uiszczonej przez spółkę T. P. zaliczki, tytułem umowy handlowej zawartej w czerwcu 2017 roku oraz zobowiązaniem do wywiązania się spłaty pełnej kwoty wierzytelności wraz z zaległymi odsetkami;

Postanowieniem Sądu Rejonowego w P. z 14.04.2020 r. sygn. akt XIGR 24/20 wobec uczelni [...] otwarte zostało postępowanie sanacyjne, w trakcie którego została zgłoszona wierzytelność Spółki. W dokumencie zgłoszonej wierzytelności w pkt [...] zapisano, że: wierzytelność wynika z aktu notarialnego z 8.06.2017 r. i jest zabezpieczona hipoteką w kwocie 3.000.000,00 zł na nieruchomości położonej w B., KW nr [...] Hipoteka umowna w kwocie 3.000.000,00 zł na podstawie § 5 aktu notarialnego z 8.06.2017 r., rep. A [...] - zabezpiecza zwrot należności głównej wynikającej z umowy sprzedaży z 5.06.2017 r. oraz ewentualnych odsetek maksymalnych liczonych od 7.06.2017 r. za zwłokę w zapłacie tej wierzytelności i ewentualnych kosztów egzekucji, w tym kosztów postępowania egzekucyjnego. Informacje te organ I instancji potwierdził w trakcie przeglądania akt w Sądzie. Ponadto włączył to postanowieniem z 14.03.2025 r. do akt sprawy;

postanowieniem z 7.07.2022 r. sygn. akt XI Grk 3/22 Sąd Rejonowy P., XI Wydział Gospodarczy d/s Upadłościowych i Restrukturyzacyjnych w P. oddalił zarzuty wniesione przez spółkę T. P.., w kwestii odrębnych planów podziału funduszów masy sanacyjnej uzyskanych ze sprzedaży nieruchomości, które zabezpieczały zawartą umowę kupna- sprzedaży towarów 5.06.2016 r. pomiędzy Spółką a Uczelnią [...]

Postanowieniem z 26.10.2022 r. Sąd Rejonowy P. XI Wydział Gospodarczy d/s Upadłościowych i Restrukturyzacyjnych w P. zmienił zaskarżone postanowienie, w którym ustalił inne sumy przypadające na rzecz spółki T. P.., uzyskane ze sprzedaży nieruchomości wskazanych w umowie z 5.06.2017 r. Łącznie uznano, że na rzecz spółki T. P.. przypada suma: 2.866.114,34 zł. Przysługująca wierzytelność z planu podziału sum uzyskanych ze sprzedaży nieruchomości w łącznej kwocie: 2.866.114,34 zł. została przelana na rachunek bankowy spółki T. P. 22.12.2022 r. W ślad za postanowieniem z 26.10.2022 r. sygn. akt XI Grez 5/22 i przelaniem kwot na rachunek bankowy Spółki Uczelnia [...] wystawiła 29.12.2022 r. 4 faktury korygujące: nr [...] wartość netto 498.000,00 zł, VAT 24.900,00 zł, nr [...] wartość netto 498.000,00 zł, VAT 24.900,00 zł, nr [...] wartość netto 489.600,00 zł, VAT 24.480,00 zł, nr [...] wartość netto 510.720,00 zł, VAT 25.536,00 zł;

Zgodnie z wyjaśnieniami uczelni [...], faktury te zostały wystawione wskutek przelanych środków pieniężnych na rzecz Strony, które stanowiły zwrot zaliczek. W cenie organu z faktur i przelanych środków można wywnioskować, że należność główna względem spółki T. P.. została uregulowana przez uczelnie [...] w całości 22.12.2022 r., tj. w kwocie brutto: 2.096.136,00 zł.

Spółka nie zaewidencjonowała wszystkich faktur korygujących wystawionych przez uczelnie [...] w grudniu 2022 roku, uznając, że dokumenty te potwierdzają nieprawidłowości oraz brak należytego porządku w prowadzeniu dokumentacji księgowej przez uczelnie [...]. Zdaniem spółki T. P.. faktury te zostały bezpodstawnie wystawione i dublują fakturę korektę z 2017 roku nr [...] oraz dotyczą niezapłaconych przez uczelnie [...] kwot. Strona zaewidencjonowała tylko dwie faktury, tj.: nr [...] na wartość netto 498.000,00 zł, VAT 24.900,00 zł - poz. [...] rejestru, nr [...] na wartość netto 315.571,14 zł, VAT 15 778,56 zł - poz. [...] rejestru.

Faktury korygujące wystawione 29.12.2022 r. zostały przesłane do spółki T. P.. za pośrednictwem [...] S.A. Potwierdzają to załączone dowody nadania, zwrotu i ponownej wysyłki korespondencji.

Organ I instancji wskazał, że uczelnia [...] dwukrotnie wysyłała faktury korekty do Spółki, które ostatecznie zostały doręczone 27.01.2023 r. pod adresem: P., [...], osobie upoważnionej do odbioru przesyłki tj. A. B..

Organ ustalił dalej, że spółka T. P.. otrzymała w dniu 4 kwietnia 2023 r. fakturę korektę nr [...] z 23.03.2023 r. i rozliczyła ja w kwietniu 2023 roku. Zdaniem organu doszło do nieprawidłowości, ponieważ Spółka ponownie rozliczyła podatek naliczony do faktury korekty z 29.12.2017 r., który już pierwotnie został rozliczony przez Stronę w styczniu 2018 r. Organ I instancji wskazał, że nieprawidłowość powstała de facto w innym okresie rozliczeniowym (kwiecień 2023 roku) i na dzień sporządzania zaskarżonej decyzji nie została skorygowana.

Podsumowując, Naczelnik ustalił, że w ewidencji zakupów VAT za grudzień 2022 roku spółka T. P.. zaewidencjonowała dwie faktury korygujące "in minus", wystawione 29.12.2022 r. przez uczelnie [...], tj.: nr [...] na wartość netto 498.000,00 zł, VAT 24.900,00 zł - poz. [...] rejestru i nr [...] na wartość netto 315.571,14 zł, VAT 15.778,56 zł - poz. [...] rejestru.

Faktura korekta nr [...] zaewidencjonowana została w kwotach innych niż wartości wynikające z tej faktury, tj. wartość netto 489.600,00 zł. VAT 24.480,00 zł.

Ponadto w ocenie Naczelnika US Spółka nie zaewidencjonowała faktury korygującej wystawionej przez uczelnie [...] nr [...] na wartość netto 510.720,00 zł, VAT 25.536,00 zł.

Podsumowując, Naczelnik stwierdził, że Strona zawyżyła wartość podatku naliczonego o kwotę 34.237,00 zł.

Organ I instancji ustalił również, że stwierdzone w toku postępowania podatkowego nieprawidłowości w rozliczeniu podatku od towarów i usług stanowią podstawę do ustalenia wobec Spółki dodatkowego zobowiązania podatkowego, o którym mowa w art. 112b ustawy o VAT. Zdaniem Naczelnika w rozpatrywanej sprawie nie wystąpiły przesłanki określone w art. 112b ust. 3 ww. ustawy, które umożliwiałyby odstąpienie od ustalenia dodatkowego zobowiązania podatkowego od zaniżonej kwoty zobowiązania podatkowego za grudzień 2022 r.

Dalej organ stwierdził, że nieprawidłowość, którą szczegółowo omówił w zaskarżonej decyzji, miała wpływ na wysokość deklarowanego zobowiązania podatkowego. Analiza wszystkich zgromadzonych w toku postępowania podatkowego materiałów dowodowych pozwoliła Naczelnikowi US na stwierdzenie, że spółka T. P.. nie skorygowała w grudniu 2022 roku całej kwoty podatku naliczonego, odliczonego z faktur zaliczkowych w czerwcu 2017 roku, które ostatecznie nie były związane z czynnościami opodatkowanymi, ponieważ uczelnia [...] nie wywiązała się z umowy.

Przy ustalaniu dodatkowego zobowiązania podatkowego Naczelnik wziął pod uwagę następujące kryteria, o których mowa w art. 112b ust. 2b ustawy o VAT, tj. okoliczności powstania nieprawidłowości. I tak w toku postępowania podatkowego organ I instancji wskazał, że spółka T. P.. nie skorygowała w całości podatku naliczonego, odliczonego pierwotnie z faktur zaliczkowych w czerwcu 2017 roku, który miał być związany z przyszłym nabyciem towarów na podstawie umowy z 5.06.2017 r. Przepisy ustawy o VAT, stanowią, że podatnik może obniżyć podatek należny o kwotę podatku naliczonego z faktur, które dokumentują zakup towarów lub usług związanych z czynnościami opodatkowanymi. To na podatniku ciąży obowiązek identyfikacji ponoszonych wydatków i powiązania ich ze sprzedażą opodatkowaną, a następnie z prawidłowym ich uwzględnieniem w swoich rozliczeniach podatkowych. Spółka już w grudniu 2017 r. powzięła informację o tym, iż planowana umowa nie dojdzie do skutku.

Pomimo tego, w rozliczeniu za styczeń 2018 r. dokonała korekty jedynie części odliczonego podatku naliczonego. Następnie w rozliczeniu za grudzień 2022 r. skorygowała kolejną część tego podatku, jednakże nadal nie objęła korektą całej kwoty podatku naliczonego związanego z niezrealizowanymi dostawami towarów.

W konsekwencji Naczelnik uznał, że spółka T. P.. nie dochowała należytej staranności w rozliczeniach podatkowych, albowiem nie dokonała pełnej korekty podatku naliczonego z tytułu transakcji, które ostatecznie nie zostały zrealizowane. Zdaniem organu I instancji Spółka powinna była przewidzieć, że brak dokonania pełnej korekty doprowadzi do odliczenia podatku naliczonego, który w istocie nie był związany z wykonywaniem przez nią czynności opodatkowanych, gdyż do realizacji przedmiotowej transakcji ostatecznie nie doszło i Strona nie weszła w posiadanie towarów zafakturowanych.

Dalej wskazano na rodzaj i stopień naruszenia ciążącego na podatniku obowiązku, które skutkowało powstaniem nieprawidłowości, w wyniku braku umniejszenia podatku naliczonego, tytułem niezrealizowanych dostaw towarów. Zdaniem organu spółka T. P.. zawyżyła podatek naliczony. Konsekwencją tego było zaniżenie zobowiązania podatkowego za grudzień 2022 roku o kwotę 34.237,00 zł. W ocenie Naczelnika ta okoliczność nie wpływa korzystnie przy miarkowaniu sankcji z tytułu tych nieprawidłowości.

Wskazano na rodzaj, stopień i częstotliwość stwierdzanych dotychczas nieprawidłowości dotyczących nieprzedawnionych zobowiązań w podatku,

Wobec Spółki organ I instancji nie prowadził w ostatnich pięciu latach żadnej kontroli podatkowej i postępowania podatkowego, które wykazałaby nieprawidłowości, skutkujące zaniżeniem zobowiązań podatkowych. Zdaniem Naczelnika to kryterium przemawia na korzyść Strony, przy tzw. miarkowaniu wysokości sankcji. Uzasadniając dalej kwestię dodatkowego zobowiązania organ dodał,że po ujawnieniu w toku czynności sprawdzających nieprawidłowości, Strona skorygowała swoje rozliczenie, ale tylko częściowo. W złożonej korekcie 19.07.2023 r. [...] za grudzień 2022 roku, uwzględniła zwrot zaliczki z uczelni [...] w kwocie 854.249,70 zł brutto, podatek VAT w wysokości 40.678,56 zł i zapłaciła należność wraz z odsetkami, ale nie usunęła w całości skutków nieprawidłowości, ponieważ uważa, że nie zostały jej zwrócone wszystkie należności związane z zawartą umową z 5.06.2017 r. W ocenie organu,spółka T. P.. nie działała z rozwagą i starannością, jakiej można było od Strony oczekiwać jako profesjonalnego przedsiębiorcy, ze względu na przepisy, które regulują zasady obniżenia podatku należnego o kwoty podatku naliczonego (art. 86 ust. 1 i 2 ustawy o VAT).Zdaniem organu wszystkie wskazane okoliczności, uzasadniają ustalenie Spółce kwoty dodatkowego zobowiązania w podatku od towarów i usług, o którym mowa w art. 112b ust. 1 pkt 1 lit a) ustawy o VAT w wysokości 10% (obniżonej z 30%), liczonej od zaniżonej kwoty zobowiązania podatkowego za grudzień 2022 roku, tj.: 34.237,00 zł x 10%= 3.424,00 zł.

W odwołaniu, Strona zaskarżonej decyzji zarzuciła:

1. - wskazanie w decyzji dwóch punktów, oderwanych od siebie, bez logicznego wskazania co z nich wynika oraz wyliczenie sankcji od innej kwoty, aniżeli od określonej kwoty zobowiązania w decyzji, z którą Spółka się nie zgadza,
2. - niezrozumiałą treść decyzji, brak określenia w decyzji kwot, które Spółka miałaby wpłacić, poza sankcją,
3. - nieuwzględnienie w decyzji i brak oceny zgłoszonych uwag do protokołów z kwietnia 2024 roku i maja 2025 roku, poprzez nieustalenie kwoty, która została zwrócona Spółce T. P.., tytułem wcześniejszych wpłaconych zaliczek,
4. - brak prawnej oceny stanu faktycznego,
5. - powołanie w uzasadnieniu decyzji zbędnych treści dotyczących długoletniego doświadczenia Spółki,
6. - brak konieczności korygowania podatku naliczonego przez Spółkę, z uwagi na przedawnienie. W uzasadnieniu podniesionych zarzutów wskazano, że decyzja zawiera dwa punkty, oderwane od siebie i bez logicznego wskazania, co z nich wynika. W ocenie strony dotyczy to określonej kwoty zobowiązania podatkowego oraz ustalonej kwoty dodatkowego zobowiązania podatkowego. Odwołujący uważał, że decyzja jest niezrozumiała co do treści i brak w niej konkretnych zobowiązań wynikających dla Spółki T. P.., które winna wpłacić. Skoro Strona deklarowała w 2018 roku kwotę 24.900,00 zł, a w roku 2023 kwotę 40.678,56 zł, to urząd skarbowy winien zwrócić Spółce 50,00 zł, a nie żądać 65.527,00 zł i ustalać sankcję. Ponadto w decyzji organ nie odniósł się do faktów przedstawionych przez Spółkę, a w uzasadnieniu użyto nieprecyzyjnych określeń i zwrotów, co podważa zaufanie do kontrolujących. Zdaniem strony w zaskarżonej decyzji zbędne są treści o jej doświadczeniu w prowadzeniu działalności gospodarczej, ponieważ mają one charakter nieuprawniony, nieprawdziwy i tendencyjny. Strona dochowała ona ostrożności i staranności w pierwszej i jedynej w jej historii takiej transakcji. Świadczy o tym wyegzekwowana w grudniu 2017 roku faktura korekta od uczelni [...].

Organ II instancji Dyrektor Izby Administracji Skarbowej, decyzją z dnia 27 marca 2026 r, o [...] utrzymał w mocy decyzję organu I instancji. W całości podzielił ustalenia faktyczne i ocenę prawną dokonaną przez Naczelnika Urzędu Skarbowego P. Wskazano w uzasadnieniu na treść 86 ust. 1 ustawy o VAT w zakresie, w jakim towary i usługi są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych, podatnikowi, o którym mowa w art. 15, przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego, z zastrzeżeniem art. 114, art. 119 ust. 4, art. 120 ust. 17 i 19 oraz art. 124.

Organ odwoławczy wskazał, że zakup musi być potwierdzony prawidłową fakturą VAT. Zgodnie bowiem z art 86 ust. 2 pkt. 1 lit. b) ustawy o VAT, kwotę podatku naliczonego stanowi suma kwot podatku wynikających z faktur otrzymanych przez podatnika z tytułu dokonania całości lub części zapłaty przed nabyciem towaru lub wykonaniem usługi. Faktura ta z kolei musi być formalnie poprawna, a jej treść odpowiadać musi prawdzie materialnej, czyli musi być zgodna z rzeczywistością - zarówno co do podmiotów w niej wykazanych, jak i co do ujętego w niej przedmiotu transakcji.

Z kolei zgodnie z art. 106j ust. 1 pkt 4 ustawy o VAT, podatnik wystawia fakturę korygującą w przypadku, gdy po wystawieniu faktury dokonano zwrotu nabywcy całości lub części zapłaty. Zdaniem organu odwoławczego dokument ten ma na celu wprowadzenie właściwych, zgodnych ze stanem faktycznym wartości oraz innych informacji, które są istotne dla zapewnienia poprawności i wiarygodności dokumentacji. Ponadto z przepisu tego wynika, że wystawienie przez sprzedawcę faktury korygującej powinno nastąpić po dokonaniu zwrotu zaliczki.

Wskazano dalej w uzasadnieniu, że w przypadku odstąpienia od zrealizowania transakcji, na poczet której uiszczono zaliczkę, istotne znaczenie ma fakt, że w następstwie tego odstąpienia ostatecznie nie dochodzi do czynności opodatkowanej na poczet której płatność (zaliczka) została przyjęta. To powoduje, że przedmiot opodatkowania (dla którego przyjęta płatność była częścią podstawy opodatkowania) nie zaistnieje. Nie ma więc czego obejmować opodatkowaniem, W konsekwencji powyższych okoliczności należy przyjąć, iż dochodzi do wygaśnięcia obowiązku podatkowego w odniesieniu do uprzednio otrzymanej zaliczki.

Natomiast w myśl art. 91 ust. 7d ww. ustawy, w przypadku zmiany prawa do obniżenia podatku należnego o podatek naliczony od towarów i usług, innych niż wymienione w ust. 7a i 7b, w szczególności towarów handlowych lub surowców i materiałów, nabytych z zamiarem wykorzystania ich do czynności, w stosunku do których przysługuje pełne prawo do obniżenia podatku należnego lub do czynności, w stosunku do których prawo do obniżenia podatku należnego nie przysługuje, i niewykorzystanych zgodnie z takim zamiarem do dnia tej zmiany, korekty podatku naliczonego dokonuje się w deklaracji podatkowej składanej za okresy rozliczeniowe, w których wystąpiła ta zmiana.

Dyrektor IAS podniósł, że w sprawie obowiązku korekty dokonanego odliczenia podatku naliczonego, należy odnieść się także do orzecznictwa TSUE. W wyroku z 13.03.2014 r. w sprawie C- 107/13 Trybunał wskazał na art. 185 ust. 1 dyrektywy 2006/112. Przepis ten ustanowił zasadę, zgodnie z którą taka korekta jest dokonywana, w szczególności w przypadku, gdy po złożeniu deklaracji rozliczeniowej VAT, zmianie ulegają czynniki uwzględniane przy określeniu kwoty odliczenia. W sprawie tej, przedmiotem była dostawa towarów, która nie doszła do skutku, a na poczet której podatnik zapłacił zaliczkę. TSUE doszedł do wniosku, że zmiana czynników branych pod uwagę, w celu ustalenia kwoty rzeczonego odliczenia, nastąpiła po sporządzeniu deklaracji podatku VAT. Oznacza to, że w takiej sytuacji administracja podatkowa może żądać korekty podatku VAT odliczonego przez podatnika, bez względu na okoliczność, że podatek należny od dostawcy sam w sobie nie został objęty korektą i nie zostały zwrócone zaliczki.

Dyrektor Izby Administracji Skarbowej po dokładnym przeanalizowaniu sprawy oraz uwzględnieniu wszystkich okoliczności mających znaczenie dla ustalenia stanu faktycznego, stwierdził że spółka T. P.. powinna była - najpóźniej w rozliczeniu za grudzień 2022 r. - dokonać korekty podatku naliczonego wynikającego z wcześniej uiszczonych zaliczek, z uwagi na niezrealizowanie dostaw towarów przez kontrahenta uczelnie [...], przewidzianych w umowie zawartej w dniu 5.06.2017 r.

Jak wynika z wyjaśnień spółki T. P.., już w grudniu 2017 roku Odwołująca powzięła informację, że umowa nie dojdzie do skutku. Zostało to udokumentowane fakturą korektą z 29.12.2017 r. nr [...] do faktury zaliczkowej nr [...] z 5.06.2017 r., mimo że uczelnia [...] nie dokonała zwrotu zaliczki.

Na podstawie tej faktury Spółka w rozliczeniu za styczeń 2018 roku skorygowała część podatku naliczonego w kwocie 24.900,00 zł.

Kolejne działania związane z realizacją umowy z 5.06.2017 r. Strona podejmowała w lutym i w czerwcu 2018 roku (świadczą o tym pisma z 14.02.2018 r., 12.02.2018 r. i 7.06.2018 r., związane ze zwrotem należności przez dłużnika). Oznaczało to zd. organu II instancji, że spółka T. P.. już wówczas, winna była podjąć działania w kierunku skorygowania pozostałej części odliczonego podatku naliczonego, tytułem niezrealizowanych dostaw towarów i bez względu na brak faktur korygujących od uczelni [...], do których spółka T. P.. zobowiązała dłużnika w piśmie z 12.02.2018 r. Organ odwoławczy podkreślił, że zgodnie z przepisami ustawy o VAT uczelnia [...] nie była zobowiązana do wystawienia faktur korygujących na rzecz Spółki przed dokonaniem zwrotu zaliczek. W rzeczywistości faktury korygujące zostały wystawione dopiero w dniu 29.12.2022 r., w związku z dokonanym przez Sąd P. XI Wydział Gospodarczy ds.

Upadłościowych i Restrukturyzacyjnych przelewem środków pieniężnych w łącznej wysokości 2.866.114,34 zł na konto Odwołującej 22.12.2022 r., stanowiącym zwrot uprzednio uiszczonych zaliczek. Sąd na podstawie postanowienia z 26.10.2022 r. sygn. akt XI GRez 5/22 ustalił, że:

1. - w ramach odrębnego planu podziału sum uzyskanych ze sprzedaży nieruchomości, dla której prowadzona jest księga wieczysta [...], suma przypadająca na rzecz T. P.. sp. z o.o. wynosi 2.710.484,33 zł,
2. - w ramach odrębnego planu podziału sum uzyskanych ze sprzedaży nieruchomości, dla której prowadzona jest księga wieczysta SW1 [...], suma przypadająca na rzecz T. P.. sp. z o.o. wynosi 155.630,01 zł,

Z kolei postanowienie Sądu P. XI Wydział Gospodarczy ds. Upadłościowych i Restrukturyzacyjnych o sygn. akt XI GRs 9/20 z 18.11.2022 r. dotyczy zatwierdzenia odrębnego planu podziału funduszów masy sanacyjnej uzyskanych ze sprzedaży:

1. - nieruchomości zabudowanej, stanowiącej działki gruntu nr [...] i nr [...] położonej w miejscowości B., dla której prowadzona jest księga wieczysta [...],
2. - nieruchomości zabudowanej, stanowiącej działki gruntu nr [...] położonej w miejscowości B., dla której prowadzona jest księga wieczysta [...] ze zmianą wynikającą z postanowienia sądu restrukturyzacyjnego z 26.10.2022 r. wydanego w sprawie XI GRez 5/22.

Dyrektor IAS uznał w ślad za organem I instancji, że fakt spłaty wierzytelności przez uczelnie [...] na rzecz spółki T. P.. miał charakter wtórny i pozostawał bez wpływu na obowiązek dokonania korekty podatku naliczonego. Zgodnie bowiem z regulacjami ustawy o VAT oraz utrwalonym orzecznictwem Trybunał Sprawiedliwości Unii Europejskiej, decydujące znaczenie dla powstania obowiązku korekty ma brak realizacji czynności opodatkowanej, z którą wiązało się uprzednie odliczenie podatku naliczonego z faktur zaliczkowych, a nie późniejsze rozliczenia finansowe pomiędzy stronami. W analizowanej sytuacji nie doszło do realizacji czynności podlegającej opodatkowaniu, stanowiącej przedmiot opodatkowania w rozumieniu przepisów ustawy o VAT. Brak wykonania dostawy towarów lub świadczenia usług powoduje, iż nie ziszcza się zdarzenie, z którym przepisy prawa podatkowego wiążą powstanie obowiązku podatkowego.

Tym samym nie istnieje materialnoprawna podstawa do utrzymania obowiązku podatkowego z tytułu otrzymanej zaliczki, co powinno znaleźć odzwierciedlenie w dokonanej korekcie rozliczeń podatkowych. W odniesieniu do kolejnego zarzutu odwołania związanego z nieczytelnym rozstrzygnięciem organ odwoławczy wskazał, że Naczelnik Urzędu Skarbowego w sposób czytelny i jednoznaczny określił wobec Spółki wysokość zobowiązania podatkowego (pkt I) oraz ustalił kwotę dodatkowego zobowiązania podatkowego (pkt II), stanowiącego konsekwencję stwierdzonych po stronie Odwołującej nieprawidłowości. Szczegółowe wyliczenie wskazanych kwot zostało przedstawione w uzasadnieniu przedmiotowej decyzji.

Organ II instancji odniósł się też obszernie do art. 112b ust. 1 pkt 1 lit.a) i ust. 2b ustawy o VAT.Nie podzielił również zarzutu odwołania odnośnie przedawnienia zobowiązania podatkowego i uzasadnił swoje stanowisko.

Strona skorzystała z prawa skargi do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Poznaniu.

W skardze wniosła o unieważnienie decyzji, uznanie, że roszczenie o rozliczenia VAT w kwocie powyżej wpłaconych w styczniu 2018r. 25400,00 zł uległo przedawnieniu, uznanie w konsekwencji, że nałożona sankcja jest bezzasadna.

W ocenie skarżącego organ cechowały alternatywne oceny, brak transparentności postępowania kontrolnego, brak dowodu, na którym organy opierają stanowisko w kwestii zapłaty przez uczelnie [...] kwoty głównej roszczenia oraz "matactwo procesowe" na etapie przygotowania i prowadzenia kontroli. W uzasadnieniu zarzucono pominięcie okoliczności,że to spółka w lipcu 2023 złożyła korektę deklaracji i wpłaciła dodatkowe środki wraz z odsetkami od zaewidencjonowanych US nie wprowadził do akt pisma z 19 lipca 2023 złożonego przez spółkę do US wyjaśniającego powód i wysokość korekty, wnioskując o odsetki prolongacyjne. Na złożone pismo spółka nigdy nie otrzymała żadnej odpowiedzi.US prowadząc kontrolę przez ponad 1,5 roku nie odnotował, że spółka wpłaciła na poczet ewentualnego negatywnego dla spółki rozstrzygnięcia, kwotę 21.600,00 zł i posiadała nadpłatę na koncie księgowym spółki w US. Kontrolujący nie zadbali o to by taki stan ustalić samodzielnie, ponadto dokonali zmiany numeracji stron akt na trzy miesiące przed wydaniem decyzji, niektóre strony mają podwójne numeracje, inne pojedyncze.

W ocenie skarżącego -nie zmienia się zasad w trakcie kontroli, tym bardziej, że w uwagach i zastrzeżeniach spółka odwoływała się też do konkretnych numerów stron i treści na nich zawartych. To celowe utrudnianie kontrolowanemu oceny zebranego materiału. zarzutem jest sporządzenie w trakcie kontroli 3 odrębnych protokołów dotyczących tych samych czynności, których treść zmieniano, zakwestionowano sposób sporządzenia protokołów przez US, wskazano na niewłaściwe treści w nim zamieszczone.

Odmówiono spółce księgowania przez spółkę otrzymanej sumy w pierwszej kolejności na odsetki, resztę zaś na kwotę główną i nie przedstawiono jednolitego stanowiska w kwestii tego, jaka część należności pozostała niespłacona i jaki charakter miały dalsze kwoty.

Protokół z 11.04.2025 r. nie zawiera rzetelnej analizy konsekwencji tego,że Sąd Rejonowy w całości podzielił zarzut spółki co do faktu,ze w sprawie w błędny sposób dokonanie rozliczenia należności odsetkowej,a także wskazał,że rozliczenie odsetek przedstawione przez spółkę jest prawidłowe. Spółka celowo, z uwagi na stanowisko organu zrezygnowała ze zgłaszania zastrzeżeń do protokołu z 05.08.2025 ponieważ wszystkie wcześniejsze wyjaśnienia były wykorzystywane tylko dla celów poprawy błędów US i zmiany metody dojścia do z góry założonego celu. Zarzucono brak równości podmiotów w postępowaniu. Zdaniem skarżącego organy pominęły fakt, że skoro opisywaną fakturę spółka przyjęła prawidłowo i widniała ona w JPK_VAT to Urząd Skarbowy nie zareagował na brak tej faktury w JPK_VAT po stronie uczelni [...]. Jest to zdaniem skarżącego kolejna tendencyjna manipulacja, a organ pominął okoliczność,że uczelnia [...] nie zaksięgowała wystawionej faktury.

Prawidłowe postępowanie US doprowadziłoby do kontroli już w roku 2018r., a zaniechanie US z 2017 r. doprowadziło do przedawnienia zobowiązań spółki. Skoro informacja o niezrealizowaniu dostaw przez uczelnie [...] była spółce przekazana w październiku 2017, wg umowy i aktu notarialnego, a pierwsze odsetki za niedotrzymanie umowy T. P. otrzymał 14.11.2017.to wtedy spółka powinna sama skorygować VAT. Spółka sama tego nie zrobiła,natomiast doprowadziła do otrzymania jednej faktury z datą grudniową roku 2017. Więcej faktur korekt w 2017 i 2018 uczelnia [...] nie wystawiła.

Tym samym zobowiązanie T. P.. z 2017 dot. rozliczenia VAT od niezrealizowanych dostaw roku przedawniło się 31.12.2022.W ocenie skarżącego organ przegapił powyższe terminy, a spółka nie może za to ponosić odpowiedzialności.

Organ w toku postępowania nie przedstawiły jednolitego i konsekwentnego toku rozumowania, lecz sukcesywnie modyfikowały stan faktyczny. W tym zakresie strona wskazała okoliczności wynikające z protokołów, które następnie zniknęły jej zdaniem z akt postępowania.Skarżąca podnosząc liczne niekonsekwencje w działaniu organów, uchybienia i sprzeczności w toku kontroli, a także w treści samych protokołów ostatecznie wniosła o uwzględnienie zastrzeżeń w całości i przeprowadzenie prawidłowej analizy rozliczeń miedzy Spółką a Uczelnią [...] z uwzględnieniem wszystkich dokonanych przez Spółkę korekt podatku naliczonego (styczeń 2018, grudzień 2022), uznanie należnych Spółce odsetek i sposobu ich zaliczenia na poczet wierzytelności przez spółkę nieprawidłowości po stronie uczelni [...] w zakresie wystawiania faktur korygujących, uznanie,że organ trójkrotnie zmienił podstawę prawną i kwalifikację prawną w jednym postępowaniu podatkowym, uznanie, że przez dwa protokoły (ponad rok) organ zawyżał roszczenie o 24.900 zł ignorując udokumentowana korektę Spółki, uznanie, że organ przez dwa protokoły bezpodstawnie podważał wiarygodność Spółki w kwestii wniosku o uzasadnienie postanowienia Sądu, uznanie przedawnienia zobowiązania T. P.. w 12.2022.Ostatecznie wniósł o zmianę decyzji obu organów.

Podniesiono dodatkowo, że gdyby sąd uznał, że mają znaczenie faktury korekty wystawione przez uczelnie [...] z datą grudniową 2022r., a doręczone spółce 27.01.2023, czyli po złożeniu deklaracji VAT za grudzień 2022, to strona wnosi o uznanie, że prawidłową datą rozliczenia jest styczeń 2023, a nie jak uznaje organ grudzień 2022r.

Organ w odpowiedzi na skargę podtrzymał swoje stanowisko.

Na rozprawie w dniu 2 września 2-26 r, skarżący podniósł, że w aktach brak notatek z przeprowadzonych czynności sprawdzających. Urząd Skarbowy odebrał stronie możliwość zaewidencjonowania w pierwszej kolejności odsetek i następnie należności głównej.

Wojewódzki Sąd Administracyjny zważył co następuje.

Skarga jest zasadna i zasługuje na uwzględnienie.

Zasadniczy spór w niniejszej sprawie w jej warstwie merytorycznej dotyczył zasadności skorygowania pozostałej części podatku naliczonego,związanego z wpłaconymi zaliczkami na poczet niedoszłych dostaw towarów w oparciu o art. 86 ust.1 i 2 ustawy z dnia 11 marca 1994 –o podatku od towarów i usług (t.j. Dz.U. 2022, poz.931 ze zm. dalej ustawa o VAT)

Sąd uznał,że organy dopuściły się naruszenia przepisów postępowania.Należy podkreślić, że uchylenie przez sąd administracyjny decyzji z powodu naruszenia przepisów postępowania (art. 145 § 1 pkt 1 lit. c ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnym, Dz. U. z 2024 r. poz. 935 – dalej p.p.s.a.), może nastąpić jedynie wtedy, jeżeli to naruszenie mogło mieć istotny wpływ na wynik sprawy. A zatem nie każde naruszenie przepisów postępowania powoduje konieczność wyeliminowania decyzji z obrotu prawnego. Tylko takie naruszenie przepisów, które mogło spowodować, że wynik sprawy mógłby być inny, gdyby do tego naruszenia nie doszło, powoduje konieczność uchylenia decyzji przez sąd. Tak się stało w niniejszym postępowaniu.

Stosownie do treści art. 122 Ordynacji podatkowej, w toku postępowania organy podatkowe podejmują wszelkie niezbędne działania w celu dokładnego wyjaśnienia stanu faktycznego oraz załatwienia sprawy w postępowaniu podatkowym. Powołany wyżej przepis wyraża zasadę prawdy obiektywnej, będącej bez wątpienia naczelną zasadą postępowania podatkowego. Zasada ta znajduje rozwinięcie w art. 187 § 1 Ordynacji podatkowej, nakazującej organowi podatkowemu zebranie i w sposób wyczerpujący rozpatrzenie całego materiału dowodowego. Materiał dowodowy jest zupełny, jeśli zebrano i rozpatrzono wszystkie dowody, a udowodniony stan faktyczny stanowi pełną, spójną i logiczną całość. Organy podatkowe, gromadząc i oceniając dowody w sprawie, przeprowadzić muszą określone rozumowanie oraz wyciągnąć swobodne wnioski dotyczące stanu faktycznego sprawy. Pozwala na to zasada swobodnej oceny dowodów przewidziana w art. 191 Ordynacji podatkowej.

Organ dokonując ustaleń faktycznych na podstawie gromadzonych w toku postępowania informacji wyrabia sobie pogląd na stan faktyczny sprawy i może w związku z tym, wyciągać swobodnie wnioski i swobodnie decydować, jakie normy zastosuje, uwzględniając przyjęte przez siebie ustalenia faktyczne. W ten sposób swobodna ocena dowodów staje się sposobem osiągnięcia prawdy materialnej. Natomiast zakres i przedmiot postępowania wyjaśniającego determinują przepisy prawa materialnego, bowiem to normy prawa materialnego przesądzają o przedmiocie sprawy i okolicznościach prawnie istotnych. W postępowaniu wyjaśniającym należy również uwzględnić specyfikę danej sprawy - inność i odrębność okoliczności, które stanowią o stanie faktycznym.

W kontekście przytoczonych uwag Sąd stwierdza,że wbrew treści art. 122 O.p i 191 O.p poza oceną organu pozostały okoliczności związane z zapłatą należności głównej w pełnej kwocie, co strona sugerowała konsekwentnie już na etapie zastrzeżeń do kontroli, jak i w odwołaniu. Podnosiła bowiem,że odsetki naliczone na dzień 22 grudnia 2002 roku wynosiły 1 689 927, 81 zł, a spółce odmówiono księgowania otrzymanej sumy w pierwszej kolejności na odsetki. Należy przyznać racje stronie,że organ nie przedstawił jednolitego stanowiska, która część należności została spłacona i faktycznie stronie zwrócona z tytułu wpłaconych wcześniej zaliczek.

Ponadto w toku postępowania organ zmienił stanowisko odnośnie rozliczenia należności odsetkowej, a jednocześnie przyjął ze strona otrzymała zwrot kwoty głównej. W tym miejscu należy podkreślić, że korekta podatku naliczonego uzależniona jest od łącznego spełnienia następujących warunków: uzgodnienia warunków korekty z dostawcą, spełnienia uzgodnionych warunków i posiadania dokumentacji potwierdzającej uzgodnienie i spełnienie tych warunków. Tym samym skoro strona dowodzi,że faktury korygujące [...] i [...] nie zostały zaewidencjonowane z powodu braku zapłaty, czyli brak było podstaw do ich wystawienia, to tym samym przyjąć należy nie wystąpiły warunki korekty faktur z dostawcą. Zwłaszcza,że jak wynika zebranego materiału dowodowego przyczyną wstawienia faktur korygujących nie było postanowienie Sądu Rejonowego z dnia 26 listopada 2002 roku sygn. XI Grez 5/22, bo na mocy tego orzeczenia ustalono jedynie kwotę do wypłaty z zabezpieczonej hipoteką nieruchomości.

Sam plan podziału funduszów masy sanacyjnej nie stanowi samodzielnej podstawy do wystawienia faktury korygującej. Podział funduszów masy sanacyjnej i nawet wynikające z niego częściowe zaspokojenie wierzyciela nie mieści się w kategorii przypadków, o których mowa w art. 107j ust1 ustawy o VAT. Także więc treść tego orzeczenia i płynące z niego skutki nie mogły stanowić, wbrew stanowisku organu II instancji, że warunki obniżenia podstawy opodatkowania były uzgodnione. Rację ma też skarżący podnosząc, że pominięto w czasie kontroli kwotę, która spółka zaliczyła na odsetki od opóźnionych płatności, zaksięgowała i odprowadziła podatek dochodowy, a także że organ wielokrotnie w toku postępowania, tak w protokołach kontroli, jak i potem w decyzji zmieniał stanowisko odnośnie warunków korekty. Skoro strona konsekwentnie twierdzi,że nie otrzymała zwrotu całej należności głównej,a częściowej korekty dokonała na 4 lata przed podziałem funduszów masy sanacyjnej, to te kwestie muszą być przez organ analizowane, także w aspekcie stwierdzonej nieprawidłowości w wystawianiu faktur korygujących przez uczelnie [...].

Tym samym do momentu zwrotu zaliczki, do czasu spełnienia uzgodnionych warunków dostawca nie ma prawa do obniżenia podstawy opodatkowania, a nabywca nie obowiązku zwrotu korekty podatku naliczonego. W tym miejscu Sąd w składzie orzekającym podziela stanowisko zawarte w orzeczeniu NSA z dnia 26 maja 2026 r, sygn. I FSK 618/25,że:"trafnie bowiem strona podnosi, że w późniejszym wyroku z dnia 31 maja 2018 r. w sprawie Achim (C-660/16) i Wirtl (C-661/16) TSUE odniósł się do wyroku w sprawie FIRIN wskazując, że rzeczywiście, Trybunał orzekł też w pkt 57 wyroku z dnia 13 marca 2014 r., FIRIN (C-107/13, EU:C:2014:151), iż okoliczność, że VAT należny od dostawcy sam nie zostałby objęty korektą, nie ma zasadniczo wpływu na prawo organów administracji skarbowej do uzyskania zwrotu VAT odliczonego przez nabywcę towarów z tytułu zapłaty zaliczki odpowiadającej tej dostawie (pkt 63). Jednak należy wskazać, że w przypadku korekty prawa do odliczenia, w sytuacji gdy zaliczki nie zwrócono, poszanowanie zasady neutralności podatkowej osiągnięte zostaje dzięki możliwości uzyskania przez nabywcę od dostawcy zwrotu zaliczki wpłaconej na poczet dostawy towarów, która nie doszła w końcu do skutku, którą to możliwość państwa członkowskie powinny wprowadzić do swoich przepisów (zob. analogicznie wyroki: z dnia 31 stycznia 2013 r., LVK, C-643/11, EU:C:2013:55, pkt 48; z dnia 13 marca 2014 r., FIRIN (C-107/13, EU:C:2014:151, pkt 55).W konsekwencji TSUE orzekł, że w okolicznościach takich jak te rozpatrywane w postępowaniach głównych art. 185 i 186 dyrektywy 2006/112 nie stoją na przeszkodzie obowiązywaniu krajowych przepisów prawnych lub praktyki, które skutkują uzależnieniem korekty VAT dotyczącego zaliczki zapłaconej na poczet dostawy towaru od zwrotu tej zaliczki przez dostawcę.

Mimo, że pomiędzy organem i stroną istniej spór, który z tych wyroków jest bardziej adekwatny do zagadnienia spornego w tej sprawie, Sąd w tym zakresie nie będzie się wypowiadał wskazując, że orzeczenia te odnoszą się do okoliczności takich jak w postępowaniach głównych w tych sprawach przed TSUE. Należy jednak zwrócić uwagę, że w drugim z tych wyroków Trybunał zawarł ogólne wskazanie pod adresem państw członkowskich, że w przypadku korekty prawa do odliczenia, w sytuacji gdy zaliczki nie zwrócono, poszanowanie zasady neutralności podatkowej osiągnięte zostaje dzięki możliwości uzyskania przez nabywcę od dostawcy zwrotu zaliczki wpłaconej na poczet dostawy towarów, która nie doszła w końcu do skutku.

Takie rozwiązanie, którego zamierzeniem jest poszanowanie zasady neutralności podatkowej w takich okolicznościach są obowiązujące od 1 stycznia 2021 r. (w tym w 2024 r.) przepisy art. 86 ust. 19a u.p.t.u., art. 29a ust. 10 i ust. 13 oraz art. 106j ust. 1 pkt 4 u.p.t.u. Jak wskazał NSA w przywołanym już wyroku z 9 grudnia 2025 r. (sygn. akt I FSK 456/23), odwołując się do poglądu Dyrektor KIS wyrażonego w tej sprawie, że art. 86 ust. 19a u.p.t.u. należy interpretować mając na uwadze warunki jakie przepisy art. 29a ust. 13 i 14 u.p.t.u. określają dla dostawcy, aby obniżyć podstawę podatkowania. Wynika to z początkowej części art. 86 ust. 19a u.p.t.u., w której stanowi się, że "W przypadku obniżenia podstawy opodatkowania, o którym mowa w art. 29a ust. 13, lub stwierdzenia pomyłki w kwocie podatku na fakturze, o którym mowa w art. 29a ust. 14, (...)". Tryb dokonany tego stwierdzenia "w przypadku obniżenia" wskazuje, że art. 86 ust. 19a u.p.t.u. należy interpretować w powiązaniu z art. 29a ust. 13 i 14 u.p.t.u., tzn. uwzględniając przesłanki, których spełnienia daje podstawy dostawcy aby dokonać obniżenia podstawy opodatkowania, gdyż okres tego obniżenia przez dostawcę powinien korelować z okresem zastosowania przez nabywcę art. 86 ust. 19a u.p.t.u."

Istotnie w pkt 48 w/w wyroku TSUE stwierdził, że jeżeli w chwili pobrania zaliczki przesłanki dotyczące wymagalności VAT są spełnione,prawo do odliczenia powstaje,a podatnik, który zapłacił zaliczkę może zasadnie dochodzić w tej chwili tego prawa i nie trzeba przy tym uwzględniać innych okoliczności faktycznych ujawnionych później,a powodujących,że realizacja dostawy towarów lub danego świadczenia staje się niepewna. W pkt 49 stwierdzono,że organy administracji i sądy krajowe powinny odmówić podatnikowi tego prawa,jeżeli zostanie wykazane,w świetle obiektywnych okoliczności,że w chwili zapłaty wiedział on lub nie mógł racjonalnie nie wiedzieć,że ta dostawa lub to świadczenie usług mogą nie dojść do skutku. W niniejszym postępowaniu kwestie te pomimo konsekwentnego stanowiska strony i wskazywania przez Prezesa T. P. tych okoliczności nie były badane przez organy.

Także orzecznictwo sądów administracyjnych stanowi, że prawo do korekty faktury zaliczkowej wiąże się z faktycznym zwrotem zaliczki,a nie z samym faktem niezrealizowania dostawy, jak chce organ w zaskarżonej decyzji. Sąd stoi na stanowisku,że obowiązek korekty odliczonego VAT powstaje wyłącznie proporcjonalnie do tego,co strona rzeczywiście odzyska,gdyż z cytowanych w zaskarżonej decyzji przepisów nie wynika automatyzm korygowania całości odliczenia tylko dlatego, że dostawa się nie odbyła. Tym samym ponownej ocenie podlegać musi całość materiału dowodowego w kontekście okoliczności wskazanych przez skarżącego związanych z korektami z lat poprzedzających i odsetkami przypadających na poczet długu, czyli kwoty która faktycznie powinna zostać zwrócona. Konieczna będzie zatem ponowna analiza faktycznych,udokumentowanych kwot zwrotu, określenie korekty proporcjonalnie do kwot rzeczywiście otrzymanych oraz dobrej wiary nabywcy w momencie zapłaty zaliczek.

Jak wyżej wskazano korekta całości podatku naliczonego tylko z powodu niezrealizowania dostawy pozostaje w sprzeczności z wyżej opisanymi tezami wyroku TSUE z 31 maja 2018 r. Organ zbada na tle całości materiału dowodowego, czy faktyczny zwrot zaliczek nastąpił i ustali faktyczną kwotę zwróconą. To na organie spoczywa obowiązek ustalenia okoliczności faktycznych, decydujących o tym, czy i w jakim zakresie zaliczka została zwrócona, skoro od tego zależy zakres korekty. Organ uwzględni też cytowane w uzasadnieniu orzecznictwo wspólnotowe.

Z uwagi na powyższe,Sąd na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) p.p.s.a. uchylił zaskarżoną decyzję. Ponownie rozpoznając sprawę organ odwoławczy uwzględni wskazania zawarte w uzasadnieniu niniejszego wyroku.

Sąd na podstawie na podstawie art. 200 p.p.s.a. zasądził na rzecz strony skarżącej od Dyrektora IAS kwotę 1 567 zł tytułem zwrotu kosztów sądowych.